اما یکی دیگر از نکات بحث برانگیز سخنان ظریف آنجاست که وی ادعا کرده است هرگز نگفته آمریکا می‌تواند ظرف 5 دقیقه سیستم دفاعی کشور را نابود کند و خبرگزاری فارس سخنان وی را تحریف کرده و به همین دلیل از سوی سردار جعفری فرمانده سابق سپاه نیز مدیرعامل این خبرگزاری در جلسه‌ای مؤاخذه شده و همچنین دستور اصلاح خبر داده شده است.
اصل ماجرا به 6 سال پیش بازمی‌گردد که ظریف در دانشکده فنی دانشگاه تهران حضور یافته بود. 12 آذر 1392 ظریف در آن جلسه و در پاسخ به سؤالات انتقادی نماینده انجمن‌های دانشجویان مستقل، گفته بود:
«تشکر می‌کنم که این نکات را این‌جا مطرح کردید که فرصتی است تا من هم بتوانم جواب دهم. خوب است که این حرف‌ها زده شود. باید بگویم که غربی‌ها از چهارتا ‌تانک و موشک ما نمی‌ترسند. از این مردم می‌ترسند. آیا شما فکر کرده‌اید که آمریکا که با یک بمبش می‌تواند تمام سیستم‌های نظامی ما را از کار بیندازد، از سیستم نظامی ما می‌ترسد؟ آیا واقعاًًً به‌خاطر سیستم نظامی ماست که آمریکا جلو نمی‌آید؟»
به دنبال طرح این ادعا از سوی ظریف، سیدنظام‌الدین موسوی مدیرعامل پیشین خبرگزاری فارس طی نامه‌ای به این اظهارات پاسخ داد که خلاصه آن به این شرح است؛
«جناب آقای دکتر ظریف! جلسه‌ای که بدان‌اشاره کرده‌اید و شما مدعو آن بودید، آقای سردار جعفری با حضور جمع قابل توجهی از مسئولان وقت سپاه و مسئولان و فعالان جبهه رسانه‌ای انقلاب برگزار کرده بود که بنده مجاز نیستم جزئیات آن را بیان نمایم و صرفاً به آنچه درباره شخص من ادعا کرده‌اید بسنده می‌کنم اما اجمالاً به‌جرأت می‌گویم همه کسانی که در آن جلسه صحبت کردند و جنابعالی را مخاطب قرار دادند، نسبت به اقدامات و مواضع شما و تیم‌تان در حوزه سیاست خارجی و مذاکرات هسته‌ای منتقد بودند و به‌صراحت یا در لفافه این انتقادات و دغدغه‌ها را بیان کردند؛ دغدغه‌هایی که امروز بعد از گذشت چند سال از ماجرای برجام و افتادن تشت رسوایی آن از بام، شمولیت و عمومیت یافته و نه مختص محافل خصوصی، که نقل کوچه و بازار و خیابان است.
در جلسه، بنده این جمله شما(درباره از کار افتادن سیستم نظامی کشور در 5 دقیقه) را از روی خبر خبرگزاری ایسنا (که همین الان هم بعد از سال‌ها بدون تغییری در آرشیو این خبرگزاری قابل مشاهده است) نقل کردم و نسبت به شما انتقاد نمودم که چرا چنین مطلب بی‌پایه و نادرستی را بیان کردید که موجب تضعیف نیروهای نظامی ‌و دفاعی ما شده و به دشمنان برای زورگویی بیشتر گرا می‌دهد؟
شما از این سؤال بنده برآشفتید و ادعا کردید که از صحبت‌های شما برداشت اشتباه کرده‌ام و منظور شما این بوده که ما نه به نیروی نظامی بلکه به مردم و ایمان ملت  و روحیه
ایثار و فداکاری اتکا داریم.
بنده بعد از توضیحات شما دوباره تأکید کردم که اتکای نظام و انقلاب به مردم و ایمان و ایثار ملت، چیزی نیست که شما کشف کرده باشید و امام(ره) و رهبری همواره این موضوع را متذکر شده‌اند بلکه سؤال و انتقاد من راجع به آن بخشی است که شما ادعا کرده‌اید آمریکا با یک بمب می‌تواند تمام نیروهای نظامی ما را از کار بیندازد. این جمله هم به لحاظ فنی و حقیقی نادرست است و هم از یک عنصر دیپلمات بعید است چنین بی‌محابا نیروهای نظامی کشورش را تحقیر کند.
متأسفانه باز هم به جای پاسخ به این سؤال روشن، تلاش کردید با عصبانیت و اتهام‌زدن مبنی بر نفهمیدن حرف‌های‌تان، جلسه را ملتهب کنید و چون فضای جلسه به سمت مجادله دوجانبه پیش رفت آقای سردار جعفری با عتاب، به مساعدت شما آمدند و گفتند با این تفاصیلی که آقای ظریف می‌گوید، منظور ایشان از آن سخنان، برداشتی نیست که شما دارید و منظور ایشان همین است که در جلسه می‌گویند.
