نخستین دانشگاهها و مدارس عالی
با حضور حضرت امام محمد باقر (علیه السلام) در حوزه علمیه مدینه، پایه‌های یکی از باعظمت‌ترین و پرشکوهترین مراکز علمی اسلامی و اولین دانشگاه تمدن اسلامی گذارده شد. ایشان علاوه بر نقل و استماع حدیث و بیان احکام دین و تدریس ابواب فقه و تفسیر ، مباحث مهم کلامی و ایجاد مکتب تعقل و تفکر بیشتر برای ورود به مراحل تحقیق و استدلال در بحث‌های کلامی و فلسفی و منطقی را شروع می‌کنند.
از همین زمان است که برخی علوم انسانی اسلامی مانند کلام برای تبیین و تشریح عقاید ابداع می‌شود و بحث‌های عقلی و منطقی در دانشگاه اسلامی حضرت امام محمد باقر (علیه السلام) رونق می‌گیرد. علاوه براین برخی دیگر از علوم تجربی مانند هیئت و جغرافیا نیز بر آموزش‌ها افزوده می‌گردد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به تاریخ آذرماه 1353 در مسجد جاوید تهران درباره دوران امامت حضرت امام محمد باقر(علیه السلام) می‌گویند:
«...دوران زندگی امام پنجم به طور کامل ادامه منطقی دوران زندگی امام سجاد(علیه السلام) است. اکنون دیگر جمعی گرد آمده‌اند و شیعه دوباره احساس وجود و شخصیت می‌کند...در بسیار از اقطار کشور اسلامی ریشه دوانیده و قشر وسیعی را به خود متوجه ساخته...19 سال دوران رهبری حضرت امام محمد باقر (علیه السلام) همانند خطی مستقیم و متصل و روشن ، در آن، هم آموزش ایدئولوژی هست و هم ساختن فرد ، هم تاکتیک مبارزه و هم سازماندهی به جمع و ایجاد تشکل و هم حفظ و تداوم جهت گیری سیاسی و هم تقیه و هم برافروزندگی هر چه بیشتر و راسخ تر...و خلاصه 19 سال مبارزه و فاصله دشوار و همه جانبه گذاری از روی جد و جهد در سنگلاخی صعب العبور...»
      امام باقر (علیه السلام) دانشگاه اسلامی مدینه را به دیگر شهرها و بلاد نیز گسترش دادند ؛ از جمله در کوفه مدرسه‌ای دایر کردند که جمعی از فارغ التحصیلان حوزه علمیه مدینه آن را اداره می‌کردند. همچنین مدارس عالی در قم و ری دایر نموده و شعبه‌های سیاری نیز ایجاد کردند که علما به هر شهری مسافرت می‌کردند، در همان شهر‌ها کلاس‌های درس دایر می‌نمودند و علوم مورد تدریس هم محدود به فقه و اصول نبود و تقریبا تمامی علوم عصر خویش را دربرمی گرفت.
پس از شهادت حضرت امام محمد باقر (علیه السلام) و آغاز امامت حضرت امام جعفر صادق (علیه السلام)، حوزه علمیه مدینه و دانشگاهی که امام پنجم شیعیان دائر کرده بودند، به یکی از بزرگترین مدارس علمی اسلامی و هم طراز مدارس و دانشگاههای بزرگ جهان بدل گردید. در این دوره که با ضعف بنی امیه و سقوط آنان و شروع دوران بنی عباس مقارن بود، حضرت امام جعفر صادق (علیه السلام) با اغتنام از فرصت، حداکثر کوشش را برای بسط احکام الهی و علوم قرآنی و نشر علم و حکمت وتربیت شاگردان بسیاری که از قومیت‌های مختلف بدین حوزه روی آورده بودند ، انجام می‌دادند. مرحوم طبرسی، حوزه تعلیم امام را محل بحث و فحص انواع علوم و فنون نوشته و اصحاب حدیث و شاگردان امام را بالغ بر جهارهزار نفر ذکر کرده است.
شاگردان حضرت امام جعفر صادق (علیه السلام) در علوم مختلف عقلی و نقلی و تجربی، استاد شدند و از هر شاخه‌ای در میان ایشان یافت می‌شد. از جابر بن حیان به عنوان پدر علم شیمی گرفته (که خود هم منجم و ریاضیدان بود و هم فیلسوف و حکیم ) تا غالب موسسان فرقه‌های اهل تسنن مانند حنبلی و شافعی و مالکی و حنفی تا فقیهان بزرگی همچون شیخ طبرسی و علامه حلی و...
