سید جواد طباطبایی که پیش از این از روحانی در جشنواره فارابی جایزه گرفته، در واکنش به سخنان خاتمی نوشت: من نیز مانند بسیاران دیگری سخنان آقای محمد خاتمی، رئیس جمهور اسبق، درباره مطلوب بودن الگوی فدرالیسم برای ایران را، که در جمع اعضای شورای شهر ایراد شده بود، با شگفتی فراوان در رسانه‌ها خواندم.
در آن سخنان آمده بود: «مطلوب‌ترین شیوه حکومت مردمی اداره فدرالی است». من درست نمی‌توانم بفهمم که چرا رئیس‌ جمهور پیشین، که باید بداند که هر سخن جایی و هر نکته مکانی دارد، خطاب به اعضای شورای شهر درباره مسائل کلان حاکمیتی کشور چنین مطلب مهمی را مطرح کرده است؟
آقای رئیس جمهور اسبق باید بداند که تصمیم‌گیری در چنین مواردی به هیچ وجه در صلاحیت اعضای شهر نیست که مردم برای اداره امور جاری شهر انتخاب می‌کنند و برحسب تعریف اگر صلاحیتی داشته باشند باید رسیدگی به امور جاری شهر باشد و به این اعتبار، صلاحیتی برای مداخله در امور کشور ندارند. وانگهی، خود آقای رئیس جمهور اسبق چه صلاحیتی دارد که چنین بحث مهم حاکمیتی را با گروهی که آنها نیز در مواردی فاقد صلاحیت هستند در میان گذاشته است. با پایان دوره ریاست جمهوری رئیس جمهور نیز شهروندی بیش نیست و اگر نظری داشته باشد باید آن نظر را مستدل بیان کند و پاسخ بگیرد، اما بیان چنین مباحثی، در چنین سطح عامیانه‌ای، در مناسبت‌های سیاسی در شأن رجل سیاسی نیست.
وی می‌افزاید: من به این اعتبار اخیر این دو سه یادداشت را می‌نویسم تا یادآوری کنم که مصالح عالی کشور را فدای منافع گروهی که او رهبری آنان را بر عهده دارد و فساد و عدم کاردانی بسیاری از آنان به جایی رسیده که خود آقای خاتمی مجبور شده است اعتراف کند: «بعید است مردم با حرف ما در انتخابات آتی شرکت کنند»، نکند! من اضافه می‌کنم: آقای خاتمی بعید نیست، حتمی است! شما به عنوان رهبر اصلاحات حتما شعارهای مردم را شنیده‌اید و این نکته را باید بفهمید که اصلاحات نیازمند نظریه‌ای برای افسادات است، یعنی باید دانسته باشید که در کجاها کار را خراب کرده‌اید، فسادهای اطرافیان شما کجاها و تا چه حدی بوده است؟ آنچه بعید می‌نماید این است که شما و اصلاح‌طلبان هنوز تصور درستی از بیراهه‌ای که رفته‌اید ندارید و برای جبران همین فقدان فهم درست است که هر بار برای گرفتن رأی مردم از مصالح عالی کشور مایه می‌گذارید و هر بار هم همان اشتباه‌های پیشین را مرتکب می‌شوید. جواد طباطبایی با بیان اینکه «اطمینان دارم به واقع متوجه نشده‌اید چه گفته‌اید و گفته‌های شما چه تالی‌های فاسدی می‌تواند داشته باشد»، می‌افزاید: به عنوان یک شهروند، که اندکی بیشتر از شما در این مباحث فکر کرده و به ویژه اینکه سیاست‌باز نیست، از شما می‌خواهم که این سخنان را محترمانه پس بگیرید و به اطرافیان خودتان هم توصیه کنید که وارد این مباحث نشوند.