این تحلیل را سایت انتخاب از قول یک دیپلمات سابق و در حالی منتشر کرد که برخی رسانه‌های زنجیره‌ای همسو القا می‌کردند شمخانی چون دنبال احیای برجام بوده، کنار گذاشته شده است.
کوروش احمدی دیپلمات سابق درباره تغییر شمخانی و میزان تعیین‌کنندگی نهاد شورای عالی امنیت ملی بر روند برجام گفت: این مسئله از دو جهت قابل بحث است: یکی اینکه آیا موضوعات از بعد اجرایی نیز به‌طور مشخص به شورای امنیت ملی سپرده شود یا نه. دیگر اینکه نقش شورای عالی امنیت ملی در بررسی و تصویب اموری که ابعاد اجرایی آن در نهادهای دیگر انجام شده تا چه حد است. در مورد اول مثلا امور اجرایی برجام در یک دوره‌ای به شورای عالی امنیت ملی سپرده شده بود و دبیران این شورا کارهای اجرایی و مذاکرات با طرف‌های خارجی را انجام می‌دادند. در یک دوره دیگر مشخصا در دولت یازدهم و دوازدهم کار به دولت سپرده شد.
او ادامه داد: اکنون اگر احیانا کار برجام یا هر فکر دیگری در مورد برنامه هسته‌ای به شورای امنیت ملی سپرده شود، طبعا نقش دبیر آن اهمیت بسیار زیادی پیدا می‌کند. از اینکه بگذریم مسئله در سطح تصمیم‌گیری‌های نهایی و تصویب نتایج کارهاست؛ شورای عالی امنیت ملی وظیفه دارد که حاصل هر اقدامی را که در چارچوب سیاست‌های کلی ابلاغی انجام‌شده، بررسی کند و در مورد آن تصمیم بگیرد و نهایتا کار با تایید رهبری می‌تواند اجرایی شود.
وی درباره کنار رفتن شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی و تاثیر این اتفاق بر پرونده برجام افزود: من فکر نمی‌کنم کنار رفتن ایشان تاثیری عمده‌ای در کار برجام داشته باشد؛ آقای شمخانی در ده سال اخیر که سمت دبیری شورا را داشت، در بسیاری مقاطع با برجام همسو بود، به‌خصوص در سال ۹۴ که برجام مورد تایید نظام بود. منتهی در سال ۹۹ آن‌طور که از گزارش‌های خبری برمی‌آید، با قانون راهبردی مجلس برای لغو تحریم‌ها که در آذر آن سال تصویب شد، همراهی‌هایی نشان داد؛ و این در حالی بود که دولت روحانی و وزارت خارجه قویا با قانون مذکور مخالف بودند و به قول آقای واعظی، آن مصوبه به‌گونه‌ای بود که می‌توانست پرونده هسته‌ای ایران را دوباره به شورای امنیت سازمان ملل بفرستد.
کوروش احمدی افزود: در آن دوره در رسانه‌ها مطرح بود که گویا آقای شمخانی بدون اطلاع دولت و رئیس‌جمهور، مذاکراتی با مجلس و شورای نگهبان داشته یا شاید نامه‌ای دال بر موافقت شورا به شورای نگهبان نوشته باشد که تصویب آن قانون توسط مجلس و تایید سریع آن توسط شورای نگهبان را ممکن کرد. این امر از آن جهت اهمیت داشت که اقدامات مرتبط با برجام توسط نهادهای دیگر مسلتزم جلب موافقت دولت بود و دولت باید با اقدام مجلس موافقت می‌کرد تا شورای نگهبان آن را تصویب کند. در آن زمان صحبت از این بود که با وجود اینکه روحانی رئیس شورای عالی امنیت ملی بود، اما دبیر شورا نظر موافق شورای عالی امنیت ملی را با آن مصوبه اعلام کرده بود. اگر این اخبار درست باشد به این معنی است که آقای شمخانی در آن مقطع کمتر با دولت و بیشتر با مجلس که موضع تندی در مورد برجام داشت همسو بود.
درباره بخشی از اظهارات کوروش احمدی گفتنی است که شورای عالی امنیت ملی، نهاد عالی فراقوه‌ای است و بنابراین تصمیمات در آن نه صرفا براساس نظر دولت، بلکه براساس تصمیم‌گیری جمعی انجام می‌شود. در ماجرای قانون اقدام متقابل (سال 1399)، اتفاق‌نظر در سطح نظام بر این بود که باید در مقابل عهدشکنی ادامه‌دار آمریکا، اقدام متقابل انجام شود تا ضمن فشار به طرف مقابل برای لغو تحریم‌ها و اعاده حقوق ایران، برنامه هسته‌ای نیز از تعطیلی پنج‌ساله خارج شود. در عین حال این قانون، موجب راستی‌آزمایی وعده‌ها و پشت‌هم‌اندازی‌های غرب هم بود که آیا بالأخره تحریم‌ها را لغو می‌کند تا ایران هم به تعهدات تعلیقی برجامی برگردد یا نه؟ در این مسیر آقای شمخانی به‌عنوان دبیر، باید با نظام و اکثریت قاطع اعضای شورا همراهی می‌کرد و به مجلس درباره تدوین قانون اقدام راهبردی مشورت شورا را ابلاغ می‌کرد. و این همکاری با عنایت به خوش‌بینی و همکاری گذشته وی در ماجرای تایید برجام در شورا، جای هیچ شائبه‌ای نداشت. نکته دوم، ادعای پیش‌بینی ارجاع پرونده ایران به شورای امنیت در صورت تصویب قانون اقدام راهبردی در مجلس است که گذشت زمان خلاف بودن ادعا و پیش‌بینی آقای واعظی را نشان داد و ثابت کرد ترس از هیاهوی دشمن، موجب عقب‌نشینی‌های یکطرفه شده است.
گفتنی است شمخانی با وجود خوش‌بینی به توافق و همکاری کامل در تصویب آن در سال 1394، چهار سال بعد یعنی مرداد ۱۳۹۸ در گفت‌وگو با شبکه ان‌بی‌سی‌نیوز تاکید کرد: «امضای برجام اشتباه بود؛ ما نباید آن را امضا می‌کردیم. مذاکره با آمریکا بی‌فایده است. ما بیش از این اجازه نداریم که فرصت ملت ایران را صرف روندهای بی‌حاصل کنیم. اروپایی‌ها از ما خواستند از برجام خارج نشویم. ما پذیرفتیم تا به اروپا فرصت بدهیم. اروپا اگر در پرداخت هزینه‌های حفظ برجام مردد است، باید بداند که ایران معطل آنها نخواهد ماند. هدف تحریم‌ها، مذاکره نیست؛ بلکه وادار کردن ایران به تسلیم است و مادام که آمریکا این رویکرد را در پیش بگیرد، ایران هرگز به‌دنبال مذاکره نخواهد بود».