آیت‌الله آملی لاریجانی جمع کردن جریان فتنه از کشور را کار مهم این دستگاه دانست و گفت: برخی فتنه را جریانی زمان‌دار می‌دانند که اینک تمام شده است؛ اینکه بساط فتنه برچیده شد حرف درستی است اما مهم این است که مشخص شود ما از فتنه چه تحلیلی داشته‌ایم و اصلاً جریان فتنه را فتنه می‌دانیم یا نه؟
وی با انتقاد از برخی اظهارنظرها راجع به فتنه و تاکید بر اینکه اگر کسی اصل فتنه را قبول داشته باشد، نباید اصحاب فتنه را به کار بگمارد افزود: اگر کسانی از فتنه برگشتند اشکالی وجود ندارد چون انسان جایزالخطاست اما قابل پذیرش نیست آن دسته از فعالان فتنه که هنوز هم بر مواضعشان پافشاری می‌کنند در دستگاه‌های حکومتی بر مناصب مدیریتی قرار بگیرند.
رئیس دستگاه قضا با انتقاد از دیدگاهی که آثار فتنه را پایان‌یافته تلقی می‌کند یادآور شد: انقلاب اسلامی نیز پدیده‌ای تاریخی بود اما اهدافش تا امروز زنده است و همچنان دنبال می‌شود. ممکن است کسی بگوید فتنه جریانی تاریخی بود و گذشته است اما آثارش وجود دارد و باید دید آیا کسانی که این جریان را ساختند از آن عدول کرده‌اند یا همچنان همان مواضع را تکرار می‌کنند؟ این برای ما معتقدان به انقلاب و مسئولان کشور بسیار مهم است.
وی عادی‌سازی چهره‌های فتنه در برخی رسانه‌های کشور را حرکتی برخلاف امنیت ارزیابی کرد و گفت: کسانی که بعد از اتمام حجت مقام‌معظم رهبری در نمازجمعه تاریخی ایشان در مقابل ولی فقیه ایستادگی کردند، عملکردشان توجیهی ندارد و حداقل نباید به این افراد مجال تصدی سمت‌های مدیریتی داده شود.
رئیس قوه‌قضائیه یکی از دلایل تلاش برای تخریب دستگاه قضایی از سوی نهادهای ضدانقلاب و رسانه‌های رسمی دولت‌های آمریکا و انگلیس را نقش قوه‌قضائیه در برخورد با فتنه دانست و اظهار کرد: البته در برخورد با فتنه نقش اصلی با مردم بود و دستگاه قضایی تنها به وظایف قانونی خود عمل کرد.  آیت‌الله صادق آملی لاریجانی در نخستین جلسه مسئولان عالی قضایی در دوره جدید فعالیت دستگاه قضا افزود: بیعت مجدد خود را با مقام معظم رهبری در انجام اهداف نظام جمهوری اسلامی، چه اهدافی که در قانون اساسی بیان شده است و چه منویات رهبر معظم انقلاب در راهبری این نظام اعلام می‌داریم.
رئیس دستگاه قضا با تاکید بر اینکه بیانات اول تیرماه مقام معظم رهبری و حکم انتصابی که اخیراً صادر فرموده‌اند، مسیر روشنی را برای دستگاه قضا ترسیم کرده است، تصریح کرد: مطمئناً مسئولان قضایی در دوره جدید با نیروی بیشتری در تحقق اهداف ترسیم شده همراهی خواهند کرد.
وی در ادامه با بیان اینکه قوه‌قضائیه با ادعاهای حقوق بشری از موازین شرعی و قانونی عدول نمی‌کند افزود: کسی که بر روی مردم اسلحه بکشد محارب است و مطابق با این عنوان با او برخورد می‌شود. همچنین برخی از مفاسد اقتصادی نیز از مصادیق افساد فی الارض است.
رئیس دستگاه قضا افزود: یکی از خطاهای فاحش در زمان ما این است که برخی از مدعیان روشنفکری ادعا کرده‌اند معارف قرآنی و دینی ائمه(ع) محدود به معارف بشری است و در چارچوب معارف بشری فهم می‌شود آن هم به نحوی که سرتاپا مصرف‌کننده معارف بشری باشد. این مغالطه از آنجا برخاسته است که توجه نکردند معارف ائمه (ع) برخاسته از یک منبع مستقل باطنی و شهود حقایق توسط ولی خدا است و این چیزی نیست که با گفتگو و بحث و نقد به دست آید.
آیت‌الله آملی لاریجانی تأکید کرد: ما نمی‌گوییم در معارف ائمه منطق و استدلال نیست، اما کثیری از این معارف برخاسته از مواجهه حضوری با عالم حق است و این مواجهه حضوری برای هر کسی به دست نمی‌آید.
وی محرومیت خودخواسته بعضی از مدعیان روشنفکری از انوار ناشی از منبع فیض حق را محرومیتی عجیب خواند و تاکید کرد: حوزه‌های علمیه باید همان طور که در بحث فروعات فقهی کار می‌کنند و اجتهاد مستمر دارند، در امور اصولی هم از اخلاق گرفته تا مبانی اعتقادی، با نگاه اجتهادی معارف حقه را مورد بررسی اجتهادی قرار دهند.
رئیس قوه‌قضائیه در پایان سخنانش اعلام کرد که در دوره جدید تحولاتی در ساختار و تشکیلات دستگاه قضا و همچنین تغییراتی در سطوح مدیریتی قوه‌قضائیه ایجاد خواهد شد.