مسعود رضایی پژوهشگر تاریخ معاصر در یادداشتی به نامه اخیر سید محمد موسوی خوئینی‌ها عضو مجمع روحانیون مبارز واکنش نشان داد و خطاب موسوی خوئینی‌ها نوشت: «جنابعالی با بیان این گونه جملات قصار، بیانیه سیاسی کوتاه و خشک خود را صادر کرده‌اید و اجرکم‌عندالله انشاءالله. اما از باب «الاکرام بالاتمام» اینک لطف کنید در یک گفت‌وگوی مشترک، این جملات قصار را تحلیل و تفسیر و تشریح‌نمایید تا همین مردمی که جنابعالی این همه سنگ آنها را به سینه زده‌اید، و علی‌الخصوص قشر جوان و فعال جامعه، بیشتر و بهتر و عمیق‌تر در جریان مسائل و قضایا و رویدادها واقع شوند و بتوانند قضاوت آگاهانه‌تر و منصفانه‌تر و منطقی‌تری داشته باشند.»
پژوهشگر تاریخ معاصر خطاب به خوئینی‌ها نوشت: «مرحوم آقای منتظری را حتماً به خاطر دارید. خواهش من این است که نامه 17/مهر/ 1365 ایشان به حضرت امام را – که حتماً آن را قبلاً خوانده‌اید – مجدداً بخوانید. خلاصه حرف آن مرحوم در نامه مزبور این بود که: حضرت امام! اوضاع و احوال کشور بکلی سیاه و تاریک است و اساساً ادامه‌ای برای این روند متصور نیست. مردم هم بشدت ناراضی و در آستانه قیام هستند. شأن و جایگاه و اعتبار جنابعالی هم بر باد رفته و عنقریب است که نظام سقوط کند. ضمناً‍ً سیدمهدی هاشمی هم بهترین آدم روی کره زمین است!»
رضایی افزود: «شما بهتر از من می‌دانید که محتوای این نامه شباهت تام و تمامی داشت با اخبار و تحلیل‌های رادیوهای بیگانه و نیز اعلامیه‌های گروهک‌های ضدانقلاب و بخصوص سازمان منافقین. حال چرا چنین شباهت عجیب و غریبی میان آنها به وجود آمده بود، یقیناً جنابعالی که در آن زمان خود از رجال صاحب نام و مقام بودید، بهتر می‌توانید توضیح دهید.»
وی در پایان یادآور شد: «جالب اینکه نامه مختصر امروز شما، چکیده همان نامه مطول آن روز مرحوم منتظری است. حال چرا چنین شباهت عجیب و غریبی میان اینها به وجود آمده است، یقیناً جنابعالی که خود سرد و گرم روزگار را چشیده و تغییر و تحول حال و احوال آدم‌ها را بسیار دیده‌اید، بهتر می‌توانید توضیح دهید.»
آیت‌الله علم‌الهدی: فکر می‌کنید مردم شعور و درک ندارند؟
آیت‌الله سید احمد علم‌الهدی، خطیب نماز جمعه مشهد هم در خطبه‌های مجازی این هفته خود نیز به نامه موسوی خوئینی‌ها واکنش نشان داد و طی مطالبی نوشت: متأسفانه در داخل کشور ما برخی جریان‌ها و آدم‌ها هستند که از اول بینش اسلامی و دید دینی نداشتند، می‌گویند مسلمان و شیعه هستیم، خودشان را انقلابی معرفی می‌کنند اما دید و بینشی که انقلاب را بفهمند، ببینند و عظمت آن را درک کنند ندارند و دید و بینشی که دین و معارف دین را هم در قالب اسلام ناب محمدی ببینند ندارند.
او ادامه داد: نامه‌نگاری‌هایی که اخیراً به‌وسیله برخی عوامل وابسته به برخی جریان‌های سیاسی اتفاق می‌افتد به خاطر این است که این عظمت‌ها، عزت‌ها و موقعیت‌هایی که بحران‌های اخیر جهانی از نظام ما، انقلاب و جامعه ولایی ما به دنیا نشان داد را نمی‌بینند و توجه نمی‌کنند و تنها با یک بینش آلوده ماده‌پرستی غرب‌گرایی، می‌خواهند مسائل را تحلیل کنند و طبیعی است که این نعمت بر آنان پوشیده است و امیدواریم خداوند متعال ما را به خاطر این کفران نعمتی که این جریان‌های سیاسی و این عوامل جریانی در نظام و جامعه ما اظهار می‌کنند نگیرد.
