اقدام غیرمنتظره وزارت علوم در حذف بیش از سی درصد از رشته‌ محل‌های کارشناسی‌ارشد دانشگاه آزاد اسلامی در ایام انتخاب رشته داوطلبان کارشناسی‌ارشد این دانشگاه، حواشی مختلفی را ایجاد کرده و باعث سردرگمی دانشجویان و اساتید این دانشگاه شده است.
بر این اساس، از مجموع 2780 رشته محل بازنگری شده در مقطع کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد اسلامی، تعداد 1541 مورد فقط برای یکبار پذیرش در سال تحصیلی 96-97 مورد تأیید قرار گرفت که 2 هزار و 300 رشته‌ محل مربوط به رشته‌های یک‌ بار پذیرش و بقیه مربوط به واحد الکترونیک و سایر واحدها بود.
 وزارت علوم در حالی دست به چنین اقدامی زد که در توافقی مکتوب بین این وزارتخانه و دانشگاه آزاد، این دانشگاه اعضای هیئت علمی لازم را برای رشته‌های یک‌ بار پذیرش جذب کرده بود.
این اقدام وزارت علوم با واکنش‌های متعددی از سوی دانشجویان، اساتید و کارکنان دانشگاه آزاد روبرو شد. در کنار این مسئله، نمایندگان مجلس و اعضای کمیسیون آموزش و تحقیقات نیز در تذکری خواستار تعیین تکلیف اساسی این مسئله و همراهی وزارت علوم با تیم جدید مستقر در دانشگاه آزاد شدند.
پس از این واکنش‌ها وزارت علوم در اطلاعیه‌ای با ادعای پاسخگویی به ابهامات دانشگاه آزاد، آمادگی خود را برای دریافت مستندات و بررسی کلیه درخواست‌های گذشته و جدید دانشگاه آزاد اسلامی اعلام کرد اما هیچ اشاره‌ای به جزئیات بررسی این مسئله نکرد.
بعد از این شاهد واکنش‌های متعددی از سوی دانشگاه آزاد و وزارت علوم بر سر مسئله رشته‌ محل‌های این دانشگاه بودیم که به جنگ رسانه‌ای بین این دو نهاد منجر شد. مسئولان دانشگاه آزاد در پاسخ به ادعاهای مسئولان وزارت علوم با استناد به مصوبه سال 67 مجلس و کمیته سه نفره آن، از تصویب رشته محل‌های دانشگاه آزاد در این کمیته خبر دادند و اعلام کردند اسامی رشته محل‌ها روی سایت دانشگاه آزاد قرار می‌گیرد.
در پاسخ به این اقدام دانشگاه آزاد، سازمان سنجش با صدور اطلاعیه‌ای به میدان آمد و اعلام کرد نتیجه کد رشته محل‌های تایید شده در شرایطی قانونی است که بر روی سایت این سازمان قرار گیرد.
علی‌اکبر ولایتی رئیس ‌هیئت موسس و هیئت‌امنای دانشگاه آزاد در گفت‌وگویی با اشاره به روند تایید رشته‌ محل‌های دانشگاه آزاد، بیانیه سازمان سنجش را اعمال سلیقه برخی افراد صاحب نفوذ در شورای گسترش وزارت علوم دانست و به دانشجویان، اساتید و داوطلبان این دانشگاه برای ادامه تحصیل در دانشگاه آزاد اطمینان خاطر داد.
کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس نیز که پیش از این به موضع‌گیری درباره این اقدام وزارت علوم بسنده کرده بود، با دعوت از وزارت علوم و دانشگاه آزاد زمینه حل جدی این مناقشه در مجلس را فراهم کرد.
به گزارش تسنیم؛ در این بین مسئولان آموزشی وزارت علوم با برگزاری نشستی با اشاره به اعداد و ارقام، اعلام کردند که دانشگاه آزاد پیش از این بی‌حساب و کتاب رشته تاسیس کرده و از این پس به راحتی برای رشته‌های آن مجوز صادر نمی‌شود. این ادعا در حالی است که مسئولان این وزارتخانه شائبه‌های سیاسی بودن این مسئله را هم رد کردند و خواستار خویشتن‌داری مسئولان دانشگاه آزاد شدند.
