در اولين روز از فروردين سال 1346 خداوند به حجت‌الاسلام محمد آقا نجفي فرزندی عطا كرد و او را شمس‌الدين نام نهادند كه پس از گذر 6 سال از داشتن محبت پدري محروم گشت.
 وي در حين تحصيل در دوره نظري بود كه جنگ تحميلي آغاز شد، شمس‌الدين كه جواني رشيد و غيرتمند بود، نتوانست در برابر تجاوزكاران بعثي بي‌تفاوتي و سكوت اختيار كند، لذا چون رزمندگان اسلام راه مقابله با تجاوزكاران را پيش گرفت و سرانجام در عمليات ظفرمند كربلاي 5 در تاريخ 5 اسفند ماه سال 65 به فیض شهادت نائل آمد و اجر مجاهدت‌هاي فراموش ناشدني خود را دريافت كرد.
قسمتی از وصیت‌نامه شهید شمس‌الدین آقانجفی:
من مرگ سرخ را به زندگي ذلت بار ترجيح مي‌دهم. به جبهه‌ جنگ آمدم. تا با ضد خدا در راه جهاد سازندگي به جنگ بپردازم.
من قدم نهادن در راه خدا را، وظيفه شرعي مي‌دانم، در اين راه اگر دشمن را شكست دهیم، پيروزيم؛ اگر به ظاهر شكست بخوريم و كشته شويم، باز هم پيروزيم.