قطعاً آقای جعفری درخصوص اینکه چرا در شرایط استیصال شما در آن جمع، به کمک‌تان شتافتند و اجازه ندادند محاجه بنده با شما ادامه یابد دلایل خودشان را داشتند؛ کما اینکه پس‌از رفتن شما از جلسه، جمع‌بندی ایشان روشن ساخت که به چه دلایلی تلاش‌کردند تا نگاه مثبتی بر جلسه حاکم باشد. دلایلی که در آن شرایط، من حیث‌المجموع از منظر فرمانده کل سپاه، موجه می‌نمود.
اما آنچه واضح است مطالبی که بنده به نقل از جنابعالی در جلسه نقل کردم، اصلاً خبر منتشره از سوی خبرگزاری فارس نبود که بحثی بر سر تحریف پیش بیاید و دربگیرد بلکه همان‌گونه که عنوان شد بنده مطلب را از روی خبر خبرگزاری ایسنا نقل نمودم. مضافاً اینکه فیلم اظهارات شما در همه رسانه‌ها موجود است و همگان می‌توانند در این‌باره قضاوت کنند. آقای جعفری نیز حرفشان نه درباره خبر خبرگزاری فارس (که اصلاً محل بحث نبود) بلکه بر روی برداشت از صحبت‌های جنابعالی در دانشکده فنی بود که با توجیهات تفصیلی و اضافه‌کردن و وصله‌پینه‌کردن جملات جدید از سوی جنابعالی به آنچه قبلاًًً گفته بودید، ایشان هم گفتند که برداشت شما را قبول کنیم!
اما نکته‌ای که بنده در آن جلسه در حضور شما نگفتم (چون احساس کردم سردار جعفری بنا به مصلحتی می‌خواهد قضیه فیصله یابد و ادامه پیدا نکند) این بود که خود آقای جعفری چند روز بعد از اظهارات شما در دانشکده فنی، واکنشی شدید نشان داده و در مصاحبه‌ای اعلام کرده بود:
«البته ما ایشان (دکتر ظریف) را یک دیپلمات صاحب‌نظر می‌دانیم اما در این زمینه (مسائل نظامی و دفاعی) تجربه و تخصص ندارند. من می‌گویم اگر دشمن با هزاران موشک به ما حمله کند، شاید فقط 20 درصد توان نظامی سپاه را از بین ببرد.» فلذا اگر بنده حرف شما را در آن جلسه تحریف کرده بودم پس لابد خود سردار جعفری مدت‌ها پیش از من، حرف شما را تحریف کرده بود!
علی‌ایحال، پس از پایان جلسه نیز به‌رغم همه تلاش و توجیهاتی که شما داشتید-  و آوانس‌هایی که سردار جعفری به رسم میزبانی به شما داد-   تا آنجا که من با بزرگان و دوستان حاضر در نشست مباحثه داشتم؛ کسی از اظهارات شما قانع نشده بود  و توجیهات‌تان، دغدغه‌ای را رفع نکرد. گذر زمان نیز نشان داد که آن نگرانی‌ها و دلواپسی‌های مطرح‌شده در آن جلسه و جلسات مشابه درخصوص مواضع و اقدامات و مذاکرات شما، تا چه اندازه درست و دقیق و بجا بوده است. اما از همه این‌ها مهم‌تر، چندی پس از آن جلسه، مقام معظم رهبری در بیاناتی با‌اشاره تلویحی به سخن نادرست شما درباره توان دفاعی کشور، فرمودند: «یک وقتى یکى از مسئولین کشور درباره‌ مسائل نظامى یک نظرى داده بود که خب مطابق واقع نبود؛ بنده گفتم یک «تور نظامى» براى مسئولین کشور قرار بدهید؛ بیایند یک خرده‌اى در محیط‌هاى نظامى گردش کنند، حقایقى را، واقعیّاتى را ببینند، معلوماتشان نسبت به موجودىِ نظامى کشور بالا برود.»
و بدین‌ترتیب با این جمله صریح، بر همگان روشن می‌شود که اولاً، جنابعالی آن حرف نادرست را در دانشکده فنی زده بودید و تحریفی صورت نگرفته بود؛ ثانیاً، منطق شما در ادعای اینکه آمریکا با یک بمب می‌تواند همه نیروی نظامی ما را نابود کند تا چه اندازه سست و نادرست بوده است.
نمی‌دانم آن زمان شما در آن «تور نظامی» شرکت کردید یا خیر؟ و آیا توان دفاعی و موشکی کشور را در شهرهای زیرزمینی دیدید یا نه؟ اما امیدوارم پس از سال‌ها، اتفاقات اخیر از جمله ساقط شدن پهپاد فوق پیشرفته آمریکا توسط مدافعان تیزبین کشور به شما این معنا را یادآوری کرده باشد که نباید به دلیل مرعوب‌بودن در برابر غرب و آمریکا، توان دفاعی کشور خود را به
 هیچ انگارید.»