آقای دکتر کمال خرازی وزیر خارجه دولت اصلاحات در پاسخ به یکی از بخش‌های پاورقی کیهان با عنوان «نامه محرمانه دولت خاتمی به رئیس‌جمهور آمریکا» جوابیه‌ای ارسال داشته که متن آن به شرح زیر است:
در روز 10/10/99 روزنامه کیهان مطلبی را تحت عنوان «نامه محرمانه دولت خاتمی به رئیس‌جمهور آمریکا» منتشر کرد که بی‌اساس و کذب محض است. در واقع چنین نامه ادعایی که از سوی ایران برای آمریکا نوشته شده باشد وجود خارجی ندارد و اگر چنین نامه‌ای وجود می‌داشت نسخه‌ای از آن باید در وزارت امور خارجه با در دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی و یا در آرشیو ریاست جمهوری یافت شود. در واقع، برگه بدون سربرگ و امضایی که در برخی از رسانه‌های خارجی تحت عنوان نقشه راه منتشر و ادعا شده است که از سوی ایران برای دولت وقت آمریکا ارسال شده بوده است، متنی است که توسط خود آمریکایی‌ها از طریق یک واسط برای سفیر ایران در پاریس فرستاده شده بود که با اصول سیاست خارجی جمهوری اسلامی ایران مغایرت داشت و لذا قابل بررسی یا مذاکره نبود و به همین جهت اینجانب به عنوان وزیر امور خارجه وقت جلوی آنرا گرفتم و متوقف شد. لطفا دستور فرمایید این تکذیبیه برای روشن شدن اذهان عمومی در همان صفحه از روزنامه کیهان منتشر شود.
توضیح کیهان:
همان‌طور که در جوابیه آقای دکتر کمال خرازی آمده است. ایشان به عنوان وزیر خارجه وقت چنین نامه‌ای از طرف ایران برای آمریکا ارسال نکرده‌اند. بر این اساس چنانچه مطلب کیهان موجب سوء برداشت مخاطبان شده از آنان پوزش می‌خواهیم. همان‌طور که در پاورقی مورخ 10/10/99 آمده بود این قسمت از متن، به یکی از کتاب‌های حوزه تاریخ معاصر(منتشر شده در سال1390) ارجاع داده شده بود و از آنجا که در طول این سال‌ها(تا زمان نگارش مطلب) تکذیب نشده بود مورد استفاده نویسنده قرار گرفت.
این نکته نیز قابل ذکر است که برخلاف اظهارات برادر گرامی‌مان آقای دکتر خرازی استناد کیهان در این مورد تنها محدود به رسانه‌های خارجی نیست. بلکه علاوه‌بر چهره‌های خارجی، طرف‌های داخلی نیز از چنین سندی خبر داده بودند و برخلاف ادعای اخیر ایشان که ارسال این متن را به طرف آمریکایی نسبت داده‌اند، در اظهارات طرف ایرانی کاملا مسئولیت این نامه برعهده گرفته شده است. در همین رابطه آقای «صادق خرازی» سفير وقت ايران در پاريس در جلسه بررسي سياست خارجي دولت هشتم در بنياد باران گفت: «ما براي اعتمادسازي اقدام به نگارش اين نامه كرديم.» او افزود: «در سال 2003 ديوار بي‌اعتمادي بلندي ميان ايران و امريكا وجود داشت و هر لحظه ممكن بود امريكا به ما حمله كند. به همين خاطر به پيشنهاد من دولت هشتم نامه‌اي به امريكا نوشت و همراهي‌اش با برخي سياست‌هاي خاورميانه‌اي امريكا مثل سازش در فلسطين و لزوم تبديل حزب‌الله لبنان به يك حزب سياسي و شفاف‌سازي فعاليت‌هاي هسته‌اي ايران را اعلام كرد اما ديوار بي‌اعتمادي ميان ايران و امريكا به قدري بلند بود كه امريكايي‌ها حتي نامه را بررسي نكردند.» همچنین آقای «محمد حسين عادلي» كه آن زمان معاون وزير امورخارجه ايران بود، طي مصاحبه‌اي با بي.بي.