طرح استیضاح فرجی دانا در حالی از سوی نمایندگان پیگیری می‌شود که آنان معتقدند مشکلات این وزارتخانه در چند انتصاب خلاصه نشده و رویکرد کلی آن به شکلی است که بیم انحراف این وزارتخانه از ریل ارتقای علمی کشور می‌رود.
در همین رابطه، قاسم جعفری نماینده مردم بجنورد در مجلس شورای اسلامی و سخنگوی کمیسیون آموزش، تحقیقات و فناوری در گفت‌وگو با فارس، به بیان دلایل استیضاح رضا فرجی دانا وزیر علوم، تحقیقات و فناوری پرداخت.
وی با بیان اینکه رسالت دانشگاه‌ها بر اساس اساسنامه و آئین‌نامه وزارت علوم حرکت در راستای دانش، پژوهش و فرهنگ است، اظهار داشت: با وجود این مباحث شاهدیم که در یک سال گذشته در این وزارتخانه حاشیه‌ها بر متن غلبه داشته است.
جعفری افزود: مباحثی همچون بازگشت دانشجویان ستاره‌دار به تحصیل و بحران‌سازی در مورد بورسیه‌ها که به صورت غیرقانونی صورت گرفت، از دیگر حاشیه‌هایی بود که در عمر یک ساله وزارت علوم، دولت یازدهم شاهد آن بودیم.
سخنگوی کمیسیون آموزش، تحقیقات و فناوری مجلس انتصاب‌ها و برخی فرآیندها در انتخاب رؤسای دانشگاه‌ها را مورد انتقاد قرار داد و خاطرنشان کرد: برای انتخاب برخی رؤسای دانشگاه‌ها شوراهایی تشکیل شد که بنده نام آن را شورای حکمیت می‌گذارم و چنین شوراهایی در قانون پیش‌بینی نشده و سبب ایجاد حاشیه‌هایی شد.
وی همچنین تصریح کرد: ما نگران این موضوع هستیم در یک سالی که گذشت آیا دانشگاه‌ها در جهت حفظ روند رشد علمی حرکت کردند و یا اسیر حاشیه‌ها بودند؟ بازتاب روشنی از پاسخ به این سؤال وجود ندارد، زیرا همواره وزارت علوم شاهد ظهور و بروز حاشیه بوده است. نماینده بجنورد در مجلس با تأکید بر اینکه وزارت علوم مجموعه‌ای است که باید بر تمام بخش آموزش عالی اشراف داشته باشد، اضافه کرد: وزارت علوم از آنچه در دانشگاه آزاد می‌گذرد سلب مسئولیت می‌کند، در حالی که مجوزها توسط این وزارتخانه صادر می‌شود و در واقع وزارت علوم متولی آموزش عالی است.
همچنین الیاس نادران، نماینده مردم تهران در مجلس در گفت‌وگو باتسنیم، در خصوص جلسه نمایندگان امضا‌کننده استیضاح وزیر علوم با فرجی دانا وزیر علوم، اظهار داشت: آقای ابوترابی فرد نایب‌رئیس اول مجلس روز یکشنبه به مصلحت‌اندیشی خود چند تن از نمایندگانی را که برگه استیضاح را امضا کرده بودند دعوت کرد ولی این جلسه استیضاح کنندگان با وزیر نبود چرا که استیضاح کنندگان 60 نفر هستند.
وی در پاسخ به این پرسش که آیا نمایندگان از پاسخ‌های وزیر علوم در این جلسه قانع شده‌اند، ادامه داد: کسی بنا نبود که در این جلسه قانع شود و نمایندگانی که در این جلسه حضور داشتند نقطه نظرات خود را در مورد رفتار کلی وزارت علوم و مدیریت دانشگاه‌ها مطرح کردند و آقای فرجی دانا نیز صحبت‌های خود را مطرح کرد.
نادران در پاسخ به این پرسش "آیا همچنان بر استیضاح وزیر علوم مصر هستید؟» گفت: بله؛ اتفاقی نیفتاده است؛ این جوسازی‌های رسانه‌ای که رسانه‌های ساختارشکن و تندرو انجام می‌دهند؛ فکر می‌کنند به‌نفع وزیر علوم است، به وزیر و خودشان خسارت وارد می‌کنند.
وی ادامه داد: ادله‌ای که استیضاح کنندگان برای استیضاح وزیر علوم دارند به‌نظر من برای استیضاح یک وزیر قانع‌کننده است و نگرانی استیضاح کنندگان جدی و قابل توجه است و عمدتاً حاشیه‌های وزارت علوم و دانشگاه‌ها بر جریان علمی و فعالیت‌هایی که باید در مسیر ارتقای علمی کشور انجام بگیرد، غلبه کرده است.
کریمی قدوسی نماینده مردم مشهد نیز با اشاره به جلسه استیضاح‌کنندگان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری با فرجی دانا اظهار داشت: فرجی دانا بعد از اینکه مطلع شد که طرح استیضاحش تحویل هیئت رئیسه شده با لاریجانی رئیس مجلس شورای اسلامی تماس گرفته و درخواست مهلت یک هفته‌ای برای رایزنی با استیضاح کنندگان می‌کند تا برای تحقق خواسته‌هایشان اقدام کند نه فقط اینکه جلسه‌ای بگذارد و در جریان خواسته‌های استیضاح کنندگان قرار گیرد.
نماینده مردم مشهد در مجلس شورای اسلامی ادامه داد: استیضاح کنندگان به برگزاری این جلسات خوش بین نیستند زیرا مسائل مورد نظر استیضاح کنندگان جدای از حلقه اقدامات سیاسی در خارج از مسائل وزارتخانه ارتباطات پیوسته‌ای وجود دارد مسائل عمیق‌تر از آن است که فقط اختلاف بر سر انتصاب یکی دو تا رئیس دانشگاه باشد بحران‌هایی در راه است که مجلس باید وارد شود.
یکی از امضا کنندگان طرح استیضاح وزیر علوم در گفت وگو با مهر اظهار داشت: به این جلسات خوش بین نبودیم اما دوستان معتقد بودند چون این درخواست مطرح شده باید پاسخ بگوییم.
وی ادامه داد: فهرستی از مسائل مهم دانشگاه به خصوص در مورد جایگاه علم و فناوری که با انتصابات جدید وزارت علوم مورد تهدید قرار گرفته است در طرح استیضاح وجود دارد، این موضوع برای نمایندگان مهم است زیرا مرکز تولید علم و دانش دانشگاه‌هاست و متشنج کردن محیط علم و آلوده کردن آن به مسائل سیاسی تولید علم را دچار مشکل کرده و به نوعی متوقف می‌کند.
کریمی قدوسی در مورد جلسه وزیر علوم با استیضاح کنندگان گفت: این جلسه مفید نبود زیرا اساسا اراده همکاری در وزارت علوم با مجلس برای رفع دغدغه نمایندگان وجود ندارد.
در این بین برخی رسانه‌های زنجیره‌ای درصدند تا استیضاح وزیر علوم را اقدامی سیاسی جلوه داده و با اعمال فشارهای گوناگون و حمله به نمایندگان استیضاح کننده، مانع از پاسخگویی فرجی دانا شوند.
از سوی دیگر تشکل‌های دانشجویی نیز عملکرد وزیر علوم را مورد انتقاد قرار داده و تاکید کردند رویکرد فرجی دانا در وزارت علوم با شعار اعتدال دولت همگام نیست.