علی لاریجانی در نامه‌ای به رئیس‌جمهور درباره تصویب‌نامه‌های هیئت وزیران به شماره ۱۶۹۳۴۰/ت۵۵۲۲۱هـ مورخ 28/12/1396 و ۳۳۹۱۴/ت۵۵۴۳۲هـ مورخ 22/03/1397با موضوع: «هزینه‌کرد از محل تبصره «۵» ماده‌واحده قانون اصلاح قانون تعزیرات حکومتی» نوشت: «براساس ماده (۱۱۸) قانون برنامه ششم توسعه ـ مصوب ۱۳۹۵ـ «کلیه وجوهی که به عنوان جزای نقدی یا جریمه نقدی بابت جرائم و تخلفات، توسط مراجع قضائی، شبه قضائی، انتظامی و اداری و شرکت‌های دولتی اخذ می‌شود به خزانه واریز می‌گردد. دستگاه‌های ذی‌ربط حق استفاده از درآمد فوق را ندارند. دولت موظف است اعتبار مورد نیاز دستگاه‌های مذکور را که از محل درآمد ـ هزینه تاکنون تأمین گردیده است در ردیف‌های اعتبارات عمومی بودجه سنواتی مربوطه لحاظ نماید.» طبق تبصره «۱» این ماده نیز «قوانین مغایر... از زمان لازم‌الاجراء شدن این قانون موقوف‌الاجراء می‌گردد.» نظر به مراتب فوق و با توجه به ماده (۱۱۸) قانون اخیرالتصویب که متضمّن تکلیف دولت بابت چگونگی واریز و مصرف وجه می‌باشد، بنابراین، بندهای(۱) و (۲) مصوبه هیئت‌وزیران به شماره ۱۶۹۳۴۰/ت۵۵۲۲۱ هـ مورخ 28/12/1396و مآلا بند(۱) مصوبه دوم به شماره
۳۳۹۱۴/ت۵۵۴۳۲ هـ مورخ 22/03/1397 که بدون رعایت ماده (۱۱۸) قانون برنامه ششم توسعه و صرفاً، با استناد به تبصره «۵» ماده واحده قانون اصلاح قانون تعزیرات حکومتی - مصوب۱۳۶۷- و مستفاد از نظریه تفسیری شورای محترم نگهبان، که با عنایت به ماده (۱۱۸) قانون برنامه ششم موقوف‌الاجرا می‌باشد، احکامی را مقرّر کرده است، مغایر قانون می‌باشد. لازم به یادآوری است که در مورد مشابه و درخصوص مصوبه شماره ۵۴۴۷۷/۹۷۰۰۲هـ مورخ 07/08/1396هیئت محترم وزیران، رأی قطعی رئیس‌محترم مجلس شورای اسلامی، قبلاً به شماره ۷۶۶۰۷/هـ ب مورخ 11/09/1396 خطاب به رئیس‌محترم جمهور ابلاغ شده است.»
رئیس‌مجلس شورای اسلامی در نامه دیگری به رئیس‌جمهور درباره تصویب‌نامه هیئت محترم وزیران به شماره ۴۰۱۱۳/ت۵۵۴۹۲هـ مورخ 03/04/1397با موضوع: «جبران خدمات کارکنان شرکت‌های تعاونی سهام عدالت از محل سود شرکت‌های سرمایه‌پذیر طرح توزیع سهام عدالت» نوشت: «۱ـ نظر به ماده (۱۱) «قانون محاسبات عمومی کشور» ـ مصوب ۱۳۶۶ـ مبنی بر لزوم واریز و متمرکز شدن وجوه حاصل از درآمدهای عمومی، اختصاصی و درآمد شرکت‌های دولتی و... در «حساب‌های خزانه‌داری کل»، بنابراین، صدر مصوبه از حیث مصرّح نبودن به لزوم واریز سود شرکت‌های سرمایه‌پذیر طرح توزیع سهام عدالت به حساب‌های خزانه، مغایر قانون است. ۲ـ نظر به ماده(۷) قانون محاسبات عمومی کشور مبنی بر لزوم مصرف اعتبار در محل‌های مصرّح در قوانین مصوّب، متن مصوبه از این حیث که سود شرکتهای سرمایه‌پذیر را با تغییر محل‌های مصرف در محل‌هایی قابل مصرف می‌داند که فاقد مجوز قانونی است، مغایر قانون است. ۳ـ عبارت مندرج در ذیل مصوبه که مقرر می‌دارد: «...جبران خدمات مذکور به منزله تسویه حساب کامل دولت با کارکنان شرکت‌های تعاونی شهرستانی سهام عدالت... محسوب شده»، از حیث عدم تصریح به لزوم رعایت الزامات مربوط به تسویه حساب با کارکنان شرکت‌های تعاونی بر اساس احکام مندرج در قانون کار به ویژه مواد(۱)، (۱۰)، (۲۱)، (۳۴)، و (۳۵) این قانون، مغایر قانون است.»
لاریجانی در نامه دیگری به رئیس‌جمهور درباره تصویب‌نامه هیئت وزیران به شماره
۱۴۰۳۴/ت۵۳۸۳۴ هـ مورخ 13/02/1397با موضوع: «اصلاح تصویب‌نامه شماره
۱۸۹۲۳/ت۳۰۱۳۴هـ مورخ 27/۰۴/1383 و اصلاحات بعدی ناظر بر اصلاح اساسنامه شرکت مادرتخصصی عمران و بهسازی شهری ایران» نوشت: «طبق ماده(۳۲) قانون برنامه و بودجه کشور ـ مصوب۱۳۵۱ـ «وجوهی که از محل اعتبارات عمرانی جهت اجرای طرح‌های عمرانی انتفاعی به دستگاه‌های اجرایی مربوط پرداخت می‌شود به‌صورت وام خواهد بود. دستگاهی که بدین ترتیب وام دریافت می‌کند مکلف است اصل و بهره متعلق را طبق قرارداد منعقده با وزارت دارائی در سررسید مقرر به خزانه بپردازد.» علیهذا، بند«پ» ماده(۵) اصلاحی اساسنامه در بند«۴» مصوبه، مبنی بر افزایش سرمایه شرکت از محل طرح‌های تملک دارایی‌های سرمایه‌ای، از حیث نادیده گرفتن ماده قانونی فوق و عدم بازگشت اعتبارات عمرانی به خزانه، مغایر قانون است. ۲ـ بر اساس ماده(۷۱) مکرّر قانون محاسبات عمومی کشور، جابجایی بودجه بین دستگاه‌ها نیاز به مجوز قانونی دارد، علیهذا، ماده(۳۳) الحاقی به اساسنامه در بند«۱۵» مصوبه، مبنی بر جابجایی بودجه بین شرکت و ادارات کل بدون مجوز قانونی، مغایر قانون می‌باشد.»