حوزه‌های علمیه به عنوان تبلور کامل آمیختگی علم و دین، از اساسی‌ترین محورهای پدیدآمدن و تکامل تمدن اسلامی به شمار آمده‌اند. این حوزه‌ها در تمام شهرها و سرزمین‌هایی که اسلام توانسته بود نفوذ و بسط پیدا کند، تاسیس شدند. درون همین حوزه‌ها بود که علماء، دانشمندان، فرهیختگان و متفکرین و اندیشمندان به دنیای آن روزگار عرضه شدند و توانستند تمدنی را گسترش دهند که اساس تمدن امروز بشر گردد.
به دلیل اینکه در این حوزه‌ها، دین با زندگی و علم و هنر و تمام امور اجتماعی آمیخته بود، همه فرهیختگان و دانشمندانی که از این حوزه‌ها بیرون آمدند، در ابتدا یک عالم دینی بودند، یک حکیم و فیلسوف بودند و از این جهت علم و اندیشه و تمدنی که از طریق این حوزه‌ها به دنیا عرضه شد، تمدنی کاملا الهی و دینی محسوب گردید...در واقع حوزه‌های علمیه، استمرار مرکز علمی و دینی و آموزشی بود که حضرت امام جعفر صادق(علیه السلام) پایه گذاری کردند و در طول قرن‌های متمادی باعث شد تا دانشمندان علوم مختلف به دلیل پشتوانه دینی و زمینه علوم الهی و قرآنی، در درجه نخست یک عالم دینی و اسلامی به شمار آمده و برهمین اساس بود که طی 10 قرن، دانشمندان اسلامی فخر جامعه بشریت شدند و تمدن اسلامی را به اقصی نقاط جهان گسترش دادند.
اما از دیگر حوزه‌های علمی دینی که در طول تاریخ اسلام به تمدن سازی و تولید و نشر علم و فرهنگ اسلامی مبادرت ورزیدند و کارنامه درخشانی از خود برجای گذاردند ، می‌توان به حوزه‌های علمیه کوفه ، بصره ، بغداد ، نجف‌اشرف (در عراق)، آندلس (در اسپانیا)، طرسوس، قونیه، اسلامبول (در ترکیه)، قاهره (در مصر)، کشمیر(در هند) ، لاهور (در پاکستان) ، بخارا، خیوه (خوارزم) در آسیای میانه، هرات، مزار شریف (در افغانستان)، یمن، حله، جزین، جباع، کرک نوح، جبل عامل (در لبنان)، ری، قزوین، قم، مشهد، اصفهان و...اشاره نمود. در واقع این حوزه‌های درس و بحث و فحص در کنار هر مسجدی بوجود آمدند و به سیاق دوران صدر اسلام، هرکجا مسجدی برپا می‌شد در کنارش مدرسه و حوزه علمیه تاسیس می‌شد و پس از آن کتابخانه‌ای هم مجاورش تشکیل می‌گردید. همین مجاورت عبادت و علم و دانش ، اساس تمدن اسلامی گردیدکه غرب برای اضمحلالش، جدایی آنها را نشانه گرفت.
دکتر علی اکبر ولایتی در کتاب «پویایی فرهنگ و تمدن اسلامی» درباره حوزه‌های تعلیم و آموزش اسلامی و تنوع و تکثر آنها می‌نویسد:
«...به طور کلی می‌توان گفت مراکز آموزشی و علمی در قلمرو اسلامی بسیار متعدد و متنوع بوده‌اند. یکی از فراگیرترین مراکز آموزشی ، مساجد بود که در سراسر قلمرو اسلامی پراکنده شده بود. مساجد ، نخستین مراکز اجتماعات دینی برای مسلمانان به شمار می‌آمد و حتی ساختمان مدرسه‌ها نیز مانند نقشه مساجد بود (عمق نفوذ تفکر و اندیشه دینی در معماری مراکز علمی) و مساجد معروف که یا از همان آغاز تاسیس یا چندی بعد ، کتابخانه نیز در آنها تشکیل شد، در شهرهای مهم اسلامی فراوان بودند. برخی از آنها که به مساجد جامع معروف شدند ، عبارت بودند از:
جامع بصره در عراق ، جامع فسطاط در مصر ، جامع کبیر قیروان در تونس ، جامع اموی دمشق ، جامع زیتونه در تونس ، جامع قرویین فاس در مراکش و جامع الخصیب اصفهان...
 بیمارستان‌های جهان اسلام ، که مارستان نیز خوانده می‌شدند ، ضمن درمان بیماران مراکز تحقیق و مطالعه پزشکان به شمار می‌آمدند و کتابخانه‌های تخصصی داشتند که برخی از آنها عبارت‌اند از:
مارستان فسطاط در مصر ، مارستان الکبیر منصوری قاهره ، مارستان نوری بغداد و بیمارستان ری...
