اسناد ساواک نشان می‌دهد که آیت‌الله جنتی تنها دو ماه پس از تبعید امام (ره) در جریان سفرهای تبلیغی در استان خوزستان مواضع خود را نسبت به رژیم آشکار کرده است. در گزارشی از ساواک در این خصوص آمده است:
«آقاي جنتي ضمن وعظ در مسجد از مقامات دولتي انتقاد مي‌نمايد.
ساعت ده شب مورخه 28 دي ماه 43 در مورد اجرا نشدن قانون در ايران بحث نموده.
ساعت 8 شب 30/10/43 در مورد بي‌اساس بودن قضاوت قضات ايران صحبت مي‌كرده و اظهار داشته چون ايران كمونيست شده است عنقريب آشوبي در ايران بپا خواهد شد. ضمناً در اواخر سخنراني خود فقط به آيت‌الله خميني دعا مي‌كند.»
در پی این سخنرانی انتقادی، ساواک خوزستان از ادامه برگزاری مجالس و منبر ایشان جلوگیری و وی را مجبور به بازگشت به قم کردند
«چون صحبت‌هاي وي دو پهلو تشخيص داده شد مدتي از منبر رفتن وي جلوگيري و ترتيب داده شد كه به قم حركت نمايد.»
از دیگر اقدامات آیت‌الله جنتی پس از تبعید امام(ره) در سال 1343، شرکت در تحصن اعتراضی در منزل مراجع قم پس از صدور حکم اعضای«هیئت‌های موتلفه اسلامی» به دنبال ترور حسنعلی منصور بود.
متحصنین که در حدود 50 نفر بودند در سه گروه 15 تا 20 نفری در منازل سه تن از علمای طراز اول قم متحصن شده و اعلامیه‌ای نیز در این خصوص صادر کردند. آیت‌الله جنتی یکی از سخنرانان این تحصن بودند. این تحصن که با راهپیمایی همراه بود در شهرهای مختلف کشور بازتاب زیادی داشت.
انتشار چند نامه سرگشاده و اعلامیه برای آیات عظام و مقامات ارشد رژیم پهلوی از دیگر اقدامات آیت‌الله جنتی در زمستان 1343 بود. در تاریخ 29/11/1343 نامه سرگشاده‌ای با امضا «حجج اسلام و فضلاء حوزه علميه قم» برای«امیر عباس هويدا» نخست‌وزیر وقت منتشر شد که در آن به تبعید حضرت امام (ره) اعتراض شده بود:
« ... ما برای حفظ مصالح عالیه اسلام و کشور عزیز جداً می‌خواهیم به منظور پایان دادن به وضع خطرناک موجود و رفع اختناق و رفاه حال عامه مردم فکری کنید و به خواسته‌های مردم ترتیب اثر دهید. طبقات مختلف کشور بالخصوص علمای اعلام و بالاخص حوزه علمیه قم که مرکز هدایت و پرورش کشور است منتظرند که هرچه زودتر به وضع موجود خاتمه داده شود و مخصوصاً در اسرع اوقات، رهبر شیعیان، مرجع عالیقدر، حضرت آیت‌الله‌العظمی آقای خمینی مدظله علی رؤس‌المسلمین را به قم عودت داده و سایر علما و دانشمندان، اساتید محترم دانشگاه و دانشجویان و اصناف، تجار و متدینین را آزاد نموده و بیش از این نسبت به احساسات پاک و گرم مردم بی‌اعتنایی نشود.»
در اعلامیه‌ای دیگر خطاب به هویدا، درباره هجوم مأموران رژیم شاه به حرم مطهر حضرت معصومه(س) و دستگیری علماء و روحانیون هشدار داده شده بد:
«ما مجدداً بر حسب وظیفه شرعی و وجدانی خود به خاطر حفاظت از اسلام و تعالی کشور و احیای قانون اساسی تذکر می‌دهیم که ادامه این روش نتیجه‌ای جز منفوریت هرچه بیشتر دستگاه حاکمه، و ایجاد عقده‌های خطرناک روحی برای مردم ستمدیده ندارد، و باید هر چه زودتر به این مظالم خاتمه داده شود، و به جای ایجاد این همه نارضایتی در طبقات مختلف مردم فکری برای تأمین حقوق انسانی و بهبود بخشیدن به اوضاع بی‌ سر و سامان اقتصادی و سایر شئون زندگی ایشان شود، و با الغای تصویب‌نامه‌های ضد دینی و ارجاع زعیم عالیقدر حضرت آیت‌الله العظمی آقای خمینی و آزاد کردن زندانیان بی‌گناه موجبات رضایت ملت مسلمان را فراهم آورده، و از فاصله عمیقی که بین ملت و دولت پیدا شده و قهراً به ضرر کشور و به نفع اجانب است، بکاهید.»
نامه سرگشاده دیگری که آیت‌الله جنتی در تهیه و انتشار آن نقش داشت، با عنوان «جمعى از حجج‌اسلام و محصلين اصفهانى حوزه علميه قم» تاریخ 26/12/1343  خطاب به هويدا نخست‌وزير منتشر شد.
«دير زمانى است كه هيئت حاكمه ايران در اين مملكت مذهبى دست به عملياتى زده كه مخالف قوانين مقدسه اسلام مى‏باشد ... در اين مدت علما اعلام و مراجع و آيات عظام بخصوص مرجع تقليد شيعه حضرت آيت‏الله‏ العظمى آقاى خمينى مدظله العالى آنچه لازمه خيرخواهى و نصيحت بود تذكر دادند. متأسفانه دولت به جاى اينكه رويه خشونت‏آميز خود را تغيير دهد حضرت معظم را كه يكى از مراجع مسلم تقليد است و مصونيت قانونى دارند به جرم دفاع از حريم قرآن و اسلام و حمايت از استقلال كشور و اعتراض به مصونيت مستشاران نظامى آمريكا به خارج از كشور تبعيد كرد و بسيارى از علما و مبلغين اسلامى و اساتيد دانشگاه و دانشجويان و تجار و اصناف مختلفه از متديّنين را به جرم پشتيبانى از علما اعلام و دفاع از حريم مقدس قرآن به سيه چالهاى زندان انداخت.
جناب آقاى هويدا، در دنياى امروز كه حتى ملل نيم وحشى بندهاى استعمار را پاره مى‏كنند و از هرگوشه دنيا نغمه و ترانه‏هاى آزادى به‏گوش مى‏رسد با زجر و فشار نمى‏شود مملكت را اداره كرد انتظار مى‏رود دولت جنابعالى به احساسات پاك و گرم مردم توجه كرده و به اصول آزادى و قوانين مسلمه اسلام احترام و با الغاء تصويب نامه‏هاى ضد دينى و ارجاع زعيم عاليقدر حضرت آيت‏الله‏العظمى آقاى خمينى و آزاد كردن ساير زندانيان بى گناه نواقص دولت‏هاى گذشته را جبران نموده و علاقه خود را نسبت به قانون اساسى و احكام مقدسه اسلام و استقلال كشور اظهار دارد.»