دیروز «ترور شخص» امروز؛
«ترور شخصیت»
آیت‌الله رشاد مدرس خارج فقه حوزه هم در یادداشتی نوشت: مقارن سی و نهمین سالگشت ترور نافرجام رهبر معظم انقلاب اسلامی (حفظه الله) توسط گروهک فرقان، نامه سرگشاده‌ای از سوی موسوی خوئینی‌ها، خطاب به معظم‌له منتشر شد. انتشار این نامه در این مقطع، پرسش‌های گوناگونی را در اذهان برانگیخت، از جمله اینکه؛ آیا غرض از این اقدام، پس از گذشت چهل سال از «ترور شخص» و جسم زعیم حکیم امت به وسیله کسانی که جناب موسوی خوئینی‌ها پدر معنوی آنان خوانده می‌شود، به معنی تکمیل آن «پروژه ناتمام» اما این بار به صورت «ترور شخصیت» است؟
مدرس خارج فقه حوزه اظهار داشت: «آیا صدور چنین نامه‌ای در شرایط کنونی کشور، (که حاصل سیاست‌های جائرانه آمریکای غدار قداره‌کش علیه انقلاب و نظام و ملت ماست)، به معنی آن است که جناب موسوی خوئینی‌ها یکباره از مواضع چپ‌رادیکال گذشته خود نادم شده و اعراض کرده است؟ به تعبیر دیگر: از دیوار سفارت بالارفتن جناب خوئینی‌ها در آبان‌ماه ۵۸ چه بود و این همدلی و هم‌آوایی با آمریکا در تیرماه ۹۹ چیست؟ و آیا پس از این باید (به جای تفاسیر مارکسیستی قرآن) مترصد شنیدن تفاسیر لیبرالیستی ایشان از وحی نامه الاهی باشیم؟»
وی ادامه داد: «آیا بهتر نبود جناب موسوی خوئینی‌ها، به اقتضای مروت و صداقت: به جای قیافه حق به جانب گرفتن و فرافکنی وآدرس غلط به مردم دادن، عذر تقصیر به پیشگاه ملت می‌بردند؟ اگر ایشان از شم السیاسه بویی برده بودند درمی‌یافتند که مردم آدرس انبار سارق را بلدند، و این آدرس‌دانی را در حوادثی چون بدرقه سردار شهید سپهبد سلیمانی و انتخابات ۹۸ نشان دادند.»
جناب موسوی خوئینی‌ها! آخرین میخ را به تابوت اصلاحات کوبیدید
بسیج دانشجویی دانشکده الهیات و معارف اسلامی در واکنش به نامه اخیر محمد موسوی خوئینی‌ها تصریح کرد که وی با این نامه آخرین میخ را به تابوت اصلاحات و چهره سیاسی خود کوبید.
در بخشی از این نامه آمده است «جنابعالی و جریان منسوب به شما به جای عذرخواهی از مردم ایران دست به فرافکنی سیاسی می‌زنید... لطفاً بروید استغفار کنید و از ملت شریف ایران و مقام معظم رهبری طلب عفو و بخشش‌نمایید و من‌بعد در امور سیاسی دخالت نکنید، چرا که ملت مؤمن و انقلابی ایران طلحه و زبیر دیگری را تحمل نخواهندکرد که جملی دیگر بیافرینند.»
خوئینی‌ها هشدارهای رهبری
 نسبت به انحرافات را ندیده است
بسیج اساتید دانشگاه‌های تهران بزرگ با صدور بیانیه‌ای به ادعای مطرح شده توسط موسوی خوئینی‌ها در نامه به رهبر معظّم انقلاب، پاسخ داد.
