به گزارش مشرق، اغلب درآمد مناطق آزاد از طریق «واردات» و «فروش زمین» به دست می‌آید و دولت بخشی از این درآمد را مستقیماً به حساب مناطق آزاد واریز می‌کند؛ نکته مهم آنجاست که  خبری از حجم، سقف و کف این مبلغ در بودجه نیست. همچنین «تخصیص بودجه دولتی برای تامین زیرساخت‌های مناطق آزاد» هم در بودجه نیامده است.
برخی کارشناسان عنوان می‌کنند که هیچ حساب و کتابی روی هزینه‌ها و مصارف مناطق آزاد وجود ندارد، بنابراین مشخص نیست که چه اتفاقات درست و یا نادرستی در این حوزه افتاده است. همین امر، نه تنها خطر ریسک‌پذیری تخلف را افزایش می‌دهد، بلکه منجر به اعمال غیرقانونی همچون «اخذ وجوه خارج از ضابطه» شده است.
به عنوان نمونه، در ایام اربعین سال گذشته بود که منطقه آزاد اروند خوزستان، از هر نفر 12 هزار و 500 تومان عوارض گرفته بود، آن هم عوارضی که هیچ مبنای قانونی ندارد.حسین‌علی حاجی‌دلیگانی در این‌باره می‌گوید: «طبق بررسی‌هایی که انجام دادم، مبنای قانونی برای این کار پیدا نکردم چراکه عبور یک فرد از منطقه آزاد هزینه‌ای ندارد و در قانون هم ذکر نشده که عوارضی از فرد دریافت شود. این کار تنها برای کالا یا واردات و صادرات صورت می‌گیرد».
با این وجود می‌توان متصور شد که وقتی پای نظارت لنگ باشد، باید شاهد بروز چنین اتفاقاتی باشیم که متاسفانه مردم متضرر اصلی این آشفته بازار خواهند بود.
سیدجواد حسینی‌کیا، عضو کمیسیون صنایع و معادن مجلس نیز معتقد است که وضعیت مالی مناطق آزاد باید شفاف شود در غیراینصورت پدیده‌های منفی همچون قاچاق، رانت، واردات و امثال آن، اجازه رشد این مناطق و نیز کمک به اقتصاد کشورمان را نخواهند داد.
بر اساس این گزارش، برای عدم شفاف‌سازی درخصوص اطلاعات مالی مناطق آزاد، قوانین، چارچوب و اساسنامه‌هایی وجود دارد اما به اذعان نمایندگان مجلس، در وهله اول مشخص نیست که همه آنها درست و بدون‌اشکال باشد و از سوی دیگر هم، نه دولت و نه مجلس فرصت بررسی این قاعده‌ها و قوانین را دارد. علاوه‌بر اینها «دیوان محاسبات» و «سازمان بازرسی کل کشور» هم بر این موضوعات نظارتی ندارند.جعفر قادری، کارشناس اقتصادی در این‌باره عنوان می‌کند: «دیوان محاسبات درخصوص حساب‌های مالی شرکت‌های دولتی می‌تواند ورود کند و در صورت بروز مشکل، بر آنها نظارت و کنترل داشته باشد، درخصوص مناطق آزاد نیز باید این شرایط به وجود بیاید». البته به گفته وی، این نظارت‌ها به معنای ایجاد مزاحمت برای مناطق آزاد نیست و تنها بحث بر روی ایجاد شفافیت مالی است.به اذعان کارشناسان اقتصادی، وجود نظارت‌ها موجب خواهد شد تا اتفاقات و مشکلات منفی پیش‌آمده در مناطق آزاد به حداقل برسد و در واقع پیش از آنکه این اتفاقات ناخوشایند در مناطق آزاد رخ دهد، دستگاه‌های نظارتی از آنها مطلع شده و اجازه ندهند که وجهه و اعتبار آنها زیر سؤال رود و هجمه‌ها علیه آنها شدت بگیرد.در همین رابطه سازمان بسیج کارگری کشور در بیانیه‌ای خطاب به مجلس شورای اسلامی تأکید کرد: افزایش مناطق آزاد موجب افزایش قاچاق کالا می‌شود.
در این بیانیه آمده است: شرایط اقتصادی امروزی کشور آن چنانکه باید نیست، حجم واردات رسمی و قاچاق به حدی است که تولیدکنندگان را وادار به تعطیلی واحدها و کارگران را بیکار و هزاران زمینه جرائم اجتماعی و معضلات فرهنگی را رقم زده است.