2- شبستان زیرگنبد
این شبستان دومین مسجد در سمت جنوبی مسجد جامع است و بین شبستان شاه آبادی و گرمخانه قرار دارد. این شبستان به شبستان تابستانی، عتیق و بزرگ نیز نامیده می‌شود. مساحت این شبستان را 600، 700، 1100 متر مربع گفته‌اند63ولي براساس اندازه‌گيري انجام شده توسط مسئولين مسجد مساحت آن 1161 متر مربع (43×27 متر) است. از لحاظ تاریخ ساخت به دو دوره تقسیم می‌شود، دوره تیموری - صفوی و دوره قاجار64. اعتماد السلطنه تاریخ ساخت آن را به زمان فتحعلی شاه قاجار و بین سال‌های 1212 تا 1250 ق نسبت می‌دهد. این شبستان تقریباً به سبک شبستان اول ساخته شده است. شبستان شامل هجده چهارطاقی در سه ردیف است. این چهارطاقی‌ها روی ده ستون قطور استوارند. در ضلع جنوبی شبستان، گنبد خانه آن واقع شده است.
از جمله امام جماعت‌های معروف شبستان زیر گنبد می‌توان به میرزای قمی اشاره کرد که بعد از اتمام شبستان به درخواست فتحعلی شاه، نماز جماعت برپا می‌کرد، وی از برجسته‌ترین مراجع و علمای ایران در قرن 12 و 13 بود. سید محمد باقر شفتی نیز در این زمان با معرفی میرزای قمی در این شبستان نماز جماعت را برپا می‌داشته است. سید محمد باقر به عنوان نیابت عامه به اجرای حدود نیز می‌پرداخته و عالمی بسیار عابد و زاهد بود.
در سال‌های بعد آقای سبط شیرازی نوه مرحوم میرزای بزرگ صاحب فتوای تنباکو که منزلش نیز در کوچه غریبان بازار بود و عمر طولانی نیز کرد، نماز می‌خواند. پس از او آقای خلیلی و بعد از او آیت الله مجتبی تهرانی حدوداً بعد از سال 54 ـ 53 كه تا چندي قبل از رحلت ادامه داشت، نماز مي‌خواندند. البته برخي روزها كه آيت‌الله تهراني حضور نمي‌يافت، فرزندش حجت‌الاسلام حسين تهراني نماز به‌پا مي‌داشت.بعد از رحلت آيت‌الله مجتبي تهراني، نامبرده به‌صورت متوالي امامت جماعت را عهده‌دار است.
در كتاب مساجد ديرينه سال تهران، صفحه 146، از حجت‌الاسلام خليلي به عنوان امام جماعت يكي از شبستان‌ها كه معلوم نيست كدام شبستان بوده نام مي‌برد و در مورد وي مي‌نويسد:
« در سال 1352 ﻫ . ش نيز در اين مسجد حاج ميرزا حسين خليلي زرندي داماد شيخ عباس تهراني به اقامة جماعت مي‌پرداخته است.»
ولي با توجه به مصاحبه اين مركز با متوليان و معمرين مسجد جامع و تعدادي از اسناد ساواك، نامبرده امام جماعت شبستان زير گنبد بوده است. ساواك وي را مقلد امام خميني (ره) معرفي مي‌كند و از او و سيد محسن رفيعي قزويني (فرزند آيت‌الله سيد ابوالحسن قزويني رفيعي) و شيخ مجتبي تهراني، به عنوان سه نفري نام مي‌برد كه به تبليغ و ترويج افكار و انديشه‌هاي امام مي‌پردازد. حجت‌الاسلام خليلي از جمله افرادي بود كه پس از فوت آيت‌الله حكيم در نجف در سال 49 تلگرام تسليتي به امام خميني (ره) ارسال داشته و از او به عنوان مرجع تقليد نام مي‌برد. از همين‌جا معلوم مي‌شود كه نامبرده قبل از سال 50 امام جماعت مسجد زيرگنبد بوده است.
