مجتبی واحدی در دهمین سالگرد فتنه سبز، دویچه وله نوشت: مشکل جنبش سبز یک نام بود: روح‌الله خمینی. از جنبش سبز چیزی جز نام باقی نمانده و به تاریخ پیوسته است.
وی با دفاع از حرمت‌شکنی فتنه‌گران در عاشورای سال 88 مدعی شد: بسیاری از افراد مرتبط با جنبش سبز در روز عاشورا، به جدا شدن بخشی از همراهان جنبش از آن کمک کردند. از جمله در بخشی از بیانیه میرحسین موسوی که پس از عاشورای هشتاد و هشت صادر شد، آمده بود: «در روز عاشورا شعارها و حرکاتی مشاهده شده که به صورت افراط غیرقابل قبول بوده است.»
برخلاف ادعای این عنصر نفوذی و فراری، موسوی در بیانیه خود، از حرمت‌شکنان، به ساحت امام حسین(ع) به عنوان «مردمان خداجو» دفاع کرد؛ و این در حالی است که در میان آنها اعضای سازمان منافقین و فرقه صهیونیستی- انگلیسی بهائیت بازداشت شد.
واحدی در ادامه می‌افزاید: اگر چه در عاشورای88، افتراق در جنبش سبز آغاز شد، اما حوادث آن روز و پیامدهای آن را نمی‌توان مهم‌ترین عامل چند دستگی در جنبش دانست. بزرگ‌ترین ‌معضل در این جنبش، یک‌نام بود: «روح الله خمینی». در واقع، هرگاه ادعاهای جنبش سبز با این نام برخورد می‌کرد دچار بن‌بست می‌شد. حامیان جنبش سبز از خامنه‌ای شکایت می‌کردند، اما نمی‌توانستند در مورد ریشه اصلی خودکامگی‌های او سخن بگویند. پس از عاشورای ۸۸ در گفت‌وگوبا صدای آمریکا، موسوی و کروبی را مخاطب قرار دادم و از آنها پرسیدم‌: «برای ولایت مطلقه فقیه، چه سهمی در خودکامگی خامنه‌ای قائل هستند؟»
البته در هنگام طرح سؤال مطمئن بودم که مخاطبان من امکان پاسخگویی نخواهند داشت، اما هدف از طرح سؤال، هشداربرای نسل دوم و سوم اصلاح‌طلبان بود که «نمی‌توان هم ‌خمینیست بود هم‌ از خامنه‌ای شکایت کرد.» همین افراد در مواجهه با کشتار تابستان ۶۷ [اعدام منافقین]، زبان بسته بودند زیرا آمرِ اصلی آن‌، روح الله خمینی بود. فضای ایجاد شده پس از آغاز جنبش سبز سؤالاتی ایجاد کرد. اغلب این پرسش‌ها به‌صورت مستقیم یا غیر مستقیم ‌به دوران ده‌ ساله رهبری روح الله خمینی مربوط می‌شد.
مُهره‌های اصلی جنبش سبز که با حسرت از «دوران طلایی امام» سخن می‌گفتند ، برای پرسش‌ها پیرامون شباهت‌های رفتاری و حتی الگوبرداری خامنه‌ای از خمینی پاسخی نداشتند.
واحدی می‌نویسد: همین تناقض، روزبه‌روز بر ریزش‌ها در جنبش سبز افزود. ده سال پس از آغاز جنبش سبز، اکنون با جرات می‌توان گفت که بسیاری از همراهان اولیه جنبش، راه خود را جدا کرده‌اند. باید اذعان کرد که از جنبش سبز نیز، جز نامی باقی نمانده است. بر این باورم که اگر چه ده سال از جنبش سبز می‌گذرد، اما نمی‌توان این جنبش را « ده ساله» نامید. با همه احترامی که برای سران محصور جنبش و زندانیان جنبش قائلم، آن جنبش را پیوسته به تاریخ می‌دانم و احیای آن را منتفی. کاهش تدریجی حساسیت‌ها نسبت به حصر سران جنبش، بهترین دلیل برای اثبات مدعای این یادداشت است.
