با عملکرد دولت، ماهیت صندوق توسعه ملی از معنا تهی و ورودی‌های صندوق به صفر رسیده است. روزنامه شرق به نقل از هشدار مرکز پژوهش‌های مجلس نوشت: بررسی ارقام و تبصره‌های لایحه بودجه نشان می‌دهد به‌واسطه کسر سهم ۱۴‌درصدی صندوق توسعه ملی و اعمال تکالیفی مانند ۴۰۰هزار میلیارد ریال سقف دوم و دیگر تکالیف تبصره‌های «۴»، «۱۸»، «۱۹» و «۲۰» از محل منابع صندوق، در سال آینده عملا منبع جدیدی وارد صندوق نخواهد شد. این درحالی است که با توجه به شرایط پیش‌رو لازم بود در حد امکان منابع صندوق برای مصارف ضروری در سال‌های آتی پس‌انداز شود. صندوق توسعه ملی قرار بود سهم ارزی نسل آینده از منابع طبیعی باشد، اما با دست‌اندازی‌ها به منابع این صندوق عملا به مخزنی برای جبران کسری درآمدی دولت تبدیل شده است.
 روند فزاینده برداشت‌ها بیشتر از پیش تقویت شده است و دولت در ۳ سال اخیر بیش از دو‌برابر کل تسهیلات ریالی دریافتی از صندوق از ابتدای تأسیس تا پایان سال ۹۳ برداشت کرده و در لایحه بودجه سال آینده با کاهش ۱۴ درصدی سهم صندوق توسعه از فروش نفت، در چندین محل برای تأمین مالی بر منابع صندوق توسعه تکیه کرده است.
هرچند در اساس‌نامه صندوق بر مستقل‌بودن صندوق توسعه ملی از مصارف بودجه‌ای تأکید شده، اما در سال‌های اخیر و به‌ویژه در لایحه بودجه ۹۸، این اصل نقض شده و دولت و مجلس منابع آن را برای تکالیف بودجه‌ای و تأمین مالی هزینه‌های جاری اختصاص داده‌اند.
دولت یک قدم هم پیش‌تر رفته و برای تأمین مالی بخشی از مصارف لایحه بودجه ۹۸ حساب ویژه‌ای روی صندوق توسعه ملی باز کرده است. در لایحه بودجه ۹۸ سهم صندوق توسعه ملی از فروش نفت خام و میعانات گازی ۱۴ درصد کاهش داشته.