بعد از انقلاب اما لحن او کاملا متفاوت شد و به بدگویی‌های گسترده از همکاران و رؤسای سابقش پرداخت. در عین حال برای گروه‌های تجزیه‌طلب سوابق مبارزاتی می‌ساخت و مخفیانه از آنان حمایت می‌کرد. هنگامی‌که غائله آذربایجان و هواداران آیت‌الله شریعتمداری آغاز شد، او از مهم‌ترین حامیان مطبوعاتی این غائله بود و برای تضعیف موقعیت امام خمینی برای شریعتمداری لقب امام را به کار برد. او در سال‌های نخست انقلاب با نمایش آشوب‌های کردستان و خوزستان و ترکمن‌صحرا به شکل اغراق‌شده، وضعیت کشور را سیاه و خراب معرفی می‌کرد.
مسعود بهنود با آغاز دوران اصلاحات به همکار ثابت نشریات زنجیره‌ای بدل شد. سرانجام به جرم تشویش اذهان عمومی، توهین به رهبری و فرمانده سپاه، جمعا به 23 ماه زندان محکوم شد. پس از شش ماه با وثیقه 40 هزاردلاری آزاد شد و برای برگزاری تور سخنرانی به اروپا رفت. 11 خرداد 1381 بود که حکم جدیدی از سوی قوه قضائیه برای او صادر شد و او را برای گذراندن 16 ماه دیگر به ایران احضار کرد. بهنود که در اروپا بود حاضر به بازگشت نشد و سرانجام به انگلستان فرار کرد. از آن زمان وی پای ثابت همکاری با بی‌بی‌سی بوده است. بنابراین وقتی در جلسه اسمال‌مدیا برای موسسه روز تصمیم‌گیری می‌شد، محمود عنایت، مدیر اجرایی اسمال‌مدیا، هیچ گزینه‌ای بهتر از مسعود بهنود پیدا نمی‌کرد. خصوصا که خواهر مسعود بهنود، به نام عطیه، ساکن تهران بود و امور او را در داخل کشور پیگیری می‌کرد.
مسعود بهنود در موسسه روز باید چه می‌کرد؟
بخشی از ماموریتش همان کارهای ثابت همیشگی بود،؛ یعنی خبرپراکنی جهت‌دار از طریق سایت خبری روزآنلاین. اما بخش‌هایی که کمتر آشکار بودند ایجاد شبکه در میان جامعه رسانه‌ای کشور و پشتیبانی مالی از روزنامه‌نگاران داخلی بود که با نظام زاویه داشتند. هم‌چنین باید نیروی جدید خبری از داخل کشور تربیت می‌شد و در عین حال اخبار دقیق از وضعیت داخلی کشور و شرایط نظام جمع‌آوری شده و به اتاق فکر بی‌بی‌سی آورده می‌شد. بهنود سابقه چنین عملیات‌هایی را داشت؛ مدتی ‌که بعد از فرار، با اسم مستعار هوشنگ مانی برای مطبوعات داخل کشور قلم می‌زد. حالا نویسندگانی در داخل کشور باید با اسم مستعار برای روزآنلاین قلم می‌زدند.
یکی از این نویسندگان که توسط مسعود بهنود جذب شد، نادر بود. مترجم و نویسنده اهل تهران که شخصیت او در فضای مجازی پرسروصدا بود و خود را به‌عنوان یک نیروی چپ و ضداشرافی معرفی می‌کرد، در حالی‌که با موسسه روز وابسته به اسمال‌مدیا همکاری می‌کرد. نادر مدت‌ها با نشریاتی چون شرق، بهار، آفتاب امروز و توسعه همکاری کرد. در موسسه «رخداد تازه» و نیز موسسه «پرسش» نیز تدریس می‌کرد. وقتی جذب موسسه روز شد قرار بر این شد که ماهانه هفتاد مقاله برای روز ارسال کند و به این ترتیب یکی از بازوهای اصلی روز در داخل کشور شد. البته وی از اسامی مستعار دخترانه استفاده می‌کرد. نازنین کامدار و فیروزه متین، نام‌هایی بودند که به‌عنوان پوشش از آنها بهره می‌گرفت. برای رعایت نکات ایمنی، یادداشت‌هایش را از طریق کافی‌نت ارسال می‌کرد تا احیانا ردگیری نشود. بهنود نیز دستمزد او را مستقیما به حساب خودش واریز نمی‌کرد. این مبلغ به حساب‌های مادر و برادر نادر ارسال می‌شد. در یکی از پیام‌های محرمانه او به بهنود، وی به رعایت نکات امنیتی اشاره کرده و می‌گوید: «بنده با شرایط سختی گزارش‌ها را تهیه می‌کنم و بعضا با گوشی تلفن و کافی‌نت می‌فرستم». بهنود و نادر هر دو می‌دانستند که فعالیت آنان خلاف قوانین کشور است و برای همین تمام تلاش خود را می‌کردند تا ردی به جا نگذارند.
یکی دیگر از همکاران بهنود در داخل ایران، سامان بود. سامان، مقاله‌نویس در سایت تاریخ ایران و نیز دبیر سرویس بین‌الملل‌اندیشه پویا بود که با اسم‌های مستعار علی نجاتی، شیرین کریمی و آرش معتمد برای روزآنلاین می‌نوشت. او نیز ماهانه ده‌ها مقاله، گزارش و ترجمه مقالات خارجی و گزارش‌های سیاسی را با رعایت ضوابط امنیتی از طریق کافی‌نت برای مسعود بهنود ارسال می‌کرد و از سال 1388 از موسسه روز دستمزد دریافت می‌کرد.
علی نیز یکی دیگر از شخصیت‌های داخلی همکار با مسعود بهنود بود. او که کارتونیست، نقاش، مجسمه‌ساز، طراح گرافیک، تصویرساز و روزنامه‌نگار ساکن بابلسر بود، دستمزد خود را ابتدا توسط خواهر بهنود در داخل ایران دریافت می‌کرد، اما بعدها این مبلغ به حساب برادرزاده‌اش در سوییس واریز می‌شد.
یکی دیگر از همکاران مخفی بهنود و روزآنلاین در داخل ایران، احسان بود. احسان در انتخابات ریاست‌جمهوری نهم عضو ستاد انتخاباتی‌هاشمی‌رفسنجانی در شیراز بود و سپس در روزنامه‌هایی چون آفتاب یزد، کارگزاران سازندگی، اعتماد، شرق و آرمان امروز فعالیت کرد. وی در سال 1388 به پوشش خبری سفرهای انتخاباتی میرحسین موسوی پرداخت و در سال 1390 نیز در روزنامه فرهیختگان، ارگان دانشگاه آزاد اسلامی، فعال شد. پس از برکناری جاسبی از دانشگاه آزاد، او نیز از فرهیختگان اخراج شد اما با تصمیم رئیس‌هیئت امنای دانشگاه آزاد، طی حکمی او به سمت مشاور مطبوعاتی هیئت امنای دانشگاه آزاد منصوب شد. سپس معاون سردبیر روزنامه اعتماد شد و در انتخابات یازدهم ریاست‌جمهوری نیز به حمایت از حسن روحانی پرداخت. با روی کار آمدن دولت یازدهم، رئیس‌دانشگاه آزاد او را به‌عنوان مدیر مسئول فرهیختگان منصوب کرد. سال 1393 نیز اکبر ترکان، رئیس‌مناطق آزاد، او را مامور راه‌اندازی «خبرگزاری شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی» کرد. در این مدت، همکاری مخفیانه او با روزآنلاین با اسم مستعار مهناز ملکوتی ادامه داشت.