پیش از این دبیرخانه مناطق آزاد زیر‌مجموعه ریاست جمهوری بود. اکبر ترکان رئیس مناطق آزاد تجاری در سمت مشاور رئیس جمهور نیز قرار داشت. بر این مبنا مناطق آزاد تجاری یک از معاونت‌های ریاست جمهوری به شمار می‌رفت و هرگونه نقد و نظارت بر عملکرد این مجموعه به نوعی مواجهه با رئیس جمهور بود.
این روال باعث می‌شد تا نقد و نظارت بر مناطق آزاد دشواری‌های خودش را داشته باشد اما با مصوبه دیروز مجلس مناطق آزاد از این به بعد زیرمجموعه وزارت اقتصاد قرار گرفته است که این باعث می‌شود تا نقد عملکرد و نظارت بر این مجموعه آسان‌تر شود ضمن آنکه طبق این مصوبه ایجاد هرگونه منطقه آزاد جدید باید با تصویب و موافقت مجلس صورت پذیرد.
مناطق آزاد
 زیر‌مجموعه وزارت اقتصاد
نمایندگان مجلس شورای اسلامی در ادامه رسیدگی به لایحه برنامه ششم توسعه ایجاد هرگونه منطقه آزاد تجاری، صنعتی و ویژه اقتصادی جدید را منوط به تصویب مجلس و تأمین زیرساخت‌های مورد نیاز برای استقرار واحدهای تولیدی کردند.
مجلس شورای اسلامی با تصویب ماده ۲۷ لایحه برنامه ششم توسعه ایجاد هرگونه منطقه ‌آزاد تجاری، صنعتی و ویژه اقتصادی جدید را منوط به اخذ مجوز مورد نیاز از قبیل تأییدیه زیست‌محیطی، نظامی و امنیتی با رعایت قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری- صنعتی مصوب ۷ شهریورماه ۱۳۷۲ و قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی امکان‌پذیر دانستند.
بر اساس تبصره این ماده کلیه وظایف،‌ اختیارات،‌ ساختار و تشکیلات دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد با حفظ شرایط حقوقی مستقل و رعایت ضوابط و مقررات مربوطه به وزارت امور اقتصادی و دارایی منتقل و وزیر مربوط مسئول اجرای قانون مربوط در حوزه مناطق آزاد تجاری، صنعتی و ویژه اقتصادی خواهد بود.
از ۲۴۶ نماینده حاضر در جلسه ۱۴۸ نماینده موافق، ‌۵۶ نماینده مخالف و یک نماینده رأی ممتنع به این ماده دادند.
نمایندگان مجلس همچنین در مصوبه‌ای دیگر با حذف ماده ۲۶ لایحه مذکور تنقیح مشترک قوانین مربوط به کسب ‌و کار توسط دولت و معاونت قوانین مجلس را رد کرده و این اقدام را صرفاً وظیفه مجلس شورای اسلامی دانست.
پاسخگو و نظارت‌پذیرتر شدن
 مناطق آزاد
نایب رئیس فراکسیون اقتصاد مقاومتی با اشاره به تصویب ماده 27 لایحه برنامه ششم توسعه، گفت: به لطف پاسخگو شدن دبیرخانه مناطق آزاد تجاری به وزیر اقتصاد و مجلس زین پس شاهد ارتقای خدمات‌رسانی و پررنگ‌تر شدن سهم تولیدکنندگان در مناطق آزاد تجاری و صنعتی خواهیم بود.
شهباز حسن‌پور در گفت‌وگو با ایسنا، گفت: قرار گرفتن دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری زیرمجموعه وزارت اقتصاد اگرچه از نظر شکلی تنزل ارتقای معاونت رئیس جمهور به زیرمجموعه یک وزارتخانه تلقی می‌شود اما از نظر محتوایی به معنای پاسخگوتر کردن و نظارت‌پذیر کردن این دبیرخانه در برابر وزیر اقتصاد و مجلس شورای اسلامی است.
نماینده مردم سیرجان در مجلس، علت این تصمیم جدید مجلس را فاصله گرفتن مناطق آزاد تجاری و ویژه اقتصادی از اهداف اولیه و تبدیل شدن این مناطق به دروازه‌های واردات کالا به کشور دانست.
وی با بیان اینکه طی 20 سال گذشته با تغییر دولت‌ها سلایق و مدیریت اداره مناطق آزاد تجاری نیز تغییر کرده است، گفت: مصوبه امروز (دیروز) مجلس رفتار مناطق آزاد تجاری و صنعتی را از وضعیت سلیقه‌ای و رفاقتی به وضعیت قانونمند و نظارت‌پذیری تغییر می‌دهد.
ارجاع قوانین کسب و کار
 به کمیسیون تلفیق
 نمایندگان مجلس شورای اسلامی در نشست علنی دیروز در ادامه رسیدگی به لایحه برنامه ششم توسعه جمهوری اسلامی ایران، مواد 26 و 28 این لایحه را پس از بحث و بررسی مجدداً به کمیسیون تلفیق برنامه ششم توسعه ارجاع دادند.