فردای این روز کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس در نشستی مشترک با مسئولان وزارت علوم و دانشگاه آزاد مقرر کرد رشته محل‌‌های کارشناسی‌‌ارشدی که سال گذشته برای مقطع دکتری مجوز دریافت کرده‌اند، رشته محل‌هایی که در مقطع ارشد فارغ‌التحصیل داشته‌اند و رشته محل‌هایی که در مقطع ارشد دارای 3 استادیار تمام وقت یا 2 استادیار تمام وقت و 2 استادیار نیمه وقت هستند، مورد تأیید وزارت علوم قرار می‌گیرند.
در حالی که اعلام می‌شد این موضوع در اسرع وقت و قبل از پایان یافتن فرصت داوطلبان کارشناسی‌ارشد دانشگاه آزاد محقق می‌شود، اما با گذشت چند روز اظهارات ضد و نقیضی درباره تایید رشته‌های دانشگاه آزاد مطرح می‌شد.
مسئولان دانشگاه آزاد از تایید جمع کثیری از این کد رشته محل‌ها و ادامه بررسی‌های این رشته محل‌ها خبر می‌دادند، اما معاون آموزشی وزارت علوم در نهایت از تایید مشروط مجوز 1541 رشته محل دانشگاه آزاد خبر داد.
وی همچنین تاکید کرده «صحت اطلاعات اولیه این رشته محل‌ها ظرف 45 روز آینده مورد بررسی قرار می‌گیرد و چنانچه شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم متوجه اشتباه و یا خطا در اطلاعات انعکاس داده شده از سوی دانشگاه آزاد شود، مجوز این رشته محل‌ها باطل و ظرفیت آنها نیز صفر خواهد شد.»
وزارت علوم نیز در اطلاعیه‌ای ضمن تایید اظهارات فوق کار بررسی رشته‌محل‌های دانشگاه آزاد را پایان یافته دانست.
در شرایطی که داوطلبان دانشگاه آزاد تنها چند روز برای انتخاب رشته فرصت دارند و تاکنون به دلیل بروز این مشکلات بلاتکلیف بودند، عدم جدیت وزارت علوم در حل مشکل رشته محل‌ها و عدم پایبندی این وزارتخانه به مصوبات کمیسیون آموزش مجلس شائبه‌های سیاسی بودن رویکرد وزارت علوم علیه دانشگاه آزاد- به ویژه بعد از تغییرات اساسی دانشگاه آزاد- را تقویت می‌کند تا جایی که برخی از نمایندگان مجلس به دنبال اقدام متقابلی در این زمینه هستند.
 به نظر پشت پرده ماجرای حذف غیرمنتظره رشته‌محل‌های دانشگاه آزاد را باید در معاونت آموزشی وزارت علوم و نگاه سیاسی و منفعت جویانه حاکم بر این بخش دنبال کرد.
با توجه به سوابق سیاسی معاون آموزشی وزارت علوم و طیف سیاسی حاکم بر این وزارتخانه که رویکرد فعلی دانشگاه آزاد را با منافع سیاسی و اقتصادی در تضاد می‌بینند، شاید وجود چنین کارشکنی‌هایی از سوی معاونت آموزشی وزارت علوم علیه دانشگاه آزاد دور از انتظار نبود.
نکته دیگری که نمی‌توان در این زمینه نادیده گرفت، منفعت سهام‌داران و صاحبان دانشگاه‌های غیرانتفاعی از قبل حذف رشته‌محل‌های دانشگاه آزاد است. با توجه به اینکه برخی از مسئولان آموزشی وزارت علوم از صاحبان و سهامداران دانشگاه‌های غیرانتفاعی هستند، مانع تراشی‌های وزارت علوم در مسیر رشته محل‌های دانشگاه از این نظر نیز شائبه‌ برانگیز و گویای منفعت طلبی بخشی از افراد در وزارت علوم است که همواره از توسعه و اعطای مجوز به رشته محل‌های دانشگاه آزاد دلخوشی نداشتند.
در عین حال اگرچه گسترش بی‌رویه رشته‌های دانشگاهی از سالیان گذشته، انتقادات بسیاری از کارشناسان حوزه آموزش عالی را برانگیخته بود اما برخورد سیاسی و سلیقه‌ای اخیر مسئولان وزارت علوم با این کدرشته‌های دانشگاه آزاد و نادیده انگاشتن حقوق بسیاری از اساتید و دانشجویان مشغول به تحصیل، به هیچ وجه قابل قبول نبوده و شائبه‌ها درخصوص سنگ‌اندازی در پیشبرد امور مدیریت جدید دانشگاه آزاد را تقویت می‌کند!