کارگرانی که در مناطق آزاد کار می‌کنند، علاوه بر مشکلات معمول کارگری مشکلات ویژه‌ای هم دارند چرا که تعدادی از آنان مشمول برخی بندهای قانونی مثلا قانون کار نمی‌شوند.
 به گزارش رجانیوز، کارفرمای مناطق آزاد ویژه به خاطر مقررات خاص آن مناطق در هیچ ماده یا تبصره مکلف به بیمه کردن کارگران نیستند و کارگران را هر گاه که بخواهند می‌توانند اخراج کنند و حتی اگر دادگاه حکم به بازگشت کار بدهد، پیمانکار می‌تواند آن را به کار برنگرداند و طبق همین مقررات نمی‌توانند تشکل‌های کارگری هم داشته باشند.
این مشکلات کارگران در مناطق آزاد- که قرار است تعداد آنها بیشتر هم شود- صدای کارگران را درآورده است. علی خدایی عضو هیئت مدیره کانون عالی شورای اسلامی کار کشور این گونه از این مشکلات می‌گوید: «مقررات ویژه اشتغال در مناطق آزاد ویژه تجاری تمامی کارگران شاغل در این مناطق را از شمول قانون کار خارج کرده و در قانون ویژه کاری که برای این مناطق تصویب شده عمده حقوق بنیادین کار که ماهیت حمایتی قانون کار را دربر می‌گیرد حذف شده و عمده موارد به توافق بین کارفرما و کارگر سپرده شده است.»
جعفر آهنگران مشاور اجرایی و معاون هماهنگی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی با اشاره به اینکه کارگران در مناطق آزاد مشکل خاصی ندارند و مشکلی ندارند می‌گوید مشکلی هم اگر باشد در شورایی سه نفره حل و فصل می شود. «در سال 72 و 73 روابط کار در مناطق آزاد به قرارداد بین کارگر و کارفرما موکول شده و این مورد را در نظر گرفتیم اگر اختلافی پیش آید کارگر و کارفرما حق دارد موضوع را به هیئت سه نفره‌ای ارجاع بدهد که متشکل از نمایندگان سازمان مناطق آزاد نماینده کارفرما و نماینده کارگران هستند. فکر هم می‌کنم تا به حال مشکل خاصی هم نداشتیم. موارد زیادی داشتیم که در همین هیئت سه نفره بررسی شد و حل و فصل گردید».
با این وجود، علیرضا محجوب دبیر کل خانه کارگر و رئیس فراکسیون کارگری مجلس با اشاره به ماده واحده‌ای که به قول این نماینده، ظالمانه حقوق کارگران را در مناطق آزاد زیر پا می‌گذارد می‌گوید فضای حاکم بر مجلس به نفع کارگران نیست.