اگرچه تعلیم روایت حدیث در این حوزه در دوران خلیفه اول ممنوع شد و این ممنوعیت تا عصر عمر عبدالعزیز وجود داشت (و حتی به روایتی بعضا تا عصر بنی عباس برقرار بود) اما حضرت امیر و شیعیان ایشان، پنهان و آشکار به روایت احادیث می‌پرداختند و از این طریق تمدن اسلامی را بیشتر و بیشتر رشد و گسترش می‌دادند. احادیث منقول از پیامبر اکرم (صل الله علیه و آله) و ائمه اطهار (علیهم السلام) که برگرفته و تفسیر و تبیین آیات الهی بودند، همچون آب حیات در وجود شیعیان جاری می‌شد و اخلاق و رفتار و سبک زندگی آنها را شکل می‌داد.
یکی از فعالان حوزه امامت در مدینه که هرچه در توان داشت برای افشاگری اقدامات و انحرافات خلافت از راه مستقیم رسول اکرم (صل الله علیه و آله) می‌کوشید، دخت گرامی ایشان، حضرت فاطمه زهرا (سلام الله علیها) بود که پنهان و آشکار، حقایق اسلام و سیره حضرت رسول را به مهاجرین و انصار تفهیم می‌نمودند. فعالیت حوزه علمیه مدینه به سرپرستی حضرت امیر و حسنین(علیهم السلام) و سپس بوسیله معصومین نسل حضرت اباعبدالله در تعلیم و تربیت اصحاب و پیروان و هدایت مسلمانان و پایه ریزی تمدن اسلامی همچنان تا دوره عثمانی ادامه یافت.
پس از عاشورا و حماسه حسینی
اگرچه قیام عاشورا و حماسه حضرت اباعبدالله الحسین (علیه السلام) و یاران پاکباز ایشان در محرم سال 61 هجری، یکی از مهمترین و محوری‌ترین ابعاد بنیادین تمدن اسلامی محسوب می‌شود که این تمدن را بر پایه‌های آزادگی و عزت و شهادت طلبی و مفهوم صحیح امر به معروف و نهی از منکر در ابعاد اجتماعی و سیاسی استوار می‌سازد و اگرچه درسی که سالار شهیدان تاریخ به بشریت داد، یکی از عظیمترین آموزه‌های یک تمدن الهی است اما اولین حلقه‌های تعلیم و تعلم دینی/علمی پس از عاشورا را حضرت امام سجاد (علیه السلام) در شرایط بسیار خفقان بار در حوزه علمیه مدینه برپا ساختند. گفته می‌شود که 173 تن از طالبان علم و فضیلت در جلسات درس و بحث و فحص ایشان حاضر شده و از فضایل علمی و اخلاقی و تعلیمات ایشان بهره‌ها بردند.
حضرت امام سجاد (علیه السلام) بخشی از تعالیم عالیه خودشان را درقالب ادعیه به جامعه اسلامی عرضه داشتند که تحت عنوان «صحیفه سجادیه» به شکل مجموعه‌ای گردآوری شد. مجموعه‌ای از معارف و علوم الهی و دینی در قالب ادعیه، نوع جدیدی از آموزش و تعلیم برای جامعه اسلامی بود که بیش از هر چیز درس چگونه زیستن را برای مسلمانان در شرایط حاکمیت طاغوت به همراه داشت.
مقام معظم رهبری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در سلسله سخنرانی‌هایشان به تاریخ آذرماه 1353 در مسجد جاوید تهران و در ایام شهادت حضرت امام جعفر صادق (ع) در‌باره دوران امامت حضرت امام سجاد (ع) فرمودند:
«...در مجموع، دوران زندگی امام سجاد (ع) با فعالیتی آرام و زیر پرده و در جهت سازندگی افراد صالح و قوام بخشیدن به طرز فکر شیعی در ذهن پیروان و مبارزه با تحریف‌ها و...در واقع گام نخستین در راه آرمان تشیع یعنی تحقق دادن به نظام اسلامی و ایجاد حکومت علوی به وسیله آن حضرت برداشته شده است...»
این تلاش و جهد علمی آن هم از سوی جامعه‌ای مذهبی و دینی، همین امروز نیز مورخان و کارشناسان تاریخ علم را به حیرت و شگفتی واداشته است. واقعا چه عاملی باعث شده بود تا مردمی که تا چندی پیش با هرگونه تفکر و اندیشه و علم و هنر، بیگانه بودند و جز اسب و شتر و صحرا و چادر محل اقامت خویش، علاقه دیگری نداشتند، اینچنین پر شور و خروش به دانش و اندیشه و هنر و تفکر روی آورده و جهان و تاریخ بشریت را متحول سازند. پرفسور «سیمون شفر» (استاد دانشگاه کمبریج) می‌گوید:
«...این نشان از علاقه شگفت آور گروههای مختلف متشکل از دانشمندان، صنعتگران و هنرمندان دارد که براین باور بودند می‌توانند کل دنیا را به دست آورند. این علاقه و اتکاء به نفس از کجا آمده؟ بخشی از آن از ایمان مذهبی آمده، چون دنیا را کسی ساخته که ما کمی به او شباهت داریم ولی او از ما خیلی باهوش‌تر است.اگر ماهم به اندازه کافی باهوش باشیم، می‌توانیم کمی از اعمالش سر دربیاوریم. این گونه فکر می‌کردند و این در خیلی از علوم اسلامی و مذهبی حاکم بود...»