ادعاهای واحدی در حالی است که سایت جرس (ارکان جنبش سبز وابسته به کدیور) 5 خرداد 92 در مقاله‌ای با عنوان «آیت‌الله خمینی در برابر خمینی»، به نفاق سران فتنه سبز پرداخت و خواستار انتقام از امام و رهبری به واسطه تحریف مکتب امام(ره) شد. جرس نوشته بود: «گذار در ایران بر گسل عمیق شدن شکاف میان شاگردان و اطرافیان درجه اول آیت‌الله خمینی رخ می‌دهد؛ دسته‌ای با محوریت آقای خامنه‌ای که خود شاگرد آقای خمینی بود، به همراه کسانی چون آقای جنتی، و دسته دیگر، در عوض چند سال است به دموکراسی‌خواهی نزدیکتر می‌شوند، مهم‌ترین افراد در این دسته دوم میرحسین موسوی ، مهدی کروبی، هاشمی رفسنجانی ، سید محمد خاتمی و بیت ‌آیت‌الله خمینی هستند. به نظر می‌رسد استراتژی باید مانور دادن بر روی این شکاف باشد. باید کمک کرد که تمایز این دو دسته هر روز واضح‌تر و به تمایز طرفدار استبداد- طرفدار دموکراسی بدل شود. در این دید نباید با آیت‌الله خمینی همان معامله‌ای را کرد که با آقای خامنه‌ای می‌کنیم. آقای خمینی را باید به عنوان بخشی از تاریخ این کشور نقد کرد، منتها توجه کرد که او به همراه بیتش همچون متنی است که دو قرائت هرمنوتیکی کاملاً متضاد از آن می‌شود کرد. البته که دموکراسی تعریف مشخصی دارد و یحتمل دموکراسی دینی بی‌معناست. با این حال آقای خمینی و مجموعه سخنان او در سیاست ایران در وضعیت کنونی حکم متن مقدس قرآن یا انجیل برای مسلمانان یا مسیحیان را دارند. یک راه برخورد با این متون این است که نگاهی ذات‌گرا به قرآن یا انجیل داشته باشیم و بگوییم این متون کلاً تولید‌کننده خشونت‌اند، یک راه دیگر هم این است که همچون نواندیشان دینی بر آیات انسانگرایانه این متون مقدس بیشتر تأکید کنیم و به عنوان مثال آیات طرفدار جهاد و خونریزی را تأویل کنیم. در یک جامعه مذهبی روش دوم بیشتر جواب می‌دهد. محتملاً در وضعیت خاص ایران تا اطلاع ثانوی، «آیت‌الله خمینی» حکم متن مقدسی را دارد که باید آن را به نفع دموکراسی تأویل کرد. هیچ اندیشیده‌ایم چرا عده زیادی در میان اندیشمندان دنیا از لاک گرفته تا مارتین لوترکینگ و سروش و مجتهد شبستری کوشیده‌اند بگویند دین با دموکراسی یا حقوق بشر سازگار است، به‌جای اینکه بر تضاد این دو به نحوی ذلت‌گرایانه انگشت نهند؟ یکی از توجیه‌های مهم این رویکرد آن است که توجه شود دین از منظر هویتی برای بسیاری از انسانها مهم است و بر این اساس بهتر است دموکراسی خواهان یا حقوق بشر دوستان به جای آنکه خود را در برابر دین قرار دهند، از نیروی آن استفاده کنند. هکذا است داستان آقای خمینی در وضعیت بغرنج کنونی ما در ایران. در این نظر قرار نیست دموکراسی را با معیار سخنان آقای هاشمی و خاتمی بسنجیم. البته که دموکراسی معیارهایی مستقل دارد. بلکه قرار است کوشش کنیم شکاف را عمیق‌تر کنیم. در این نگاه اصلاح‌طلبانی چون هاشمی یا خاتمی را در حال شدن و تغییر نگریسته می‌شوند نه هویت‌هایی لزوماً ثابت. تغییرات میرحسین و کروبی و رهنورد پس از جنبش سبز بهترین مثال‌های امکان چنان تغییری است».
در عین حال مجید محمدی از اعضای فراری حلقه کیان، آبان 88 درباره علت بن‌بست فتنه سبز در وبسایت رادیو فردا تصریح کرد: اسلامگرایی (و نه ولایت فقیه با قانون رسمی در پوی» جدی‌ترین مانع و بزرگ‌ترین مخاطره در برابر جنبش سبز است.»