در اسفند 1391 هاله اسفندیاری از موسسۀ وودرو ویلسون، از اعضای نایاک از جمله تریتا پارسی و سیامک نمازی دعوت کرد تا دربارۀ تحریم‌های دارویی ایران در آن موسسه سخنرانی کنند. سیامک نمازی به‌علت سابقۀ فعالیت در صنعت داروی ایران و آشنایی کامل با ساختار دارویی ایران، راه‌کارهای تحریم را با این مرکز در میان گذاشته بود. این اطلاعات به شکل پژوهشی به کنگرۀ آمریکا رفت تا اطلاعات لازم برای تهیه و تصویب قانونی برای تحریم دارویی ایران در اختیار نمایندگان کنگرۀ آمریکا قرار بگیرد. البته خود سیامک نمازی به وزارت امورخارجه رفت تا درباره تحریم‌های دارویی مشاوره بدهد.
اما با روی کار آمدن دولت یازدهم در ایران، شعار اصلی دولت انجام مذاکرات هسته‌ای به هدف گشایش اقتصادی بود و نایاک به‌عنوان سازمانی که سعی در برقراری رابطه میان ایران و آمریکا داشت تلاش می‌کرد در تیم وزارت خارجۀ ایران نفوذ کند. این بخش از نفوذ که کاملا جنبۀ جاسوسی داشت با ملاقات‌های محرمانه و مخفیانه با برخی از نیروهای وزارت خارجه انجام شد. تکنیک نایاک این بود: گزینه جنگ را مطرح بکند ولی چهرۀ آمریکا را متمایل به صلح و آشتی نشان بدهد تا به این ترتیب تمایل برخی از گروه‌های فکری داخل وزارت خارجه را به گفت‌وگو با آمریکا پررنگ بکند. تریتا پارسی در گفت‌وگو با بی‌بی‌سی فارسی، آشکارا اعلام کرد که در قضیۀ مذاکرات هسته‌ای میان ایران و پنج به علاوه یک، نایاک با 65 تا 70 نفر از نیروهای تیم مذاکرۀ ایران، آمریکا، اروپا و روسیه ملاقات کرده است.
نایاک هم‌چنین در مهرماه 1392، در واشنگتن کنفرانسی با موضوع «گفت‌وگوهای هسته‌ای و نقش اسرائیل در آن» برگزار کرد. در این کنفرانس، تریتا پارسی که خود نقش مجری گفت‌وگوها را داشت، از ترکی بن فیصل، رئیس‌سابق اطلاعات خارجی عربستان، یوسی آلفر، از ماموران سابق موساد و شیرین هانتر دیپلمات سابق ایران در زمان پهلوی دعوت کرد. در این کنفرانس، ترکی بن فیصل ضمن ستایش از دولت پهلوی، ایران بعد از انقلاب را به تلاش‌های توسعه‌طلبانه متهم کرد و گفت: «اگر ایران در امور کشورهای عرب دخالت نکند، جاه‌طلبی هسته‌ای را کنار بگذارد، جزایر سه‌گانه را به امارات پس بدهد و از سوریه و یمن خارج شود، مشکلات حل می‌شود». یوسی آلفر نیز از مشابهت نگرانی‌های سعودی‌ها و اسرائیلی‌ها دربارۀ ایران گفت. راه‌حل شیرین هانتر برای حل مشکلات، رابطه ایران با آمریکا و اسرائیل بود. در واقع فضای کلی این کنفرانس همان چیزی بود که نایاک می‌خواست یعنی دعوت از آمریکا برای فشار بیشتر در منطقه و اثرگذاری بر سیاست‌های منطقه بود. در واقع کاخ سفید برای نفوذ در وزارت خارجه و رساندن پیام‌هایش هیچ ابزاری به‌قدرت نایاک نداشت. عکس‌های منتشر شده از جریان مذاکرات هسته‌ای نشان داد که نایاک در واقع تا سطوح بالای دیپلماسی ایران نفوذ کرده بود.
حالا نایاک می‌توانست خط ارتباطی مستقیم نهادهای خارجی برای فشار به ایران در زمینه‌های مختلف باشد. به‌عنوان مثال وقتی دانشمندان هسته‌ای ایران ترور شدند نایاک سکوت کرد و وقتی قاچاقچیان و تبهکاران در داخل ایران اعدام می‌شدند نایاک در دفاع از حقوق بشر لب به اعتراض می‌گشود.
