عبدالله گنجی فعال رسانه‌ای طی نامه‌ای به محمد خاتمی رئیس‌دولت اصلاحات نوشت: «هم در بیانیه و هم در سخنان خویش در حرم امام آورده‌اید «معتقدم برخی انحرافات در زمان امام بود ولی بحمدالله در اواخر عمر.... اصلاح کردند.» همین تحریف امام کافی است که بدانیم تاریخ را طوری تفسیر می‌کنید که به جایی که الان ایستاده‌اید، معنا دهد. مصلحت‌ها و اضطرار زمان جنگ را انحراف می‌گویید؟ و معتقدید امام گفت ان‌شاءالله اصلاح می‌کنیم؟و سپس حال را می‌کوبید که: «ما چندان آثاری از تحقق سخنان ایشان را نمی‌بینیم» و می‌فرمایید،

« نمی‌دانیم باید به خاطر پیروزی انقلاب جشن بگیریم و خوشحال باشیم یا آنکه به خاطر انحرافی که در مسیر آن ایجاد شده است، عزادار باشیم» بدون تردید انحراف مدنظر شما عدم ورود برخی از همسویان شما به قدرت است و همه معرکه‌گیری برای آن موضوعی است که نظارت استصوابی می‌خوانید.».

وی در ادامه تصریح کرد: «نوشته‌اید «ولی اسلام در عرصه اجتماعی باید به صورتی باشد که با جمهوریت سازگار شود» و گفته‌اید «جمهوری یعنی همان که در دنیا هست»، نه آقای خاتمی آن جمهوری آرمانی فرانسوی شما، ریشه‌اش در اومانیسم است. مردم‌سالاری امام درون‌دینی است. امام اهل التقاط نبود که اگر بود کلمه دموکراتیک را از مرحوم بازرگان می‌پذیرفت. امام جمهوری‌های غربی را در همان نوفل‌لوشاتو طاغوت و فاسد می‌داند. اگر قرار است جمهوری مثل همه دنیا باشد یا اسلام بتواند با جمهوریت سازگار شود (نه بالعکس) که امام نمی‌فرمود: «اگر حکم رئیس‌جمهور توسط ولی فقیه تنفیذ نشود، حکومتش، حکومت طاغوت است.» امام به اراده مردم باور حتمی داشت اما خطوط قرمز جمهوریت در ‌اندیشه او حدود الهی است و البته منافاتی ندارد، چون مردم مسلمان در امور فراسلیقه‌ای از اصول مشترکی پیروی می‌کنند. پس تا این‌جا انحراف از ‌اندیشه امام محرز است.»

این فعال رسانه‌ای در ادامه نوشت: «امام به شدت ضدلیبرالیسم بود؛ چهار بار فقط در نامه 6/1/1368 به آیت‌الله منتظری به لیبرال‌ها حمله می‌کند و به ایشان می‌گوید:«شما می‌خواهید بعد از من، حکومت را به لیبرال‌ها و از طریق آنها به منافقین بدهید» و در تاریخ 3/12/1367 می‌فرمایند:«من به آنانی که دست‌شان به رادیو و تلویزیون و مطبوعات می‌رسد و چه بسا حرف‌های دیگران را می‌زنند، صراحتاً اعلام می‌کنم تا من هستم، نخواهم گذاشت حکومت به دست لیبرال‌ها بیفتد» اما انحراف آنجا بود که دو نفر از اعضای حزب کارگزاران – اصلاح‌طلب -رسماً حزب خود را لیبرال اعلام کردند و عبدالکریم سروش نیز آنان را ستود.باز تأکید می‌کنم شما و دیگران مخیر به انتخاب هر ‌اندیشه‌ای هستید، اما با این وصف امام را رها کنید، ما هم از شما تشکر می‌کنیم. شما معتقدید اگر تلازم دین و آزادی رخ دهد، این دین است که باید عقب‌نشینی کند. حال یک عبارت از امام نشان دهید که معتقد باشد در اسلام احتمال تلازم دین و آزادی وجود دارد. آن آزادی که با دین تلازم می‌کند، آزادی غربی است. آزادی مدنظر امام زائیده خود دین است. شما کجا و امام کجا؟» 

گنجی در ادامه خطاب به رئیس‌دولت اصلاحات نوشت: «آقای خاتمی! جنابعالی و دوستان حوزه فکری اصلاحات هنوز اصرار بر اجرای بدون تنازل قانون اساسی دارید، اما حقیر قسم جلاله می‌خورم، شماها اصل 57 قانون اساسی (ولایت مطلقه فقیه) را نه در عرصه نظر و نه در عرصه عمل قبول ندارید و هزاران سند از امثال تاج‌زاده تا علوی‌تبار و حجاریان و... برای آن وجود دارد. شما لابد سند تأملات راهبردی پنج ساله حزب مشارکت در پاییز 1387 را خوانده‌اید که ولایت فقیه را یکه‌‌سالاری در مقابل مردم‌سالاری می‌داند و مشروعیت نظام مدنظر امام را از طریق مشروعیت سه‌گانه مارکس وبر تفسیر می‌کند. لابد می‌دانید که وقتی چپ‌ها اصلاح‌طلب شدند و سیاست‌ورزی را با روشنفکری درهم آمیختند،‌ هابرماس را جایگزین امام کردند و در سال 1381 تحت لوای دولت جنابعالی، او را به تهران آوردند و «زیست‌ جهان» او را کپی به «زیست مسلمانی» کردند و «حوزه عمومی» را در مقابل نظام، مفهوم‌‌سازی کردند و جنبش‌های اجتماعی مکتب فرانگفورت را تئوریزه می‌کردند. در این مختصر نمی‌گنجد اما صلاح دانستید پیغام بدهید تا اسناد را خدمت بفرستم که چطور ‌هابرماس پدر فکری نئوچپ‌ها شد و شیفته او شدند و دهها نفر درباره او سخن گفتند و من جمع آن را دارم. این بود خط امام؟»

وی در پایان همچنین در بخش پایانی نامه خود خطاب به خاتمی تاکید کرد:« در پایان توصیه می‌کنم به این جمع‌بندی برسید که اصلاحات، یک جنبش اجتماعی- روشنفکری است یا یک جریان سیاسی در ایران است؟ آن‌گاه شاید این پرسش، پاسخ داده شود که چرا اصلاح‌طلبان مرحومه مهسا امینی را کشته دانستند، حادثه شاهچراغ و ایذه را بر گردن نظام ‌انداختند، مسمومیت دانش‌آموزان را به نظام نسبت دادند و برای نیکا شا‌کرمی، سارینا اسماعیل‌زاده و دختر اردبیلی هشتگ کشته زدند؟»