3ـ شبستان گرمخانه يا زمستاني يا آيت‌الله جعفري
آخرين شبستان سمت جنوبي مسجد جامع است. گفته شده كه اين شبستان در حدود 350 تا 400 متر مربع مساحت داشته و به شكل مستطيل است ولي براساس اندازه‌گيري انجام شده توسط مسئولين مسجد مساحت آن 500 متر مربع(25×20متر) است. و در سال 1228 ق (1191 ش) بنا شده و چون فعاليت وسيع آن در زمان امامت مرحوم آيت‌الله غلامحسين جعفري همداني انجام گرفته به شبستان آيت‌الله جعفري و به علت استفاده از آن در فصل زمستان، به شبستان زمستاني و گرمخانه شهرت يافته است. بي‌شك از زمان استفاده از اين مكان به عنوان محل اقامة نماز، علمايي در آن عهده‌دار جماعت بوده‌اند كه متأسفانه نام و نشاني از آنان به دست نيامد ولي شهرت اصلي آن از وقتي است كه آيت‌الله جعفري امام جماعت اين شبستان مي‌گردد و با سخنان تند و صريح سياسي و اجتماعي خود آن را به يكي از پايگاه‌هاي مهم مبارزه عليه رژيم شاه تبديل مي‌سازد. هم‌چنان كه در مجموعه اسناد اين كتاب مشاهده خواهيد كرد بيشترين حجم نامه‌ها و گزارش‌هاي ساواك نيز مربوط به همين شبستان و امام جماعت و سخنرانان انقلابي آن مي‌باشد و از اين نظر در بين ديگر شبستان‌هاي مسجد جامع، شاخص و ممتاز است. از همين‌رو لازم است گذري بر زندگي اين عالم مجاهد داشته باشيم.
    آيت‌الله غلامحسين جعفري همداني فرزند محمدتقي در يازدهم آبان 1285 ش در روستاي شاهنجرين از توابع شهرستان همدان به دنيا آمد. تاريخ صدور شناسنامه‌اش پنجم اسفند 1311 ش و محل صدور آن نجف اشرف است به همين دليل در برخي از اسناد از وي با عنوان غلامحسين نجفي ياد شده است. در سيزده‌ سالگي براي فراگيري علوم ديني راهي شهر همدان شد و پس از گذراندن مقدمات، در سال 1302 به قم رفت. پس از سه سال تحصيل در قم در سال 1305 و در سن 24 سالگي عازم نجف اشرف گرديد و مدت 23 سال در آن شهر به تحصيل و تدريس پرداخت. در نجف در محضر آيات عظام: ميرزا ابوالحسن مشكيني، سيد ابوالحسن اصفهاني، ضياءالدين عراقي، محمدحسين كمپاني، نائيني، سيدحسين بادكوبه‌اي، ميرزا احمد آشتياني و شيخ مرتضي طالقاني، علوم فقه، اصول و فلسفه آموخت و به درجات بالايي از علوم ديني نائل و در سال 1328 به ايران آمد و در تهران اقامت گزيد و شبستان متروكه گرمخانه مسجد جامع را احياء و بازسازي نمود و به اقامه جماعت و نشر معارف اسلامي پرداخت.72 نامبرده خود در منبر مورخ 23/10/43 به اين موضوع اشاره كرده و مي‌گويد:
« ... من تا به حال مدت شانزده سال است در اين مسجد نماز مي‌خوانم ...»
شروع مبارزه آيت‌الله جعفري با رژيم شاه با آغاز حركت امام خميني(ره) در مخالفت با لايحه انجمن‌هاي ايالتي و ولايتي در سال 41 شكل گرفته و تا پيروزي انقلاب اسلامي ادامه مي‌يابد. شايد قبل از تاريخ مذكور نيز ايشان در موقعيت‌هاي مناسب در اعتراض به برنامه‌هاي حكومت اظهارات و اقداماتي نموده باشد ولي انعكاسي از آن در اسناد ساواك ملاحظه نمي‌گردد.