جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در اطلاعیه‌ای خواستار آزادی شیخ یوسف نمرالنمر شد و تاکید کرد: خبر اعلام حکم اعدام برای عالم مبارز شیعی جناب آقای شیخ یوسف نمرالنمر خشم مسلمانان جهان را برانگیخت.
در ادامه این اطلاعیه آمده است: این در حالی است که شیعیان مظلوم سرزمین حجاز، در روزگاری که فریاد مدعیان حقوق بشر گوش جهانیان را کر کرده‌، از کمترین حقوق انسانی که همانا آزادی بیان است برخوردار نیستند و ظلم و ستم رژیم آل سعود را تحمل می‌کنند.
جامعه مدرسین در این اطلاعیه تاکید کرده است: بی‌تردید هدف از اعلام این حکم در این برهه از زمان، مبارزه با پدیده بیداری اسلامی و تحولات مهم منطقه به نفع جهان اسلام است.
در این اطلاعیه همچنین تصریح شده است: پیروزی‌های مسلمانان در یمن، ناکامی آمریکا و هم‌پیمانانش در سوریه، لبنان و عراق، زوال قریب الوقوع گروه‌های تکفیری همچون داعش، باعث شده تا استکبار جهانی با فشار بر دولت عربستان و رویه‌ای که خود رژیم آل سعود در پیش گرفته است، شیعیان حجاز را ناامید سازد، غافل از آنکه شیعیان مظلوم این کشور و دیگر نقاط جهان، راه سید الشهدا (سلام الله علیه) را با تمام قدرت می‌پیمایند و در برابر استکبار جهانی و ایادی منطقه‌ای آن، خواهند ایستاد.
این حکم محکوم است
آیت‌الله محمدعلی علوی‌گرگانی از مراجع عظام تقلید نیز در اطلاعیه‌ای تصریح کرد: گرچه شهادت در راه مبارزه با ظلم و طاغوت برای تمام علما و شیعیان حقیقتاً افتخار است اما تاسف اینجانب از آن باب است که حکومت آل‌سعود به جای تمسک به عدالت و حسن رفتار با شهروندان خود به اعمال خلاف مروت دست می‌زند.
در پایان این پیام تصریح شده است: اینجانب صدور این حکم را محکوم کرده و مطمئن هستم این گونه رفتار‌ها جز تضعیف موقعیت آل‌سعود در منطقه و میان مردم عربستان نتیجه‌ای در بر نخواهد داشت و مردم عربستان با این گونه احکام دست از مبارزه خود برنخواهد داشت.
جرم نمر ایستادگی در مقابل زورگویی سعودی ها است
علی اکبر ولایتی رئیس‌ مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام ضمن محکوم کردن صدور حکم اعدام برای آیت‌الله نمر گفت: شیخ نمر جز اینکه از خواسته‌های مردم مبارز عربستان حمایت کرده و در مقابل زورگویی ایستادگی کرده است، جرمی ندارد.
رئیس مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام در گفت‌وگو با فارس، در واکنش به صدور حکم اعدام شیخ نمر توسط دادگاه جنایی عربستان اظهارداشت: صدور حکم اعدام علیه مبارز فرهیخته و عالم جلیل قدر را محکوم می‌کنم.
وی با انتقاد از صدور این حکم خاطرنشان کرد: شیخ نمر جز اینکه از خواسته‌های مردم مبارز عربستان حمایت کرده و در مقابل زورگویی ایستادگی کرده است، جرمی ندارد.آیت‌الله محمود رجبی عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز گفت: صدور حکم اعدام «شیخ نمر» اقدامی ضدبشری است و چنین حکمی ارزش حقوقی و بین‌المللی ندارد و صرفاً یک اقدام ضدبشری است که با هر منطقی محکوم است.وی ادامه داد: ما به شدت این حکم را محکوم می‌کنیم و ان شاءالله امیدواریم این حکم در حد انشای حکم و برای ایجاد ارعاب باقی بماند اما اگر خدای ناکرده چنین حکمی اجرا شود بدون شک زمینه زوال و سقوط نظام‌های دیکتاتوری را بیشتر فراهم خواهد کرد و خون شهیدان ما در طول تاریخ همواره بنیان و بساط نظام‌های ظالمانه و مستبد را برکَنده است.
حمیدرضا ترقی رئیس مرکز امور بین‌الملل حزب مؤتلفه اسلامی نیز در مصاحبه با فارس با بیان اینکه رژیم عربستان در رابطه با اسلام سیاسی آسیب‌پذیری بالایی دارد، گفت: صدور حکم اعدام برای شیخ نمر جرقه‌ای برای روشن شدن آتش خشم چهارمیلیون شیعه عربستانی است.
وی ادامه داد: صدور چنین حکمی که حتی با قوانین قضایی عربستان هم منطبق نیست، نشان‌دهنده وحشت سران حکومت عربستان از تفکر اسلام سیاسی و رونق آن در کشورشان است.
پیامدهای سنگین برای دولت عربستان سعودی
آیت‌الله سید هاشم حسینی بوشهری مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور نیز در مصاحبه‌ای گفت: با توجه به علاقه‌مندان و طرفدارانی که «شیخ نمر» در جهان اسلام به خصوص میان شیعیان دارد صدور چنین حکمی، پیامدهای سنگینی برای دولت عربستان به دنبال خواهد داشت.
وی تصریح کرد: تصور ما این است اگر این کار انجام شده باشد یعنی حکم اعدام صادر شده باشد یک خطای استراتژیک است که دولت عربستان بخواهد یک عالمی را بدین شکل، محاکمه و سپس اعدام کند.
معاون جامعه مدرسین حوزه‌ علمیه قم تصریح کرد: با توجه به علاقه‌مندان و طرفدارانی که «شیخ نمر» در جهان اسلام به خصوص میان شیعیان دارد صدور چنین حکمی، پیامدهای سنگینی به دنبال خواهد داشت و طبعاً شرایط را به گونه‌ای پیش خواهد برد که دولت عربستان در آینده از این شرایط، خشنود نشده و شرایط سختی برای آنها رقم خواهد خورد.آیت الله حسن ممدوحی عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز با بیان اینکه اعدام آیت‌الله نمر جزء خطوط قرمز جهان تشیع است، گفت: مسئولان کشورمان باید در روابط خود با دولت سعودی تجدیدنظر اساسی کنند.وی ادامه داد: بعید می‌دانم این حکم اجرا شود زیرا اگر این حکم اجرا شود مردم عربستان ساکت نخواهند ماند و این کشور به هم خواهد ریخت.محمدودود حیدری رئیس سازمان بسیج دانشجویی نیز با بیان اینکه دوره رژیم‌های استبدادی و طاغوتی به پایان رسیده است،‌گفت: صدور حکم اعدام «شیخ نمر» توسط رژیم آل سعود قطعا اضمحلال آن رژیم استبدادی را نزدیک‌تر می‌کند. محمدصالح جوکار نماینده مردم یزد و عضو کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی  مجلس نیز گفت: قطعا اقدام عربستان مبنی بر صدور حکم اعدام شیخ نمر بی‌پاسخ نخواهند ماند و تاوان آن را خواهند داد.عوض حیدرپور نماینده مردم شهرضا در مجلس شورای اسلامی نیز تبعات صدور حکم اعدام برای شیخ نمر را برای عربستان سعودی بسیار شدید خواند و گفت: با این اقدام آزادیخواهان جهان نسبت به دولت سعودی ذهنیت منفی‌تری پیدا خواهند کرد.