در بخشی از این بیانیه آمده است: «نگارنده این نامه به جای وارد ساختن اتهام مدیریت بسته به دیگران، بهتر است در مورد دوران مسئولیت خود در دهه شصت و در نقش‌آفرینی سیاسی دهه هفتاد خود توضیح دهد که چرا به بدترین شکل به دنبال حذف جریان رقیب از صحنه سیاسی کشور بوده است. اگر آقایان عملکردشان را فراموش کرده‌اند، دیگرانی هستند که تاریخ رفتار سیاسی آنان را گوشزد نمایند تا نسل امروز بداند نتیجه اثرگذاری چنین افرادی، رخ دادن چه وقایعی بوده و تحت تعلیماتشان، چه گروه‌های تندرویی در تاریخ معاصر ایران شکل گرفته است.»
موسوی خوئینی‌ها
 باید پاسخگو باشد نه مطالبه‌گر
حجت‌الاسلام کلانتری نماینده مردم فارس در مجلس خبرگان رهبری در گفت‌وگو با رسا، در واکنش به نامه موسوی خوئینی‌ها به رهبر معظم انقلاب گفت: آقای موسوی خوئینی‌ها بعد از انقلاب اسلامی مسئولیت‌های متعددی را در عرصه‌های مختلف دارا بوده که از این میان می‌توان به عضویت در شورای بازنگری قانون اساسی در سال ۶۸، مسئولیت احراز صلاحیت‌های ریاست‌جمهوری دوره اول، عضویت در مجلس خبرگان، دادستانی کل کشور، امیرالحاج کشور در مناسک حج و عضویت در مجمع تشخیص مصلحت نظام‌اشاره کرد؛ به عبارت دیگر آقای موسوی خوئینی‌ها در هر سه عرصه تقنین، اجرا و قضا مسئولیت‌های کلیدی داشته و باید در حال حاضر پاسخگو باشد، نه اینکه در مقام مطالبه‌گر و پرسشگر ظاهر شود.
بادامچیان: دوستان و طرفداران خوئینی‌ها هم
 به او اعتراض کردند
اسدالله بادامچیان دبیرکل حزب موتلفه اسلامی درخصوص نامه محمد موسوی خوئینی‌ها به رهبر معظم انقلاب گفت: چرا خوئینی‌ها به این نقطه سیاه رسید؟ خوئینی‌ها قبل از پیروزی انقلاب اسلامی در مسجد جوستان تفسیری برخلاف مبانی اسلامی می‌گفت. از پای این تفسیر گروهک فرقان در آمد که مطهری‌ها، قرنی‌ها، عراقی‌ها و امثال آنها را شهید کرد. خوئینی‌ها در مسائل مربوط به روحانیت یکی از عوامل اصلی انشعاب روحانیت و مجمع روحانیون مبارز بود.
خوئینی‌ها به شهید بهشتی
 ظلم فراوانی کرد
بادامچیان درخصوص عملکرد خوئینی‌ها گفت: او کسی بود که در جریان‌های گوناگون مشکلات فراوانی ایجاد کرد. ضمن اینکه در کارهایی حضور می‌یافت. مثلاً وقتی در لانه جاسوسی حضور پیدا کرد ظلم فراوانی به شهید بهشتی کرد. خوئینی‌ها از کسانی است که شهید بهشتی به دست این‌ها مظلوم شد، زیرا شهید بهشتی بارها گفت آنچه که از من در لانه جاسوسی است پخش کنید، اما این‌ها پخش نکردند، زیرا می‌دانستند آمریکایی‌ها چقدر نسبت به شهید بهشتی کینه دارند. بعد هم این را به‌گونه‌ای جلوه دادند که انگار دارند به نفع شهید بهشتی کار می‌کنند. به این صورت که اگر آن مطالب را بگویند به ضرر شهید بهشتی است. در حالی که هر کس بهشتی و آمریکا را می‌شناسد می‌دانست می‌داند نمی‌شود آمریکایی‌ها نسبت به شهید بهشتی بی‌توجه باشند.
خوئینی‌ها عذرخواهی کند
دبیرکل حزب موتلفه اسل متذکر شد: امیدوارم اگر ایشان متوجه چنین مسائلی شده است، از پیشگاه ملت ایران و امام زمان (عج) ـ که به نائب امام زمان (عج) جسارت کرده است ـ عذرخواهی کند. شاید بخشی از گذشته‌اش مورد عفو قرار بگیرد.