سید مرتضی سقائیان‌نژاد در جلسه شورای اسلامی شهر قم با اشاره به برگزاری جلسه‌ای با حضور رئیس مجلس شورای اسلامی و وزیر راه و شهرسازی در ارتباط با پروژه‌های عمرانی قم اظهار داشت: عبور قطار سریع‌السیر تهران- قم- اصفهان از شهر قم یکی از موضوعاتی بود که در این جلسه مورد بحث قرار گرفت.
وی با اشاره به طرح شدن پیشنهاد عبور این قطار از ایستگاه جمکران توسط رئیس مجلس شورای اسلامی گفت: این موضوع در جلسه‌ای هم تصویب شد اما بعدها با آن مخالفت‌هایی از داخل استان صورت گرفت و مطرح می‌شد که عبور قطار از میان کوه دوبرادران مشکلاتی به همراه دارد.
شهردار قم افزود: در نهایت راه و شهرسازی اصرار داشت که ایستگاه مرکزی قطار شهری اهمیت پیدا کند. قطار وارد شهر شده و به ایستگاه مرکزی نقطه بیاید و به صورت آنتنی به جمکران وصل شود.
وی با اشاره به اینکه مسیر آنتنی ۱۲ تقاطع غیر همسطح را به شهر تحمیل می‌کرد، اظهار داشت: نکته دیگر این است که وسیله‌ای مثل قطار سریع‌السیر با توجه به ساختار شهر قم این شهر را تکه‌تکه خواهد کرد.
سقائیان‌نژاد به مخالفتش با عبور قطار از داخل شهر در جلسه با وزیر راه اشاره کرد و گفت: وزیر در این جلسه مطرح ‌کرد که قرار است یک پروژه ۵ میلیارد یورویی به قم بیاید اما ما مطرح کردیم که این هزینه باید در راستای آسایش مردم باشد و عبور قطار از سطح آسایش مردم را به هم می‌زند.
وی با مقایسه پروژه‌های قطار و مترو ادامه داد: ما کیلومتری ۱۷۰ میلیارد تومان برای مترو هزینه می‌کنیم تا از زیر سطح برود و شهر را چند پاره نکند.
شهردار قم با اشاره به مطرح شدن عبور قطار پرسرعت از میدان ۷۲ تن، بلوار زینبیه و رسیدن به ایستگاه مرکزی شهر قم گفت: در این طرح قسمتی از زیر سطح و قسمتی از روی سطح عبور می‌کند که با توجه به حجم فاینانسی که با چینی‌ها بسته شده این موضوع به صورت جدی پذیرفته نشد.
وی با اشاره به توافق مدیران استان بر سر تصمیم قطار پرسرعت، اظهار کرد: برای همه مقامات استان این موضوع مشخص بود که قطار سریع‌السیر باید از زیر عبور کند.