از طرف دیگر برخی مسئولان موسسه به دلیل اختلاف با مدیریت در زمانی اخراج شده و در زمانی دیگر به پستی بالاتر گمارده می‌شدند. مثلا «علی نوری» زمانی حسابدار و مسئول امر مالی موسسه بود. او در طی سالهای 1338 تا 1340 پرداخت‌های متعدد و مختلفی از حساب‌های ارزی موسسه به عوامل خارجی و داخلی خود در نیویورک (حتی به اسم خودش یعنی علی نوری) دارد که براساس اسناد موجود موسسه فرانکلین، برخی آنها به شرح زیر است:
 ... نامه‌های انگلیسی «علی نوری» به عوامل مؤسسه در نیویورک برای پرداخت‌های مالی به عوامل مؤسسه از 29 ژوئن 1959
1ـ نامه بیمه حوادث
2ـ سند پرداخت 14000 ریال به «علی نوری»
3ـ نامه به دونالد اس کامرون برای پرداخت 500 دلار به «علی فیروزی» و محاسبه آن از محل حساب ارزی مؤسسه
4ـ نامه به «دونالد کامرون» برای پرداخت 300 دلار به «لیلی غفاری» (خواهر هوشنگ پیرنظر) از مترجمین مؤسسه در کالیفرنیا از محل حساب‌های مؤسسه
5ـ نامه به «دونالد کامرون» برای پرداخت 200 دلار به «علی فیروزی» و 100 دلار به «ایرج پیرنظر» از محل حساب‌های مؤسسه
6ـ نامه به «دونالد کامرون» برای پرداخت پول به «علی نیکزاد»
7ـ نامه به «کامرون» برای پرداخت 200 دلار به «ایرج پیرنظر»، 9 ماه مه 1961
8ـ نامه به «نورمن یونیست» برای پرداخت 150 دلار به «ایرج پیرنظر»، 17 اوت 1961
9ـ نامه به «کامرون» برای پرداخت 300 دلار به «علی فیروزی»، 2 دسامبر 1959
10ـ نامه به «کامرون» برای پرداخت 300 دلار به خانم «مریم نوری»، 2 جولای 1960
11ـ نامه به «یونیست» برای پرداخت 150 دلار به «ایرج پیرنظر»17 اوت 1961...
«علی نوری» در اواخر سال 1346 از موسسه فرانکلین اخراج می‌شود. او طی شکایتنامه‌ای ضمن اشاره به تاریخ اخراج و میزان حقوق و آخرین دریافت و آخرین سمتش، نسبت به اخراجش از موسسه شکایت می‌کند. موسسه فرانکلین در اردیبهشت سال 1347 به شکایتنامه «علی نوری» پاسخ داده و علت آن را اشتغالش در شرکتی دیگر و نرسیدن به امور موسسه اعلام می‌نماید. در نامه موسسه فرانکلین و در پاسخ شکایتنامه «علی نوری» آمده بود:
... مشارإلیه در شرکت صنعتی بهشهر متعلق به آقایان لاجوردی‌ها (روغن نباتی شاه‌پسند) به خدمت مشغول است...
اما دو سال اندی بعد، «علی نوری» از سوی مدیریت موسسه به سمت سرپرستی کلیه امور مالی منصوب شده و دو سال و نیم بعدتر در اواخر سال 1351 به دلیل توفیقات فرهنگی و مالی از سوی مدیریت موسسه (علی اصغر مهاجر) طی نامه‌ای تشکر آمیز مورد تجلیل قرار می‌گیرد. اما در سال 1357 که علی نوری درخواست مسافرت به خارج کشور برای شرکت در عروسی دخترش دارد، رزم آرا (مدیریت وقت موسسه فرانکلین که به «سازمان آموزشی نومرز» تغییر نام داده بود) اعلام می‌کند که وی را اساسا در زمره همکاران و کارکنان سازمان به شمار نمی‌آورد!
ساواک گزارشی درباره روابط داخل مؤسسه فرانکلین و زد و بندهای مالی و تقسیم پست‌های مؤسسه دارد که بخشی از آن به شرح زیر است:
... طرز استخدام کارمندان این مؤسسه تا آن‌جایی که استنباط گردیده از طریق پارتی‌بازی و توصیه زعمای قوم می‌باشد و اکثر نورچشمی‌ها و فامیل رؤسا با حقوق‌های گزاف در استخدام فرانکلین در می‌آیند. به عنوان مثال آقای «علی‌اصغر مهاجر» که در حال حاضر رئیس فرانکلین است در حدود بیست نفر از اقوام نزدیک خود را در این مؤسسه با حقوق‌های پیش از دو هزار تومان مصدر کار نموده و یا آقای «علی نوری» رئیس حسابداری عده‌ای از خویشان خود را مشغول به کار نموده و برای آن‌ها حقوق‌هایی که به حق در خور آن نیستند، تعیین نموده است...
بخشی دیگر از فساد موسسه مربوط به شخص «همایون صنعتی زاده» بود که بدهی‌های خود را نمی‌پرداخت. این بخشی از نامه معاون مالی مؤسسه فرانکلین به رئیس دایره حقوقی مبنی بر ادامه بدهی‌ «همایون صنعتی» است:
...نظر به این‌که حسابرسان «کوپرزاند لابیراند» که طی یک ماهه جولای به حساب یک ساله سال مالی 73ـ 1972 رسیدگی می‌کنند مثل سال گذشته به عدم پرداخت قسط دوم بدهی آقای «همایون صنعتی» اعتراض خواهند کرد...
ساواک گزارشی هم درباره ولخرجی‌ها و حیف و میل‌های مسئولین فرانکلین مانند «علی اصغر مهاجر» (مدیریت وقت آن) دارد.
از جمله در سال 1336 «همایون صنعتی زاده» چکی به مبلغ 35 هزار تومان در وجه «عبدالرحیم جعفری» که از دوستان نزدیکش محسوب می‌شده صادر می‌کند.