از طرفی چون اعضای نایاک اصلیت ایرانی داشتند و با درون ایران روابط مختلفی از روابط خانوادگی گرفته تا ورزشی، علمی، هنری و اقتصادی داشتند می‌توانستند شرایط دخالت در امور ایران را فراهم کنند.
نایاک در پی ارتباط مستقیم با داخل ایران بود. تریتا پارسی حتی آشکارا ابزار این ارتباط را هم اعلام کرد: حوزه‌های نهادی یا در واقع همان سازمان‌های مردم نهاد مثل محیط‌زیست، استارت‌آپ و کارآفرینی. اما چه‌طور سازمان‌های مردم نهاد یا مقولاتی مانند کارآفرینی و استارتاپ می‌توانستند برای اهداف نایاک و وزارت خارجۀ آمریکا مفید واقع شوند؟ این پرسش بعدها روشن شد وقتی معلوم شد که نقشه نفوذ پس از برجام تا چه اندازه گسترده بوده و چگونه تمام ابعاد مهم مدیریت کشور را در بر می‌گرفته است.
پشت پرده نایاک چه نهادهایی هستند؟
یکی از مهم‌ترین این نهادها، بنیاد جامعۀ باز متعلق به جورج سوروس سرمایه‌دار یهودی-آمریکایی بود. جورج سوروس را در همه جای دنیا به‌عنوان پدر انقلاب‌های رنگی می‌شناسند. نایاک هم آشکارا در وب‌سایتش اعلام کرده که از این بنیاد براندازی نرم پول گرفته است. بنیاد ملی آمریکا برای دموکراسی (NED) که زیر نظر وزارت خارجۀ آمریکا است نیز از همان سال 1380 که نایاک تاسیس شد به این نهاد تازه تاسیس کمک مالی پرداخت کرد و این کمک در سال‌های بعد ادامه پیدا کرد. مرکز ودرو ویلسون نیز که تریتا پارسی مدتی در آن کار کرده بود یکی دیگر از نهادهای حامی نایاک است. بورس‌های تحصیلی اعضای نایاک را هم بنیاد راکفلر وابسته به خاندان سرمایه‌دار راکفلر در آمریکا پرداخت می‌کرد. در مجموع تعداد شخصیت‌های حقیقی و حقوقی که به نایاک کمک مالی می‌کنند، به 8 هزار نفر و موسسه می‌رسد.
در داخل آمریکا، نایاک موافقان و مخالفانی دارد. موافقان نایاک، موافق مشی اصلاحات در داخل ایران هستند یعنی تغییر نظام به شکل تدریجی و استحالۀ سیاسی عقیدتی. دنیس رایت، عضو شورای امنیت ملی آمریکا، توماس پیکرینگ، سفیر سابق آمریکا در اسرائیل، سوزان رایس، نمایندۀ سابق آمریکا در سازمان ملل و ریچارد هاس رئیس‌انجمن شورای روابط خارجی، همگی بخشی از نیروهای سیاسی درون آمریکا هستند که با مشی نایاک موافقت کرده‌اند. در طیف مخالفان اما نیروهایی وجود دارند که راه‌حل را نه در جنگ نرم و براندازی خاموش، بلکه در جنگ سخت و حملۀ نظامی می‌دانند. نیروهای جمهوری‌خواه آمریکا، گروهک منافقین و نیز شیرین عبادی برندۀ نوبل صلح، از این دسته هستند. یکی دیگر از مخالفان نایاک، سیدحسن داعی‌الاسلام است. اولین گزارش‌های داعی‌الاسلام در سال 1386 بیرون آمد. او به‌شدت به نایاک حمله کرده و آن‌را نهادی برای لابی‌گری جمهوری ‌اسلامی اعلام کرد. او معتقد بود نایاک مخالف تحریم‌های آمریکا علیه ایران است.
زمانی که داعی‌الاسلام مدعی می‌شود نایاک صدای جمهوری‌اسلامی ایران در آمریکا است، البته به فعالیت‌های نایاک علیه جمهوری ‌اسلامی و همکاری‌اش با نهادهای برانداز مانند بنیاد ملی آمریکا برای دموکراسی، بنیاد راکفلر و بنیاد وودرو ویلسون ‌اشاره‌ای نمی‌کند. البته خود داعی‌الاسلام در جای دیگری، کمکCIA به نایاک را افشا می‌کند. او با این کارش، در واقع این سؤال را ایجاد می‌کند که اگر نایاک برای جمهوری ‌اسلامی کار می‌کند، پس برای چه CIA به نایاک کمک مالی می‌کند؟