در ماده 26 این لایحه آمده بود: دولت موظف است تا پایان سال سوم برنامه ششم توسعه با همکاری معاونت قوانین مجلس شورای اسلامی تمامی قوانین و مقررات مرتبط با کسب و کار را با رویکرد تسهیل کسب و کار تنقیح کرده و حاصل را در قالب قوانین جامع ده‌گانه: کار و تأمین اجتماعی، بانک و بازار سرمایه، مالیات، مناقصات، سرمایه‌گذاری خارجی، تجارت، ساختمان، استاندارد، اجرای سیاست‌های کلی اصل 44 قانون اساسی و حقوق مصرف‌کننده جهت اقدامات بعدی به مجلس شورای اسلامی ارائه کند.
همچنین وکلای ملت ماده 28 برنامه ششم توسعه را نیز مجدداً به کمیسیون تلفیق ارجاع دادند چرا که نمی‌توان دولت را مکلف به ارائه لایحه کرد.
در ماده 28 برنامه ششم توسعه آمده بود: وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی مکلف است حداکثر تا پایان سال اول برنامه ششم نسبت به تهیه و تدوین نظام نوین تعاون و همکاری جمعی با رویکرد کارآفرینی، اشتغال‌زایی، حمایت از کسب و کارهای کوچک و متوسط و دانش‌بنیان اقدام و به تصویب هیأت وزیران رسانده و از سال دوم برنامه اجرا نماید.
خرید خدمات
 از بخش خصوصی و تعاونی
نمایندگان مجلس در برنامه ششم توسعه به منظور مردمی شدن اقتصاد و گسترش سهم بخش خصوصی و تعاونی در اقتصاد کشور مقرر کردند که خرید خدمات از بخش خصوصی و تعاونی طی 5 سال آینده ادامه یابد.
به موجب مصوبه مجلس، به منظور مردمی شدن اقتصاد و گسترش سهم بخش خصوصی و تعاونی در اقتصاد و به منظور افزایش بهره‌وری و ارتقای سطح کیفی خدمات و مدیریت بهینه هزینه به تمامی دستگاه‌های اجرایی که عهده‌دار وظایف اجتماعی، فرهنگی و خدماتی هستند (از قبیل واحدهای بهداشتی و درمانی، مراکز بهزیستی و توانبخشی، مراکز آموزشی، فرهنگی، هنری، و ورزشی و مراکز ارائه‌دهنده خدمات و نهاده‌های کشاورزی و دامپروری) اجازه داده شد در چهارچوب استانداردهای کیفی خدمات که توسط دستگاه ذی‌ربط تعیین می‌شود، نسبت به خرید خدمات از بخش خصوصی و تعاونی (به جای تولید خدمات) اقدام نمایند. در اجرای این بند واگذاری مدارس دولتی ممنوع است.
همچنین در تبصره این ماده مقرر شد آیین‌نامه اجرایی این ماده شامل نحوه تعیین قیمت خرید خدمات و تعیین تکلیف نیروی انسانی و ساختار به پیشنهاد سازمان و دستگاه‌های اجرایی ذی‌ربط به تصویب هیأت وزیران می‌رسد.
تقدیر نمایندگان از ظریف
 برای اعتراف به اشتباه
نمایندگان مجلس با صدور بیانیه‌ای از محمدجواد ظریف به خاطر اعتراف به اشتباهاتش در مذاکرات هسته‌ای در جلسه کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس تقدیر و تشکر کردند.
متن بیانیه به شرح زیر است:
ما نمایندگان مردم ولایتمدار و شریف و بصیر ایران از شجاعت و اعلام موضع شفاف شما (محمدجواد ظریف وزیر امور خارجه) و از اظهاراتی که در جلسه مورخ 28/9/95 در کمیسیون امنیت ملی درخصوص افشای بدعهدی‌‌های آمریکا داشتید و صادقانه و شجاعانه به اشتباهات خود که از ویژگی‌های انسان‌های بزرگ و آزاده است داشتید صمیمانه تشکر می‌کنیم.
اینکه شما گفتید کری و مونیز در طول مذاکرات قول داده بودند که در کنگره و سنای آمریکا مانع از تصویب تمدید قانون ایسا (ISA) شوند و به قولشان عمل نکردند و شما با شجاعتی ستودنی و بیانی روشن بر اشتباه خود مبنی بر اعتماد به قول آنها تاکید و تصریح نمودید باعث علاقمندی بیشتر مردم شریف ایران به جنابعالی خواهد شد.
نشست نمایندگان مجلس
 با رئیس قوه قضائیه
به گزارش فارس، جمعی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به همراه علی لاریجانی رئیس مجلس چندی پیش طی جلسه‌ای با آیت‌الله صادق آملی لاریجانی رئیس قوه قضائیه خواستار شفاف‌سازی حساب‌های قوه قضائیه شدند.
در این نشست اسناد و مدارک مربوط به حساب‌های قوه قضائیه در اختیار نمایندگان قرار داده شد که درنهایت حاضرین در نشست به این جمع بندی رسیدند که هزینه‌های این قوه تماماً به‌حساب قوه قضائیه واریز شده، نه حساب شخصی.
بر این اساس در حاشیه این نشست نمایندگان حاضر در جلسه بیانیه‌ای صادر کرده که در متن آن تأکید شد که تمامی پول‌ها به‌حساب قوه قضائیه واریز شده و هیچ حساب شخصی در این بین وجود نداشته است.