از دیگر مراکز علمی ، رصد خانه‌ها بودند. در قلمرو جهان اسلام ، رصد خانه‌های متعدد و بزرگی ساخته شد که در نوع خود از مهم‌ترین و بزرگترین رصد خانه‌ها به شمار می‌آمدند و پیشرفته‌ترین پژوهش‌های ریاضی و نجومی در آنها صورت می‌گرفت. بسیاری از یافته‌های دانشمندان اسلامی در این رصد خانه‌ها تا سده‌ها بعد در اروپا بررسی و تحلیل می‌شد ، از جمله این رصد خانه‌ها ، رصد خانه مراغه و سمرقند است...»
عصر ساماني و آل بويه دوره رنسانس اسلامي است که از درخشانترين اعصار فرهنگ و تمدن اسلامي به شمار آمده و برخوردار از آنچنان نوآوري علمي بود که تاکنون مشاهده نشده است. فرمانروايان اين دو خاندان دانشمندان را در کنف حمايت خود گرفتند و مردم را به فراگيري دانش تشويق ‌کردند.
بعد از تسخیر بغداد در جمادی الاول 334 هجری قمری توسط آل بویه و به قدرت رسیدن شیعیان، پس از نزدیک به دو قرن،فضای دانشگاهی این شهر که تحت نفوذ خلفای بنی عباس به انحطاط گراییده بود، مجددا رونق یافت. مجددا حلقات درس و بحث فلسفه، کلام، عرفان، طب، نجوم، ریاضیات و سایر ابواب علم رونق گرفت. عصر آل بویه در بغداد از درخشان‌ترین اعصار تمدن اسلام گردید.
روی کار آمدن دولت‌های علوی و شیعی همچون دیلمیان و زیاریان با غیبت کبری حضرت حجت (عجل الله تعالی فرجه الشریف) همزمان شد و همین جنبش‌های شیعی بود که مانع خاموشی مکتب اهل بیت (علیهم السلام) گردید که بنیاد اصلی تمدن اسلامی را بنیان نهاده بود. آل بویه در اوایل قرن جهارم هجری، این نور را پرفروغ‌تر ساختند تا مجددا در دوران غیبت امام عصر(عجل الله تعالی فرجه)، تمدنی که از زمان پیامبر اکرم (صل الله علیه و آله) پای گرفته بود، با حفظ هویت اصلی خویش توسعه و پیشرفت نماید.
دوران آل بویه با اتفاق نظر بسیاری از مورخین با عناوینی همچون «روزگار درخشان تمدن اسلامی» و «برآمدن آفتاب تمدن اسلامی» نامیده شده است. پس از دوران سکون و خودباختگی حکومت اموی و عباسی که بیشتر به ترجمه و نفوذ تفکرات و اندیشه‌های اومانیستی و شرک آمیز یونانی و رومی و سریانی در جامعه اسلامی و خصوصا در میان طالبان علم و دانش گذشت ، در دوران آل بویه بود که مجددا براساس سنت مکتب اهل بیت (علیهم السلام) تولید علم و دانش رونق یافت و این تولید علم خصوصا از طریق تاسیس مراکز علمی و دانشگاهی به نام دارالعلم و کتابخانه‌های معظم در نقاط مختلف سرزمین اسلامی به ویژه در 3 مرکز اصلی آن یعنی ری ، شیراز و بغداد به نقطه اوج خود رسید و از این لحاظ قرن چهارم و پنجم را به لحاظ توسعه و تکامل تمدن اسلامی، در میان دیگر اعصار برجسته ساخت. از جمله این دارالعلم‌ها می‌توان به دارالعلم بغداد و کتابخانه ری‌اشاره نمود.
همچنین دانشمندان و علمایی مانند شیخ محمد یعقوب کلینی(مولف کتاب «کافی» از کتب اربعه شیعه)شیخ صدوق (مولف کتاب «من لایحضره الفقیه» از دیگر کتب اربعه شیعه ) ، شیخ طوسی ، شریف رضی ، ابوعلی سینا ، ابوریحان بیرونی ، محمد بن زکریای رازی ، علی بن حسین مسعودی ، احمد بن محمد مسکویه و... در همین دوره فعالیت می‌کردند. در پناه حکومت شیعی آل بویه ، قدرت علمی بزرگی در ایران و عراق بوجود آمد و حوزه‌های علمی شیعی نقش مهمی در شکوفایی تمدن عظیم اسلامی ایفا نمودند.
قرن چهارم هجری که همزمان با تسلط آل بویه و دیگر سلسله‌ها و جنبش‌های شیعی در نقاط مختلف جهان بود را «قرن پیروزی شیعه» نام گذارده‌اند. از یک سو فاطمیان بر شمال آفریقا و مصر حکم می‌راندند و از دیگر سو حمدانیان در شمال و شمال غرب عراق تا حلب و دمشق حاکمیت داشتند. آل بویه بر عراق و بخش وسیعی از ایران حکومت می‌کردند و یمن در اختیار امامان زیدی بود.