در پی اهمال، تعلل و نقض برجام توسط آمریکا و پیرو تصمیمات شورای عالی امنیت ملی و هیئت نظارت بر برجام، رئیس‌جمهوری دستورهای جداگانه‌ای را خطاب به وزیر امور خارجه و رئیس سازمان انرژی اتمی صادر کرد.
در نامه رئیس‌جمهور خطاب به محمد جواد ظریف، وزیر امور خارجه آمده است: نظر به این‌که دولت آمریکا نسبت به اجرای تعهدات خود در برجام تاکنون تعلّل و اهمال نموده و با توجه به ‏تمدید اخیر قانون تحریم‌های ایران (آیسا) ‌که جمهوری اسلامی ایران از پیش چنین اقدامی را بعنوان نقض ‏برجام اعلام کرده بود، در اجرای مصوبات شورایعالی امنیت ملی و هیئت نظارت بر اجرای برجام، به وزارت ‏امور خارجه دستور داده می‌شود نسبت به اجرای مراحل پیش‌بینی شده در «برجام» برای رسیدگی به موارد ‏نقض، اقدام نموده و دیگر پیگیری‌های حقوقی و بین‌المللی لازم را نیز به‌طور جدّی معمول دارد.‏ مقتضی است گزارش اقدامات را ظرف یک ماه به اینجانب ارائه نمائید.‏
در نامه رئیس‌جمهور خطاب به علی‌اکبر صالحی، رئیس‌سازمان انرژی اتمی آمده است: نظر به این‌که دولت آمریکا نسبت به اجرای تعهدات خود در برجام تاکنون تعلّل و اهمال نموده و با توجه به ‏تمدید اخیر قانون تحریم‌های ایران (آیسا) ‌که جمهوری اسلامی ایران از پیش چنین اقدامی را بعنوان نقض ‏برجام اعلام کرده بود، در اجرای مصوبات شورایعالی امنیت ملی و هیئت نظارت بر اجرای برجام، به سازمان ‏انرژی اتمی ایران دستور داده می‌‌شود در توسعه برنامه صلح‌آمیز هسته‌ای کشور در چارچوب تعهدات ‏بین‌‌المللی جمهوری اسلامی ایران، مأموریت‌های زیر را اجرا ‌نماید:‏
‏1. برنامه‌ریزی برای طراحی و ساخت پیشران هسته‌ای جهت بهره‌گیری در حوزه حمل‌ونقل دریایی، با ‏همکاری مراکز علمی و تحقیقاتی.‏
‏2. مطالعه و طراحی «تولید سوخت» مصرفی پیشران هسته‌ای، با همکاری مراکز علمی و تحقیقاتی.‏
مقتضی است طرح و برنامه‌ زمان‌بندی شده جهت تحقق بندهای فوق را حداکثر ظرف سه ماه به اینجانب ارائه ‏نمائید.‏