سي این نامه را تأييد كرده و گفتند: «آن نامه براي آمريكايي‌ها فرستاده شد تا نشان دهد كه ما آماده گفت‌وگو و حل معضلات هستيم. اين اقدام در راستاي سياست‌هاي محمدخاتمي بود كه مي‌خواست همه راه‌هاي مسالمت‌آميز را بيازمايد.» آقای محمدجواد ظریف نیز پیش‌تر به این طرح اشاره کرده‌اند: «مؤلفه‌های مهمی برای ایران در آن طرح وجود داشت، یعنی مؤلفه احترام متقابل [...] آمریکایی‌ها در پاسخ به طرحی که تلاش هوشمندانه جهت رفع تمام موارد نگرانی دوجانبه بود، آن را به سادگی نادیده گرفتند.» در کنار این اظهارات مسئولان وقت دولت اصلاحات، چهره‌های آمریکایی نیز به روایت خود از این نامه پرداخته‌اند. «دنيس راس»، مشاور ارشد جورج بوش پدر و پسر و فرستاده ويژه كلينتون در مسائل خاورميانه طي مقاله‌اي که در مجله نيوزويك به چاپ رساند، آقای «صادق خرازي» مشاور خاتمی در امور سیاست خارجی را مسئول نوشتن نامه به آمريكايي‌ها دانسته بود و تاکید کرده بود که اين نامه باعث شد سردمداران آمريكا انتظار داشته باشند كه مي‌توان ايران را مثل گذشته با فشارهاي سياسي عقب راند. راس نوشت: «تاريخ نشان داده ايران در مقاطعي در قبال فشار سياسي بين‌المللي جواب دلخواه را داده است. براي مثال در سال 2003 پس از نابودي ارتش عراق توسط نيروهاي آمريكايي، دولت وقت از طريق سفير سوئيس در ايران پيامي به واشنگتن ارسال كرد تا با اين كار نگراني‌هاي آمريكا را درباره برنامه‌هاي تسليحاتي تهران و حمايت ايران از حزب‌الله و حماس تا حدي تخفيف دهد.»
«ویلیام برنز» از مسئولان ارشد وزارت خارجه آمریکا نیز پیرامون این نامه در خاطرات خود می‌نویسد: «وقتی من در سفر خاورمیانه بودم، تیم گولدیمان، سفیر سوئیس در تهران در اواخر دوران مأموریتش به واشنگتن آمد و با جيم لاروكو، معاون من دیدار کرد. او طرحی مختصر را به جیم ارائه کرده بود که اصرار داشت با همکاری سفیر ایران در فرانسه، که برادر زاده کمال خرازی، وزیر خارجه وقت ایران بود، نوشته شده است. گولدیمان گفت که تمام این تلاش‌ها با مجوز مقامات عالی‌رتبه دولت ایران انجام شده است. سندی که گولدیمان ارائه کرده بود بسیار جذاب بود. در این سند ایران آمادگی خود را برای گفت‌و‌گو با آمریکا درباره تمام موضوعات مورد اختلاف اعلام کرده بود. جیم و دیگر همکاران من در اداره تحولات خاور نزدیک به شدت گولدیمان را تحت فشار گذاشتند تا بگوید دقیقا چه کسی در دولت ایران از این طرح حمایت کرده است و مفاد این طرح چگونه به او ابلاغ شده است. گولدیمان اما در این خصوص خیلی مبهم حرف می‌زد. در نهایت پیام‌هایی که منبع مشخصی نداشتند و پیشنهاداتی که از سوی افراد نامشخص مطرح می‌شد بر مباحث ما در کاخ سفید سایه‌انداخت. ما آن سند و محتوای گفت وگوی جیم باگولدیمان را به کالین پاول و ریچارد آرمیتاژ منتقل کردیم. البته این نکته را نیز ذکر کردیم که احتمالا این سند مهر تأیید مقامات عالی‌رتبه رهبری ایران را به همراه ندارد.»
در مجموع با توجه به این شواهد می‌توان گفت نامه مورد بحث از جانب آمریکایی‌ها ارسال نشده بود و ضمناً حمایت برخی مسئولان وقت دولت اصلاحات را نیز به همراه داشت. البته همان‌طور که آقای دکتر کمال خرازی ذکر کرده‌اند این نامه، سندی رسمی نبوده و مورد تأیید ایشان واقع نشده است. بر این اساس هماهنگی‌ها با طرف آمریکایی خودسرانه و از طرف برخی مسئولان وقت دولت اصلاحات انجام گرفته است.