وی که پیش از این شهرام جزایری، مه‌آفرید خسروی و برخی دریافت‌کنندگان حقوق‌های نجومی را کارآفرینانی در حد استیو جابز خوانده بود، در گفت‌وگو با فرارو و درباره تبعات حقوق‌های نجومی برای محبوبیت روحانی گفت: «اینکه آیا این موضوع موجب ریزش آرای آقای روحانی شده است پاسخ من مثبت است و معتقدم همین امروز اگر یک نظرسنجی صورت بگیرد 10 تا 20 درصد از محبوبیت آقای روحانی کاهش یافته است.»
وی گفت: «موضوع فیش‌های حقوقی در نزد افکار عمومی در مجموع به ضرر دولت تمام شد. یعنی آقای روحانی هر توضیحی بخواهد بدهد، قطعاً این موضوع به ضرر پرستیژ دولت و نگاه مردم به دولت ایشان تمام شده است. به عبارت دیگر صرف نظر از اینکه در عالم واقعیت آقای روحانی و کابینه ایشان چقدر در پرداخت این حقوق‌ها قصور داشتند یا نداشتند افکار عمومی این موضوع را به حساب دولت ایشان گذاشت.»
وی افزود: «اما اینکه آیا موضوع فیش‌های نجومی حدود 11 ماه دیگر در انتخابات ریاست جمهوری می‌تواند یک لکه سیاه و نقطه ضعف در کارنامه آقای روحانی باشد و باعث ریزش آرای آقای روحانی به میزان همان 10 تا 20 درصد شود پاسخم منفی است. چرا که معتقدم در این مدت آنقدر موضوعات مثبت و منفی اتفاق خواهد افتاد که موضوع حقوق‌های نجومی منتفی خواهد شد.»
زیباکلام در پاسخ به این سؤال که دولت در موضوع فیش‌های حقوقی چطور عمل کرد؟ گفت: «در این باره دولت دو کار درست انجام داد اولین کار درست این بود که صورت مسئله را حاشا نکرد و اعلام کرد متأسفانه این موضوع حقیقت دارد. دوم آنکه دولت به آب و آتش نزد که بگوید این موضوع به این دولت ارتباطی ندارد و به دوره آقای احمدی‌نژاد مربوط است. یعنی به زبان بی‌زبانی اعلام کرد اگرچه این پرداخت‌ها از دوره آقای احمدی‌نژاد شکل گرفته اما واقعیت این است که در این سه سال نیز ادامه داشته است.»
برخلاف ادعای آقای زیباکلام، دولت در ابتدا هم انکار کرد، هم از متخلفان دفاع نمود و هم از خود سلب مسئولیت کرد و هم توپ را در زمین دولت قبل انداخت اما در ادامه با فشار افکار عمومی مجبور شد ماجرا را بپذیرد و اعلام کند که متخلفان را عزل می‌کند؛ هر چند که در عمل حاضر به عزل نشد و اعلام استعفای متخلفان را ترجیح داد. به دلیل همین تناقض و تذبذب هم بود که به اذعان زیباکلام، مردم ماجرا را ]به درستی[ به پای دولت گذاشتند.
اما درباره جبران آن ]حداقل[ 20 درصد کاهش محبوبیت روحانی هم که آقای زیباکلام وعده‌اش را داده باید گفت، این ضربه حیثیتی تنها زمانی جبران می‌شود که دولت به پرونده تمام آن 3 هزار و یا 950 مدیر دریافت کننده حقوق نجومی- که گفته می‌شود فهرستشان دست دولت است- با قاطعیت رسیدگی کند نه اینکه با برکناری 7، 8 نفره پرونده را به بایگانی بفرستد و اعلام کند این حقوق‌ها هر چند نامتعارف بود اما غیر قانونی نبود! به راستی چرا دولت و رئیس جمهور اصرار دارند حقوق‌های نامشروع از این دست را که به فساد دولت سابق نسبت می‌دهد، «قانونی» می‌خواند و به جای «نجومی» از عبارت «نامتعارف» استفاده کنند؟! اگر قانونی است که عزل و برکناری نمی‌خواست و نباید برای انتخابات 96 ترس داشت اما اگر نامشروع است، چرا باید پرونده را مختومه کرد و در عین حال امید داشت اعتماد مردم بازگردد؟