دو مستندساز مدعی شدند که در ساخت این مجموعه از آثار آنها بدون مجوز استفاده شده است. از جمله، حسین معززی‌نیا، منتقد و مستندساز با نگارش نامه‌ای به رئیس سازمان صداوسیما، نسبت به ساخت و پخش مستند «آقا مرتضی» اعتراض و اعلام کرد که به‌خاطر استفاده غیرمجاز این مستند از راش‌های (تصاویر خام) فیلم خودش پیگیری قضایی خواهد کرد. از طرفی، همسر شهید آوینی نیز در یادداشتی علیه این مجموعه نوشت که شهید آوینی تا زمانی که در قید حیات بود، علاقه‌ای به روایت زندگی خصوصی‌اش نداشت و حالا که نیست، تشخیص این‌که کدام بخش از زندگی ایشان را می‌شود روایت کرد و چگونه، به عهده‌ خانواده‌اش است.
 این انتقادات، پاسخگویی سازندگان این اثر را در پی داشت. خانه مستند سازمان اوج که سازنده مجموعه «آقا مرتضی» است در بخشی از یک یادداشت با عنوان «لطفا شهید آوینی را انحصاری نکنید!» اعلام کرد:
«کارگردان مستند انحصار ورثه مدعی شده که از «راش‌های مستند توقیف‌شده» ایشان دزدی صورت گرفته و در این اثر استفاده شده است؛ در حالی که اولا مستند ایشان یعنی مستند انحصار ورثه هم تولید خانه مستند و محصول سازمان هنری رسانه‌ای اوج بوده و این اثر به تهیه‌کنندگی آقای حسین افشار تولید شده و مجوز لازم نیز از تهیه‌کننده و مالک اثر اخذ شده است. ثانیا برخلاف ادعای دروغ مطرح شده درباره توقیف، این مستند از سال ۱۳۹۷ در برخی از پلتفرم‌های اینترنتی مانند نماشا و دیدئو انتشار یافته و پس از انتشار، از تصاویر موجود در خود مستند، و نه راش‌های مصاحبه‌ها، استفاده شده است.
از سوی دیگر کارگردان مستند «روایت راوی» نیز مدعی استفاده بدون اجازه از راش‌های اثر خود در مستند «آقا مرتضی» شده است؛ این بخش از تصاویر و بخش‌هایی از دیگر مستندهایی که متعلق به موسسه روایت فتح بوده، با هماهنگی و دستور مدیر وقت این موسسه جناب آقای اصغر بختیاری در اختیار تیم سازنده اثر قرار گرفته و مجوز لازم از این طریق اخذ شده است.
البته تحلیل این دوستان درباره شهید آوینی و تفاوت نگاه آنان با واقعیت‌های زندگی ایشان برای‌مان قابل درک است؛ ناراحتی آنان از تولید و پخش مستندی که تلاش کرده این شهید عزیز را به‌صورت دقیق و جامع روایت کند نیز قابل فهم است؛ آن چیزی که قابل درک نیست این همه تلاش برای توقیف و سانسور مستند «آقا مرتضی» است؛ اما چه ‌اشکالی دارد که آنان فقط یک‌ بار صبر کنند و اجازه دهند روایت شهید آوینی از انحصار آنان خارج شود و روایتی دقیق‌تر، جامع‌تر و متفاوت‌تر از روایت همیشگی برای نسل امروز بازگو شود.»