حجت‌الاسلام روحانی رئیس‌جمهور در حکمی رحمانی فضلی وزیر کشور را به‌عنوان «فرمانده قرارگاه عملیاتی ستاد ملی مبارزه با کرونا» منصوب کرد و از وی خواست اقدامات قرارگاه را با توجه به وظایف و اولویت‌های هشت‌گانه، برنامه‌ریزی و اجرا نموده و نتایج آن را مستمراً گزارش کند.
در حکم رئیس‌جمهور خطاب به رحمانی فضلی آمده است: «پیرو فرمایشات و توصیه‌های مقام معظم رهبری(مدظله‌العالی) در جلسه مورخ 1399/08/03 ستاد ملی مبارزه با کرونا مبنی بر تشکیل قرارگاه عملیاتی و لزوم مشارکت و همکاری حداکثری در کنترل، پیشگیری و درمان بیماران کرونایی و تقلیل میزان فراگیری این ویروس و استمرار آگاه‌سازی و ‌آموزش همگانی در نحوه مراقبت و مقابله با این بیماری، به موجب این حکم جناب‌عالی را به‌عنوان «فرمانده قرارگاه عملیاتی ستاد ملی مبارزه با کرونا» منصوب می‌نمایم.»
روحانی همچنین خطاب به رحمانی فضلی با تاکید بر اینکه «ضروری است اقدامات قرارگاه را با توجه به وظایف و اولویت‌های ذیل برنامه‌ریزی و اجرا نموده و نتایج آن مستمراً به اینجانب گزارش شود»، اولویت‌های هشت‌گانه این قرارگاه را به شرح ذیل تشریح کرد:
« 1- تسهیل و پیگیری مستمر اجرای دقیق و به موقع مصوبات ستاد ملی مبارزه با کرونا و رفع موانع احتمالی. 2- تدوین دستورالعمل اجرایی برای عملیاتی شدن مصوبات ستاد ملی با توجه بر واقعیت‌های میدانی با هماهنگی دستگاه‌های ذی‌ربط. 3- استفاده از ظرفیت‌های مردمی از جمله مساجد، بسیج، خیرین و سمن‌ها و سایر سرمایه‌های عمومی برای حمایت از اجرای مصوبات و کمک به تامین معیشت اقشار آسیب‌پذیر. 4- ایجاد تفاهم میان نیروهای اجتماعی، تقویت روحیه همکاری و تحکیم مسئولیت‌های عمومی در مواجهه با شرایط پیچیده کنونی. 5- ارتقای فضای هم‌افزایی، همکاری و همدلی میان بخش‌های دولتی و خصوصی و قوای کشوری و لشکری. 6- افزایش حضور محسوس ضابطین و ناظرین پروتکل‌های مصوب و ترغیب اقشار مردم به رعایت الزامات بهداشتی. 7- آموزش و فرهنگ‌سازی به منظور ایجاد اعتماد و انگیزه اجتماعی نسبت به اجرای مصوبات ستاد ملی. 8- ایجاد هماهنگی بین کمیته‌های مختلف ستاد و نظارت بر حسن اجرای وظایف هر یک از آنها.»