براساس آموزه‌های قرآن، برای کشف حقایق از جمله حقایق تکوین و تشریع یعنی حوزه‌های آیات طبیعی و آیات تدوینی و نیز عالم شهادت و عالم غیب، دو ابزار قوی و استوار وجود دارد که عبارتند از : عقل و وحی.
همان‌طور که می‌توان هستی را با نقل وحیانی شناخت و کشف کرد، می‌توان با عقل فطری نیز این کار را کرد. از همین رو در روایات، عقل و وحی به عنوان دو حجت الهی مطرح می‌شود که می‌توان بر اساس آن استدلال کرد و حکم الهی را کشف کرد و بدان عمل نمود.(کافی، ج 1، ص 11)
خدا درباره حجت عقل و وحی می‌فرماید: پیامبرانى که بشارتگر و هشداردهنده بودند تا براى مردم پس از فرستادن پیامبران در مقابل خدا حجت و بهانه‌ای نباشد و خدا توانا و حکیم است. (نساء، آیه 165)
خدا درباره علت ارسال رسولان به عنوان حجت الهی به این نکته توجه می‌دهد که اگر ما حجت نقلی را نمی‌فرستادیم، مردم می‌توانستند علیه ما دلیل اقامه کنند که چرا حجت نقلی(وحی) فرستاده نشده است؟!
مراد از این حجت مردم، همان عقل است؛ زیرا خدا در درون هر کسی یک ابزار کشف و شناخت قرار داده است که از آن به عنوان قوه عاقله یا فطری یاد می‌شود. این قوه شناخت این امکان را به هر کسی می‌دهد تا حقایق را بشناسد و بدان گرایش پیدا کند.
البته از همین آیه می‌توان دریافت که عقل فطری هر انسانی کشف می‌کند که نسبت به اموری که لازم است بداند و گرایش داشته باشد، نادان و جاهل است و ممکن است گرفتار فتنه شناختی و گرایشی شود؛ از این رو به دلایلی عقل فطری خود را نیازمند وحی می‌داند:
1. پاکسازی و بازسازی عقل فطری: از نظر عقل اگر نقل وحیانی نباشد، ممکن است که فطرت دفن شده با گناه ،نتواند حقیقت را کشف و بدان گرایش پیدا کند و گنجینه‌هایی است که نیازمند شخم وحی و پاکسازی و بازسازی است؛ این همان چیزی است که امیرمومنان علی(ع) از آن به «اثاره العقول»(برانگیختن خردها) تعبیر و به عنوان ماموریت پیامبران و نقل وحیانی مطرح کرده است.(نهج‌البلاغه، خطبه 1)
2. آموزش غیر قابل دسترسی‌ها: از نظر عقل برخی از مناطق شناختی بیرون از دایره شناخت قطعی و یقینی اوست؛ زیرا عوالم غیبی را به علم کلی می‌داند ولی نسبت به جزئیات آن آگاه نیست؛ چنانکه از آخرت و معاد و هدفمندی هستی آگاهی دارد، ولی کیفیت خدا تا معاد را نمی‌شناسد. اینجا است که عقل فطری خود را نیازمند وحی می‌داند؛ همان علوم غیبی که بالذات برای خدا است و با اظهار الهی، پیامبر(ص) بدان عالم می‌شود.(جن، آیات 26 و 27)
علوم غیبی که از طریق وحی در اختیار پیامبر(ص) قرار گرفته (هود، آیه 49) به وسیله پیامبر(ص) به انسان‌ها آموزش داده شده است. خدا درباره این دسته از علوم غیر قابل دسترسی با عقل که با نقل وحیانی در دسترس قرار گرفته است، می‌فرماید: و خدا کتاب و حکمت بر تو نازل کرد و آنچه را نمى‏‌توانستی بدانی به تو آموخت و تفضل خدا بر تو همواره بزرگ بود.(نساء، آیه 113)
 نیز درباره بهره‌مندی مردم از علوم غیرقابل دسترسی با عقل از طریق وحی می‌فرماید: همان‌گونه (که با تغییر قبله، نعمت خود را بر شما کامل کردیم،) رسولی از خودتان در میان شما فرستادیم؛ تا آیات ما را بر شما بخواند و شما را پاک کند؛ و به شما، کتاب و حکمت بیاموزد و آنچه را نمی‌دانستید، به شما یاد دهد..(بقره، آیه 151)