در همین ارتباط، اظهارات علی مطهری در رابطه با بحث بورس‌های 3 هزار نفری غیر قانونی که به عنوان آخرین سخنران هشتمین همایش دانشجویان و اساتید ایرانی خارج از کشور سخنرانی می‌کرد، مورد اعتراض دانشجویان قرار گرفت.
این اعتراض به حدی بود که دانشجویان پس از اتمام مراسم از وی خواستند تا بررسی دقیقی در رابطه با تعداد افرادی که به صورت غیر قانونی بورس شده‌اند انجام شود و تمام دانشجویان بورسیه که از سرمایه‌های کشور هستند با یک چوب رانده نشوند.
اظهارات علی مطهری در خصوص غیرقانونی بودن بورسیه 3000 تن از دانشجویان در حالی عنوان می‌گردد که روابط عمومی وزارت علوم پیش از این با صدور اطلاعیه‌ای، به شدت از رسانه‌های زنجیره‌ای پیرامون انعکاس غرض‌آلود این خبر انتقاد کرده و از 3000 دانشجوی مذکور عذرخواهی نموده بود.