آیت‌الله سید یحیی جعفری به‌دلیل ایست قلبی در بیمارستان مهرگان کرمان چشم از دنیا فرو بست.
سید هادی فرزند آیت‌الله جعفری در گفت‌و‌گو با ایرنا با بیان اینکه پدرم به دلیل کهولت سن و بیماری در بیمارستان مهرگان بستری بود افزود: وی عصر روز شنبه به‌دلیل ایست قلبی در سن ۸۹ سالگی جان خود را از دست داد.
آیت‌الله سید یحیی جعفری متولد سال ۱۳۱۰ روستای گور در کوهبنان کرمان بود.
وی از سال ۱۳۵۹، توسط حضرت امام خمینی(ره)، به سمت امام جمعه و نماینده ولی فقیه در استان کرمان منصوب شده‌ بود.
حجت‌الاسلام حسن علیدادی سلیمانی (نماینده ولی‌فقیه در استان و امام جمعه کرمان) و علی زینی‌وند، (استاندار کرمان) در پی رحلت آیت‌الله سید یحیی جعفری یار دیرین انقلاب و امام جمعه پیشین کرمان در پیام مشترکی دیروز و امروز(یکشنبه و دوشنبه هفته جاری دوم و سوم آذرماه ۹۹) را در کرمان عزای عمومی اعلام کردند.
بنابر این گزارش مراسم تشییع آیت‌الله سید یحیی جعفری امروز (دوشنبه) از مصلای کرمان و به‌صورت خودرویی تا گلزار شهدای کرمان تشییع خواهد شد.
این گزارش می‌افزاید: پیکر مرحوم جعفری در قطعه مربوط به والدین شهدا و در کنار همسر و فرزند مرحومش آرام خواهد یافت.
مرحوم جعفری حدود چهار دهه به‌عنوان نماینده ولی‌فقیه در استان و امام جمعه کرمان بود و به‌دلیل ویژگی‌های شخصیتی و رفتاری خاصی که داشت، همواره مورد اعتماد و احترام گروه‌های مختلف در استان قرار داشت.
وی در  سال ۹۶ از مسئولیت خود کناره‌گیری کرد و استعفای وی با مخالفت گسترده از سوی مردم و شخصیت‌ها روبه‌رو شد.