در حالیکه نمایندگان مجلس و جامعه دانشگاهیان اعم از دانشجویان و اعضای هیئت علمی دانشگاه‌ها به شیوه انتخاب روسای دانشگاه‌ها از سوی وزیر علوم معترض هستند و حتی اعضای شورایعالی انقلاب فرهنگی چندین بار در رابطه با این مسئله به وزیر علوم تذکر دادند وزیر علوم یک سرپرست را بر دو دانشگاه منصوب می‌کند، گویی قحط‌الرجال آموزشی در کشور وجود دارد.
البته این مسئله پیش از این هم رخ داده است به طوری که محمدحسین امید معاون اداری مالی وزارت علوم پس از برکناری غلامرضا خواجه سروی معاون فرهنگی اجتماعی وزیر علوم با حفظ سمت به عنوان سرپرست معاونت فرهنگی انتخاب شد.‌‌امید همچنین پس از برکناری فرهاد رهبر رئیس دانشگاه تهران نیز به مدت حدود 4 ماه در هر دو سمت معاون اداری مالی وزارت علوم و سرپرست دانشگاه تهران فعالیت کرد. و حالا مسعود شفیعی سرپرست دانشگاه فنی و حرفه‌ای با حفظ سمت سرپرست دانشگاه جامع علمی و کاربردی شده است تا این دو دانشگاه بزرگ توسط یک سرپرست مدیریت شود.