در نهایت نیز رهبری مسئله مذاکرات و نتیجه آن را به صورت مشروط با ۹ شرط تأیید کردند. اما آنچه در عمل رخ داد این بود که مذاکره‌کنندگان ایرانی برخی از خطوط قرمز تصریح شده را رد کردند و با اصرار فراوان مدعی شدند که عدم رعایت این خطوط قرمز به نتیجه مذاکرات صدمه‌ای نخواهد زد. عدم رعایت همان خطوط قرمزی که رهبری از ابتدا تعیین کرده بودند باعث شد دشمن که از ابتدا به دنبال خیانت بود از ایران امتیاز نقد بگیرد و وعده‌هایی نسیه بدهد و در عمل به هیچ‌یک از وعده‌های خود عمل نکند. اینکه رهبری از این مسئله تعبیر به اشتباه کردند البته نشان‌دهنده کمال تقوا و مسئولیت‌پذیری ایشان است که حتی در جایی که مذاکره‌کنندگان برای کاری که ایشان صلاح نمی‌دانند اصرار می‌کنند، بار اشتباه این گروه را بر دوش می‌کشند، اوج از خود گذشتگی و مسئولیت‌شناسی
ایشان است.
تصریحات رهبر معظم انقلاب اسلامی در طول سال‌های اخیر بر اینکه آمریکا شایسته مذاکره نیست و اعتمادی را که در یک مذاکره و بده و بستان سیاسی لازم است، نمی‌توان به دولتمردان آمریکا داشت، به حدی زیاد است که افکار عمومی همچون نوار همه آن‌ها را در ذهن خود مرور می‌کنند.
رهبری معظم انقلاب در سخنرانی علنی خود در ابتدای مذاکرات تصریح کردند: «من به این گفت‌وگو‌ها خوش‌بین نیستم. چرا؟ چون تجربه‌های گذشته ما نشان می‌دهد که گفت‌وگو در منطق حضرات آمریکایی به این معنی نیست که بنشینیم تا به یک راه حل منطقی دست پیدا کنیم.»
در آبان ماه سال ۹۲ فرمودند: «همچنان که گفتم خوش‌بین نیستم؛ من فکر نمی‌کنم از این مذاکرات آن نتیجه‌ای را که ملت ایران انتظار دارد، به دست بیاید، لکن تجربه‌ای است و پشتوانه تجربی ملت ایران را افزایش خواهد داد و تقویت خواهد کرد؛ ایرادی ندارد، امّا لازم است ملت بیدار باشد، بداند چه اتفاقی دارد می‌افتد تا بعضی از تبلیغاتچی‌های مواجب‌بگیر دشمن و بعضی از تبلیغاتچی‌های بی مزد و مواجب از روی ساده‌لوحی نتوانند افکار عمومی را گمراه کنند.»
ایشان در دیدار مداحان نیز درباره مذاکرات هسته‌ای تصریح کردند: «من البته هیچ‌وقت نسبت به مذاکره با آمریکا خوش‌بین نبودم. نه از باب یک توهم بلکه از باب تجربه؛ تجربه کردیم. نه از باب یک حالا اگر یک روزی در جریان حوادث و جزئیات و یادداشت‌ها و نوشته‌های این روز‌ها قرار بگیرید، خواهید دید که این تجربه ما از کجا حاصل شده؛ تجربه کردیم. لکن با وجود اینکه من خوش‌بین نبودم به مذاکره با آمریکا، با این مذاکرات موردی، مخالفت نکردم، موافقت کردم؛ از مذاکره‌کنندگان هم با همه وجود حمایت کردم، الان هم حمایت می‌کنم. البته این را هم ما گفتیم که توافق نکردن بهتر از توافق بد است -که این حرف را آمریکایی‌ها هم می‌زنند- این فرمول، فرمول درستی است؛ توافق نکردن از توافق کردنی که در آن، منافع ملت پایمال بشود، عزت ملت از بین برود، ملت ایران با این عظمت، تحقیر بشود [بهتر است]، توافق نکردن شرف دارد بر یک چنین توافق کردنی.»
رهبر انقلاب که نسبت به مذاکره و رفتار آمریکا در آن بدبین بودند، در نهایت به صورت مشروط حاضر شدند اجازه این تجربه را به مسئولان اجرایی کشور بدهند. از ابتدای مذاکرات تا انتهای آن رهبری همواره با تعیین خط قرمز‌هایی تلاش می‌کردند که از امتیاز دادن بیشتر به دشمن جلوگیری کنند. رهبری نظام بار‌ها متذکر شدند که باید عمل به تعهدات دو طرف مذاکرات به صورت گام به گام و همزمان باشد. یعنی ایران تعهدی را با آمریکا اجرا کند که طرف آمریکایی خود را ملزم به اجرای گام اول آن بداند. اما دیدیم کسانی که خوش‌بین بودند که در مذاکره با آمریکا بیش از ۱۳۰ میلیارد دلار پول آزاد شده و فقط مشکل اساسی این است که این حجم پول آزاد شده را چگونه باید در کشور هزینه کرد، امروز به یک جمله بسنده می‌کنند: «خب چکار باید کرد وقتی طرف آمریکایی بدعهدی کرده است.»
امروز ملت انتظار دارند وقتی رهبری انقلاب که همه هشدار‌ها را در حین مذاکرات به تیم مذاکره‌کننده داده و بار‌ها بدبینی خود به آمریکایی‌ها را گوشزد کرده‌اند، بدون اینکه ذره‌ای تقصیر به گردنشان باشد، می‌گویند ما اشتباه کردیم، انتظار دارند دولت بابت این اشتباهات و اعتماد‌های بی جایی که داشته، پیشگام عذرخواهی از ملت باشد.