حدود ۱۴۰۰روز قبل در یکی از شب‌های تیر ماه سال ۹۰ طلبه جوانی به نام علی خلیلی که سوار بر موتورسیکلت بود عده‌ای جوان را که سوار بر خودرو بوده و موسیقی غیرمجاز با صدای بلند گوش می‌دادند دعوت به آرامش کرد ولی این توصیه به مشاجره از سوی راکبان خودرو تبدیل شد و یکی از سرنشینان با ضربه چاقو این طلبه جوان را مجروح کرد.
این حادثه که در آن سال برای چندمین بار در پایتخت رخ داده بود تیتر یک رسانه‌ها شد. ولی پس از ۲۴ ساعت مشخص می‌شود که برخی از بیمارستان‌ها از پذیرش این جوان غرق به خون خودداری کرده‌اند که با ورود وزیر بهداشت متخلفان به سرعت شناسایی و به دستگاه قضا معرفی شدند. ماجرای علی خلیلی به دستگاه قضا کشیده شد و دادستان تهران و دادستان کشور وعده دادند این گونه جرائم را در لیست جرائم خاص قرار داده و به سرعت رسیدگی کنند ولی برخلاف وعده‌ها این پرونده ۳۰۰ روز در دادگاه‌های تهران سرگردان بود تا این که بالاخره در اواخر فروردین ماه سال ۹۲ حکم دادگاه برای متهم اصلی پرونده صادر شد.
اسکندری، وکیل مدافع علی خلیلی طلبه ناهی از منکر با بیان این که آخرین جلسه رسیدگی به این پرونده ۱۷ اسفند ماه سال ۹۰ در شعبه ۱۰۳۳ مجتمع قضایی شهید قدوسی برگزار شده است، در آن زمان گفت: قاضی دادگاه متهم ردیف اول پرونده را به ۳ سال حبس و همچنین پرداخت ۳۵ میلیون تومان دیه محکوم کرده است. پس از صدور رای خانواده علی خلیلی از طریق وکیل خود به دادگاه تجدید نظر اعتراض کرده و پرونده به دادگاه تجدید نظر ارسال شد.
مشتاق‌فر، مادر علی خلیلی بعد از گذشت یک سال از این حادثه در آن زمان گفته بود که اعتراض ما به دیه نیست زیرا اساس خواسته ما رسیدگی به موضوع دیه نیست بلکه می‌خواهم بدانم آیا مجازات جرم و اقدامی که فرزند من به خاطرش به آن دنیا رفت و برگشت کافی است؟! قوه ‌قضائیه باید پاسخ دهد که چرا این حکم را که هیچ قاطعیتی در آن وجود ندارد و احتمال تکرار جرم را ممکن می‌کند، صادر کرده است.
مادر این روحانی جوان در پاسخ به این که آیا وزیر بهداشت وقت (مرضیه دستجردی) به قول خود برای تامین هزینه‌های درمان فرزندتان عمل کرد، عنوان داشته بود که هزینه‌های بیمارستان پرداخت شد ولی پس از ترخیص هزینه‌های فرزندم اعم از فیزیوتراپی و هزینه‌های پزشکی دیگر برعهده خودمان است.
به گزارش مهر، علی خلیلی بهمن ماه ۱۳۹۲ به دلیل عوارض عمل‌های جراحی قبلی (در سال ۹۰ ) در بیمارستان عرفان تهران بستری شد و پزشکان اعلام کردند به دلیل پایین آمدن پلاکت خون و بالا رفتن گلبول‌های سفید که ناشی از عوارض عمل قبلی است بدن بیمار دچار اختلال در خون‌رسانی شده بود و حتی قادر به پیوند اعضاء هم نبود. روده‌ها، معده و بخشی از ریه هم تخلیه شد و پزشکان گفتند احتمال تخلیه کلیه و کبد وجود دارد.
خانواده علی خلیلی با این که فرزند خود را سال ۹۱ راهی کربلا کردند تا روحیه‌اش عوض شود ولی این بار برایشان باورکردنی نبود که نتیجه امر به معروف و نهی از منکر موجب بستری شدن فرزند طلبه خود برای چندمین بار روی تخت بیمارستان باشد.
طول درمان علی خلیلی ادامه داشت تا این که این روحانی جانباز ناهی از منکر ۳  فروردین ماه سال گذشته بر اثر بیماری طولانی پس از جراحات وارده، دعوت حق را لبیک گفت و به فیض شهادت نایل آمد.
پس از شهادت علی خلیلی پرونده بار دیگر به دادگاه رفت و قاضی اصغر زاده رئیس شعبه ۱۱۳ دادگاه کیفری استان تهران ۲۷ مهرماه سال گذشته گفت: رای صادر شده، و حکم قصاص است اما مسلماَ به رای صادره در مورد پرونده ضارب شهید خلیلی اعتراض می‌شود.
با ابلاغ گزارش پزشکی قانونی به متهم، ۳۰ شهریورماه دومین جلسه محاکمه ضارب شهید خلیلی برگزار شد و در نهایت دادگاه ضارب طلبه آمر به معروف و ناهی از منکر را به قصاص نفس محکوم کرد، اما با اعتراض متهم به رأی صادره، پرونده برای رسیدگی در مرحله تجدید‌نظر به دیوان عالی کشور ارسال شد.
محسن افتخاری، سرپرست دادگاه کیفری استان تهران در گفت‌وگو با خبرنگار مهر در مورد پرونده علی خلیلی گفت: پرونده عامل شهادت علی خلیلی، طلبه ناهی از منکر که به دیوان عالی کشور ارجاع شده بود، با تأیید حکم اعدام از سوی شعبه رسیدگی‌کننده، به دادگاه کیفری بازگشت و در روزهای آینده حکم اجرا می‌شود.
در همین زمینه محمدرضا زمانی وکیل ضارب شهید علی خلیلی در گفت‌وگو با ایرنا مدعی شد، از تایید حکم قصاص ضارب شهید خلیلی در دیوان عالی کشور بی‌اطلاع است و اصحاب رسانه این موضوع را به وی اعلام کرده‌اند.
زمانی خواستار بخشش و رضایت از سوی والدین شهید خلیلی طلبه شهید امر به معروف و نهی از منکر شد و گفت: از والدین شهید خلیلی می‌خواهم که قاتل را عفو کنند و مشمول لطف خود قرار دهند.
این درخواست وکیل ضارب شهید خلیلی در حالی صورت گرفته که به نظر می‌رسد برخورد قاطع دستگاه قضایی با رفتارهای هنجارشکنانه این چنینی علاوه بر بعد شخصی، بعد اجتماعی دارد و برخوردی کمتر از حکم صادره حتی در صورت رضایت اولیای دم قبح این جنایت را خواهد شکست.