الف) اولین عامل؛ تشویق قرآن
حضرت آیت‌الله العظمی جوادی آملی درباره ارتباط قرآن با علم می‌فرماید:
«... بعضی از مفسران می‌گفتند قرآن کاری به مسائل علمی ندارد. فقط درباره مسائل اعتقادی و توحیدی و اصول دین اظهار نظر می‌کندواگر درباره آفرینش آسمان و زمین سخن می‌گوید، صبغه توحیدی و کلامی دارد، نه صبغه علمی. پس علم را از حوزه قرآن با فشار بیرون بردند. گفتند دین کاری با علم ندارد، فقط مسائل اعتقادی و کلامی را در برمی گیرد. مسئولانِ کارهای علمی هم گفتند دین در حوزه علم نیست، علم کاری با دین ندارد! یک اجماع مرکبی شد برای مهجور کردن قرآن از صحنه و در نتیجه برای مهجور کردن دین از جامعه...
دین می‌خواهد معلم بشر باشد، هم بشر را به علم فلسفه و کلام آشنا کند که مسائل اعتقادی است، هم به مسائل علمی آشنا کند که کارآمد روز است و نیازها را بررسی می‌کند. برای اینکه قرآن کریم از نظم به تنهایی سخن نمی‌گوید، می‌فرماید «ما اینها را برای شما مُسخَّر کردیم»، یعنی بهره بگیرید. نه تنها زمین را برای شما مسخَّر کردیم، موجودات زمینی و زیر زمینی بلکه موجودات سپهری و فوق سپهری را برای شما مُسخَر کردیم. مُسخِّر خداست. کسی نمی‌تواند کرات را تحت تسخیر خود در بیاورد. اما برای ما مسخَّر کرد، فرمود: «سَخِّر لَکُم ما فی السَّموات». بهره بگیرید... به ما گفتند بروید در آسمان و روزی‌تان را بگیرید. بروید در آسمان، آسمان را بشکافید، تحت تسخیرتان قرار بدهید، «سَخَّر لَکُم ما فی السّموات و ما فی الارض»...»
دکتر مهدی گلشنی ( مدیر گروه فلسفه علم دانشگاه صنعتی شریف) نیز خود قرآن را عامل اصلی پیشرفت‌های علمی مسلمین دانسته و می‌گوید:
«... نکته اول تشویق قرآن است به کسب علم و همینطور سنت نبوی و روایت ائمه و مانند آن. حدیث نبوی می‌گوید که «طَلبُ العِلم فریضه علی کل مسلم» یعنی طلب علم را فریضه و واجب دانسته‌اند برای همه مسلمانان. یا «اُطلُب العلم ولو بالصین» یعنی علم را بیاموزید حتی اگر در چین باشد. واضح است که قرار نیست علوم دینی و قرآن و تفسیر را در چین بیاموزیم! مسئله آموختن علم عام است. وقتی به قرآن نگاه می‌کنیم، می‌بینیم که تشویق می‌کند به اینکه ببینید عالم خلقت چگونه بنا شده، «اَفَلا یَنظُرون الی اِبِل خُلِقَت»، آیا نظر نمی‌کنید که شتر چگونه خلق شده، «و الی السّماء کَیفَ رُفِعَت» و آسمان چگونه برافراشته شده، «قُل اُنظُرو ما ذا فی السماوات و ما فی الارض»، اصلا ببینید در آسمان و زمین چه چیزهایی وجود دارد. «هَل یَنظُر الانسان مِمَّن خُلِق»؟ آیا انسان نگاه می‌کند که از چه خلق شده است؟ «قُل سیرو فی الارض فَانظُرو کَیف بدأ الخَلق»، در زمین بگردید و تامل کنید که خدا چگونه خلقت را شروع کرد. محرک اصلی همین قرآن است»
از همین روی از همان نخستین روزهای ظهور اسلام، علم، جایگاه ویژه و خاصی در میان پیروان آن داشت. دکتر علی اکبر ولایتی، کارشناس تاریخ تمدن اسلامی، به سابقه اهمیت علم در اسلام و تاریخ آن‌اشاره و خاطرنشان کرده:
«...اسلام به علم اهمیت ویژه‏ای داده است به طوری که می‏توان گفت اولین حوزه علمیه جهان اسلام توسط رسول‏الله(صل الله علیه و آله) و با حضور ایشان، حضرت خدیجه(سلام الله علیها) و امام علی(علیه السلام) شکل گرفت. پس از پیامبر اسلام(صل الله علیه و آله) در زمان حضرت علی(علیه السلام)حوزه علمیه مدینه و بعدها حوزه علمیه کوفه، رونق چشمگیری داشت. در زمان امام حسن مجتبی(علیه السلام) و امام حسین(علیه السلام) حوزه مدینه فعالیت‏های گسترده‏ای داشت و در عصر امام صادق(علیه السلام) حوزه مدینه بسیار پررونق بود و بزرگان تشیع و تسنن در آن مشغول تحصیل بودند. به عبارتی هر جا ائمه اطهار (علیهم السلام) حضور داشتند، حلقه‏های علمی گسترده و پررونقی تاسیس می‏شد. بعدها اولین حوزه علمیه بغداد در سال ۳۳۴ (ه.ق) توسط آل بویه راه‏اندازی شد که ارادت ویژه‌ای به اهل بیت (علیهم السلام) داشتند و تا حدود ۱۰۰ سال بعد در سال ۴۴۷ (ه.ق) توسط خواجه نظام‏الملک این حوزه به فعالیت‏های خود ادامه داد. در هر شهری از جهان اسلام حوزه‏های علمیه توسط علمای پیرو
 ائمه‌هدی(علیهم السلام) و جلوتر از بزرگان اهل سنت شکل می‏گرفت....»