در حال حاضر مناطق آزاد تجاری به جای تبدیل شدن به محلی برای تولید و صادرات کالای ایرانی به بازارهای خارجی، به مکانی برای رجوع مردم ایران و خرید کالای خارجی تبدیل شده‌اند. این مناطق همچنین نقشی غیرقابل انکار در تسهیل فرآیند «قاچاق کالا به کشور» و «فرار مالیاتی شرکت‌ها»
 دارند.
به گزارش عیارآنلاین، شهریور ماه ۱۳۷۲ بود که قانون ایجاد مناطق آزاد تجاری و صنعتی به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید. هدف اصلی از راه‌اندازی مناطق آزاد تجاری و صنعتی، افزایش تولید و صادرات، جذب سرمایه خارجی، انتقال فناوری و محرومیت زدایی بود؛ اما با وجود اعطای معافیت‌های گسترده از سوی دولت به این مناطق، موفقیتی در این زمینه‌ها بدست نیامده است؛ به طوریکه سهم مناطق آزاد در صادرات کشور ۲ درصد، در جذب سرمایه خارجی ۵ درصد و در ایجاد‌ اشتغال کمتر از ۳ درصد است و این مناطق در مواردی همچون جذب فناوری خارجی و محرومیت زدایی نیز ناکام
بوده‌اند.
نقش مناطق آزاد تجاری در تسهیل ورود قاچاق کالا به کشور
اما مشکلات مناطق آزاد به عدم تحقق اهداف تعیین شده ختم نمی‌شود؛ وجود این مناطق در نقاط مرزی کشور به بستری برای ورود بی‌ضابطه کالاهای خارجی به کشور و همچنین سوءاستفاده از معافیت‌های مالیاتی اعطا شده به این مناطق تبدیل شده است. بر اساس قانون با اتکا به ماده «۱۳» قانون مربوط به مناطق آزاد، تمام‌ اشخاص حقوقی و افراد حقیقی که در این مناطق به فعالیت‌‌های اقتصادی مشغول‌اند، از تاریخ مندرج در مجوز بهره‌‌برداری آنها تا ۲۰ سال پس از آن از معافیت مالیاتی برخوردار شدند.
همزمان با این اتفاق، واحدهای صنعتی زیادی در مناطق آزاد و ویژه مستقر و از امتیازهای آن بهرمنده شدند. واحدهای صنعتی که به دلیل عدم نظارت دستگاه‌های مسئول از مأموریت اصلی مناطق آزاد و ویژه که صادرات بود، فاصله گرفتند و کالاهای تولیدی خود را روانه بازار داخل کردند. موضوعی که سید ناصر موسوی لارگانی، عضو کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی درباره آن گفت: «درحال حاضر مناطق آزاد، محلی برای واردات کالا به کشور شده است. این موضوع عدم شفافیت را به دنبال داشته و امکان رقابت تولیدکننده‌های داخلی را با واحدهای تولیدی مستقر در مناطق آزاد را گرفته است».
معافیت مناطق آزاد
از پرداخت حقوق گمرکی
بر اساس قانون کالاهای وارداتی به مناطق آزاد از پرداخت حقوق گمرکی معاف هستند؛ اما این معافیت تنها مختص کالاهایی است که برای استفاده در داخل مناطق آزاد به این مناطق وارد می‌شوند و به این‌ترتیب هرکالایی که از منطقه آزاد به منطقه اصلی کشور منتقل شود و در این فرآیند حقوق گمرکی پرداخت نکند، عملاً هیچ تفاوتی با کالای قاچاق ندارد. سهولت در واردات کالا به مناطق آزاد موجب شده‌است بسیاری از قاچاقچیان کالاهای خود را به این مناطق وارد و در آنجا انبار نمایند و در ادامه به روش‌های گوناگون و کم هزینه دیگری کالاهای خود را به داخل سرزمین اصلی برسانند.
نقش مناطق آزاد تجاری
در تسهیل فرار مالیاتی
از آنجا که یکی از کارکردهای اصلی اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده شفاف‌سازی جریان کالا و خدمات در اقتصاد است، معافیت مناطق آزاد ضربه مهلکی به این هدف وارد می‌سازد زیرا یکپارچگی زنجیره عرضه کالا و خدمات را قطع می‌کند و منجر به عدم دسترسی به اطلاعات ناشی از مبادله کالا و خدمات در بخش قابل توجهی از قلمرو جغرافیایی کشور می‌شود که به معضل فرار مالیاتی، قاچاق و پولشویی دامن می‌زند. بر اساس گزارش نهادهای نظارتی، ایجاد شرکت صوری در مناطق آزاد و فعالیت آنها در سرزمین اصلی، یکی از شیوه‌های رایج فرار مالیاتی است که به دلیل عدم شفافیت و عدم استقرار سامانه‌های نظارتی در این مناطق اتفاق میفتد.
به‌عنوان نمونه بر اساس اظهارات رئیس وقت سازمان بازرسی کل کشور در سال ۱۳۹۵، بیش از ۲۸۰۰ شرکت با یک آدرس و یک کدپستی در منطقه آزاد کیش به ثبت رسیده بود. ثبت یک شرکت در منطقه آزاد و فعالیت در سرزمین اصلی به این معنی است که عملاً معافیت مالیاتی اعطا شده به منطقه آزاد به کلی مسیر انحرافی را طی کرده و تنها نتیجه آن کاهش درآمدهای مالیاتی دولت
بوده است.